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分形和网络方法在蛋白质数据分析中的一些应用.pdf
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文档介绍：
Some applications of fractal work
methods to protein data analysis
Candidate Zhi-Qin Zhao
Advisor Prof. Zu-Guo Yu
College School of Mathematics putational Science
putational Mathematics
Specialization Biological and environmental information processing
Degree Ph.D. degree of Science
University Xiangtan University
Date April 8, 2015
基因是遗传信息的载体,而其编码的蛋白质是生命现象复杂性和多变性的直
接体现者,所以对蛋白质的研究显得及其重要。本文主要研究蛋白质的相关数据。
具体安排如下:
第二章研究疾病基因预测问题。近年来科研人员呈现了多种算法,从基于单
一数据源到整合多个数据源,排序候选基因。我们整合多个数据源,提出在异构
网络上执行带重启的随机游走和拉普拉斯正规化,进而预测疾病基因。结果表明
本章算法有优越的性能。
第三章研究蛋白质折叠类型的预测问题。蛋白质折叠过程主要关注蛋白质折
叠率和折叠类型两方面,本章研究蛋白质折叠类型。先前预测蛋白质折叠类型的
方法需要蛋白质的三级结构信息或者预测的二级结构信息。本章仅利用蛋白质初
级结构,基于氨基酸物理化学特性和序列本身,提取各种特征,用主成分分析和
支持向量机预测蛋白质折叠类型。结果表明目前的方法是有效且有价值的。
第四章研究低同源蛋白质结构类预测问题。近几年的研究工作表明,基于预
测的蛋白质二级结构,能够有效地预测蛋白质结构类。所以本章提出对预测的蛋
白质二级结进行混沌游戏表示,进一步构建可视化及水平可视化网络并提取网络
特征,用支持向量机做分类预测,结果显示网络特征也有明显的分类效果。
第五章研究两态和多态折叠蛋白质分子动力学模拟之后的分形和网络分析。
本章分别对两态和多态蛋白质进行分子动力学模拟,提取各种能量时间序列,构
建水平可视化网络和符号网络。我们计算了水平可视化网络的分形维数,分别拟
合了符号网络的出入度分布且结果显示其服从逆高斯分布。
关键词: 疾病基因,异构网络,带重启的随机游走,拉普拉斯正规化,蛋白质折叠
类型,蛋白质结构类,分子动力学模拟,分形,可视化网络,水平可视化网络,符
号网络,主成分分析,支持向量机,留一交叉验证
Gene is the carrier of ic information, the proteins encoded by genes are
the direct manifestation of plexity and variability of life phenomenon, so
the study of protein is significant. This thesis mainly studies the related data of
proteins. The arrangement of this thesis is as follows:
In Chapter 2, we study the prediction problem of disease genes. In recent
years, the researchers presented many kinds of algorithms to rank candidate genes
from a single data source to integrate multiple data sources. We also use integrat-
ing multiple data sources. We propose the Laplacian normalization and random
walk on works to predict disease genes. The results show that
our algorithms have superior performance.
In Chapter 3, we study the prediction problem of protein folding type. Protein
folding process focuses on two aspects: protein folding rate and folding type, here
we study protein folding type. Previous methods for predicting protein folding
type require to use the information on tertiary or predicted secondary structure of
a protein. Here, based on physicochemical properties of amino acids and sequence
itself, we extract various characteristics to predict the protein folding type from
the primary structure of a protein using support vector bined with
ponent analysis. The results indicate that the present approach is
effective and valuable.
In Chapter 4, we study the prediction problem of low-homology protein struc-
tural classes. In recent years, research shows that one can effectively predict protein
structural classes based on the predicted secondary structures of proteins. Here,
the chaos game representation is employed to represent the predicted secondary
structure,from which we construct work, horizontal work
and work features. We use support
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文件大小：2.18 MB
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问题：  &#xe6
[单选] 传统的单向电泳方法最多只能分析的蛋白质种数是（）
A . 50B . 100C . 150D . 200E . 250
促进胃肠动力的药物是（） 硫糖铝。
西沙必利。
雷尼替丁。
非甾体抗炎药。
雷贝拉唑。
通常城市干道上每个方向都不仅有一条车道。在多车道情况下，（）车道通行能力最高。 靠近中线。
最右侧车道。
靠近中线第二车道。
男性，56岁，既往有乙型肝炎病史，本次因食管胃底静脉曲张破裂出血而入院。肝功能为Child-PughC级，大量腹水。
解除有机磷中毒烟碱样毒性作用，首选（） 阿托品。
碘解磷定。
尼可刹米。
磁共振室屏蔽内容及方法是（） 磁屏蔽、射频屏蔽用铁来屏蔽。
磁屏蔽、射频屏蔽用铜泊。
磁屏蔽、用铁及铜泊观察窗用铜纲。
磁屏蔽用铁、射频屏蔽用铜泊，观察窗用铜网。
射频屏蔽用铁及铜泊。
传统的单向电泳方法最多只能分析的蛋白质种数是（）
参考答案：B
●&&参考解析将一个正整数分解质因数是什么意思啊？_百度知道
将一个正整数分解质因数是什么意思啊？
什么是质因数啊？
质因数就是能够被该正整数整除的数（除它本身和1外）。比如像8，它的质因数就有2，4。16，就有2，4，8。每个数，1和它本身都是它的因数。而质因数却不是每个数都有的，像3，5，7，11就没有质因数。
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