&& 查看话题
【求助】安装MPI 【已解决】
请问哪位有安装MPI的详细过程？我自己在网上找了几个，试着安装总失败。MPI指导手册里提到需要很多的库函数包，但我听人说这其中很多库函数也不是必须的，因此也没有安装指导手册上的说明装。
MPI-1.2就可以，&&MPI-2 有点复杂。
windows? or Linux? or other? 这个不是很懂。我只知道联并行机的时候用这个…… Sorry, 我忘记提了。&&我需要在Linux系统下使用 下面简要说一些注意事项：
2、rsh配置
3、mpich1.*的安装
这些说明主要来源于我的blog。有的地方变成表情，没关系。
硬件配置：
主板：升技KN9-S
CPU：AMD3800+
内存：KST 1G DDR533&&*&&2
显卡：蓝X550企业静音
机箱：ATX+鑫谷300W
网卡：主板集成网卡
交换机：思科WS-12960-48TT
操作系统：RHEL4.U4.X86_64（支持串口硬盘）
在安装OS的时候，注意选择老的服务器***，开发***类的，把rsh，glibc等安装了。
配置rsh信任服务器用
在所有机器里面进行以下三个文件编辑
$ vi .rhosts
# vi /etc/hosts
# Do not remove the following line, or various programs
# that require network functionality will fail.
127.0.0.1& && && && && &node01.cfd node01 localhost.localdomain localhost
& && && && && && & （注意，这里不同的机器名）
192.168.211.101& && && &node01.cfd node01
192.168.211.102& && && &node02.cfd node02
# vi /etc/hosts.equiv
node01.cfd xiaogouzi
node02.cfd xiaogouzi
启动rsh，rlogin等r服务，现在基本上实现rsh服务，例如：
$ rsh node16
Last login: Sun Sep&&3 15:57:47 from node01
编译器的安装
编译器一般用PGI，这个天狼上有盗版的其装法各个版本略有不同。我们使用PGI.Server.v6.0.5.LINUX-TBE，下面列出方法：
先以root修改下列文件，目的是设置坏境变量，我们这里是将其安装在/usr/pgi里面的，如果装在别的地方，作适当修改。最后一句的意义是改变编码，以便能够较好的显示汉语等。
# /etc/profile
# System wide environment and startup programs, for login setup
# Functions and aliases go in /etc/bashrc
pathmunge () {
& && &&&if ! echo $PATH | /bin/egrep -q "(^|:)$1($|:)" ; then
& && && &&&if&&; then
& && && && &&&PATH=$PATH:$1
& && && &&&else
& && && && & PATH=$1:$PATH
& && && &&&fi
& && &&&fi
# Path manipulation
& && &&&pathmunge /sbin
& && &&&pathmunge /usr/sbin
& && &&&pathmunge /usr/local/sbin
pathmunge /usr/X11R6/bin after
# No core files by default
ulimit -S -c 0 > /dev/null 2>&1
USER="`id -un`"
LOGNAME=$USER
MAIL="/var/spool/mail/$USER"
HOSTNAME=`/bin/hostname`
HISTSIZE=1000
& & INPUTRC=/etc/inputrc
export PATH USER LOGNAME MAIL HOSTNAME HISTSIZE INPUTRC
for i in /etc/profile.d/*. do
& && &&&. $i
unset pathmunge
PGI=/usr/pgi
export PGI
PATH=$PGI/linux86-64/6.0/bin:$PATH
export PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/pgi/linux86-64/6.0/lib
MANPATH=$MANPATH:$PGI/man
export MANPATH
export LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat
export MPICH=/usr/mpich
export PATH=$MPICH/bin:$PATH
export LC_ALL=zh_CN.GB2312
编辑完了，退出重新登录即可。然后进入安装pgi，正常安装即可，如果出现找不到文件，则解压内部相关包，即可。然后将PGI.Server.v6.0.5.LINUX-TBE下的license.dat coppy到/usr/pgi下复盖之。
解压好软件之后，假定我们的安装目录为/usr/mpich
./configure –enable-debug –prefix=/usr/mpich \
>-fc=pgf77 –f90=pgf90 –rsh=rsh
Make && make install
# Vi /usr/mpich/share/machines.LINUX
内容如下：
改用普通用户，用example里面的例子测试一下即可。 看起来版上作并行的不多嘛 我也不是专门搞并行的，我是搞间断有限元的。计算三维问题时，串行程序的等待时间难以忍受。:tiger40: 都算什么问题？Originally posted by wudi_82 at
我也不是专门搞并行的，我是搞间断有限元的。计算三维问题时，串行程序的等待时间难以忍受。:tiger40:&& 查看话题
新手安装openmpi时遇到的问题
在安装openmpi的时候输入命令./configure --prefix=/home/carror/openmpi-1.8.2 CC=icc CXX=icpc F77=ifort FC=ifort后总是显示错误
*** Startup tests
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking target system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking for gcc... icc
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/home/carror/openmpi-1.8.2':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
但是我的gcc已经正确安装了,检查如下：
root@carror-hp:/home/carror/openmpi-1.8.2# apt-get install gcc
正在读取软件包列表... 完成
正在分析软件包的依赖关系树& && &
正在读取状态信息... 完成& && &
gcc 已经是最新的版本了。
不知道是什么问题，求指教！
楼主安装的intel 编译器有没有添加环境变量？？ 是啊
出问题的是“ checking whether the C compiler works... no”
你编译的时候设的是icc和icpc，检查gcc干吗？
先检查你的Intel C编译器，是装好了没写进环境变量，还是压根就没装 第一，此处你采用的是icc，gcc无论怎样升级与此无关 CC=icc
第二，如果你安装了icc，请注意你到底采用的是sh还是dash，如果是dash的环境，icc编译还是会出现上述问题。 : Originally posted by c_羿 at
楼主安装的intel 编译器有没有添加环境变量？？ 应该是已经添加了，我在.bashrc文件里面已经添加了
source /opt/intel/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/composer_xe_/mkl/bin/mklvars.sh intel64
另外检验：
carror@carror-hp:/$ which ifort
/opt/intel/composer_xe_/bin/intel64/ifort
carror@carror-hp:/$ which icc
/opt/intel/composer_xe_/bin/intel64/icc
carror@carror-hp:/$ which icpc
/opt/intel/composer_xe_/bin/intel64/icpc
不知道是不是这么检验的，本人小白，百度的检验方法，另外自己写了一个.c文件也编译成功，但还是有问题 : Originally posted by 卡开发发 at
第一，此处你采用的是icc，gcc无论怎样升级与此无关 CC=icc
第二，如果你安装了icc，请注意你到底采用的是sh还是dash，如果是dash的环境，icc编译还是会出现上述问题。 请问sh和dash环境有什么区别，百度不到，不好意思
我是根据以下步骤安装的intel_parallel_studio_xe_2013_update2
2../install.sh
4.view license,一路空格，最后accept
5.Alternative activation, use a license file, provide the full path, 输入：目录/lic文件名 （具体内容可能有出入）
6.可选择Typical Install全部安装，或只安装inter fortran composer, 安装包具体内容可参考说明文件。
7.目录已存在，因为里面放了刚才的lic文件，所以无所谓，overwrite yes。后面省略，安装完成。
8.加入环境路径，使用刚才提到的nautilus命令，打开主窗口，在主目录下（通常为/home/你的用户名，也就是打开终端时显示的路径)按ctrl+h,显示隐藏文件，打开.bashrc, 在最后插入
source /opt/intel/bin/ifortvars.sh ia32
source /opt/intel/composer_xe_/mkl/bin/mklvars.sh ia32
（根据情况改代码目录，32位用ia32, 64位用intel64。intel文件夹中会有多个ifortvars.sh文件，bin目录下是一个索引之类的文件，composer_xe_目录下的则只有一句路径代码，选择bin下的也会指到composer_xe_去，所以选择哪个无太大关系。）
9.cd 主目录，source .bashrc （以后若出现 make：找不到ifort，gfortran 命令、文件之类的，再source .bashrc一下就好了）
来自http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=7943283&fpage=1&target=blank
应该是正确配置了
carror@carror-hp:/$ which ifort
/opt/intel/composer_xe_/bin/intel64/ifort
carror@carror-hp:/$ which icc
/opt/intel/composer_xe_/bin/intel64/icc
carror@carror-hp:/$ which icpc
/opt/intel/composer_xe_/bin/intel64/icpc
不知道问题在哪里，求教！ /dpool/blog/s/blog_5f16bub.html?vt=4
不知道会不会帮得到你。 : Originally posted by 卡开发发 at
/dpool/blog/s/blog_5f16bub.html?vt=4
不知道会不会帮得到你。 按照上面的方法转换了之后还是出现同样的问题，请问还会有其他的肯呢个吗，实在是没有办法了，我从composer到2015都试过了还是不能解决…… : Originally posted by carror at
按照上面的方法转换了之后还是出现同样的问题，请问还会有其他的肯呢个吗，实在是没有办法了，我从composer到2015都试过了还是不能解决……... carror@carror???
检查一下是否和权限有关。
如果ubuntu下没建立root账户，那可以sudo passwd root，之后输入当前账户的密码后输入并确定root账户，然后通过root账户试试。
别的暂时我还没想出来。&& 查看话题
Gromacs-4.6.2安装过程
Gromacs从4.6version开始就不再支持原有的configure创建Makefile的编译方法，转而全面使用cmake的编译方法。此方法相较原来的方法在编译过程更方便和快捷。这里把编译4.6.2的执行脚本贴给大家参考。
我这里使用的编译器是GNU 4.1.2&&|&&openmpi 1.6&&| fftw 3.2.2 | cmake 2.8.11.1
首先如果你的linux上的 cmake版本低于2.8请从新安装最新版的cmake，否则你的编译存在失败的风险。
cmake 安装script
------------------------------------------------------
#!/bin/bash
./configure --prefix=/opt/cmake/2.8.11.1
make install
------------------------------------------------------
openmpi 不在此赘述
fftw 安装script
------------------------------------------------------
#!/bin/bash
export OPENMPI_DIR=/opt/openmpi/1.6
export PATH=${OPENMPI_DIR}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${OPENMPI_DIR}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
./configure --prefix=/opt/fftw/3.3.2 \
& && &&&--enable-sse2 --with-pic\
& && &&&CC=gcc MPICC=${OPENMPI_DIR}/bin/mpicc F77=gfortran
make install
------------------------------------------------------
gromacs 安装script
------------------------------------------------------
#!/bin/bash
export CMAKE_DIR=/hopt/cmake/2.8.11.1
export OPENMPI_DIR=/opt/openmpi/1.6
export FFTW_DIR=/opt/fftw/3.3.2
export PATH=${CMAKE_DIR}/bin:${OPENMPI_DIR}/bin:${FFTW_DIR}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${CMAKE_DIR}/lib:${OPENMPI_DIR}/lib:${FFTW_DIR}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
mkdir& & build-gromacs
cd& && && &build-gromacs
cmake .. -DGMX_BINARY_SUFFIX=_mpi_d \
& && &&&-DGMX_DEFAULT_SUFFIX=ON \
& && &&&-DBUILD_SHARED_LIBS=ON \
& && &&&-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs/4.6.2-openmpi.gnu.openmp \
& && &&&-DGMX_MPI=ON \
& && &&&-DCMAKE_PREFIX_PATH=${CMAKE_DIR}:${OPENMPI_DIR}:${FFTW_DIR} \
& && &&&-DCMAKE_LIBRARY_PATH=${CMAKE_DIR}/lib:${OPENMPI_DIR}/lib:${FFTW_DIR}/lib \
& && &&&-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF \
& && &&&-DCMAKE_CXX_COMPILER=${OPENMPI_DIR}/bin/mpicxx \
& && &&&-DGMX_FORCE_CXX=${OPENMPI_DIR}/bin/mpicxx \
& && &&&-DCMAKE_C_COMPILER=${OPENMPI_DIR}/bin/mpicc \
& && &&&-DGMX_GPU=OFF \
& && &&&-DGMX_DOUBLE=ON \
& && &&&-DGMX_OPENMP=ON \
& && &&&-DGMX_THREAD_MPI=OFF \
& && &&&-DGMX_LOAD_PLUGINS=OFF \
& && &&&-DFFTW_INCLUDE_DIR=${FFTW_DIR}/include \
& && &&&-DGMX_DISABLE_FFTW_MEASURE=ON \
& && &&&-DFFTW_LIBRARY=${FFTW_DIR}/lib/libfftw3.a
make -j 8& & ###同时使用8个cpu进行编译，大家可以适当调整
make install
------------------------------------------------------
我开启了mpi和openmp两种并行计算方法，这也是现在最常用的并行计算方法。由于没有GPU计算节点，所以我关闭了GPU的计算功能，如果你的机器上已经安装GPU节点，可以开启此项功能。
最后祝大家分子模拟成功！
哥们，QM MM模块的安装没有介绍 回答2楼的问题，如果你想安装QMMM功能，首先你得Linux cluster上必须已经安装相关的QM软件。如果确认已经安装，那么请把路径export 在shell里面，例如
export GAUSSIAN_DIR=/opt/gaussian
export PATH=${GAUSSIAN_DIR}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${GAUSSIAN_DIR}//lib:${LD_LIBRARY_PATH}
并在编译gromacs的时候加上如下参数：
-DGMX_QMMM_PROGRAM:STRING=gaussian& &#注意可选着如下量化代码 gaussian,mopac,gamess,orca
祝你QMMM道路走的顺利！ : Originally posted by xuxm03 at
哥们，QM MM模块的安装没有介绍 回答2楼的问题，如果你想安装QMMM功能，首先你得Linux cluster上必须已经安装相关的QM软件。如果确认已经安装，那么请把路径export 在shell里面，例如
export GAUSSIAN_DIR=/opt/gaussian
export PATH=${GAUSSIAN_DIR}/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=${GAUSSIAN_DIR}//lib:${LD_LIBRARY_PATH}
并在编译gromacs的时候加上如下参数：
-DGMX_QMMM_PROGRAM:STRING=gaussian& &#注意可选着如下量化代码 gaussian,mopac,gamess,orca
祝你QMMM道路走的顺利！ 楼主，有个问题想请教一下，我装geromacs的时候出错，但不知道应该怎么解决，不知楼主是否有经验？我是有设gpu的
/usr/bin/install -c -m 644 fftw3f.pc '/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/lib/pkgconfig'
Making install in threads
Making install in tests
Making install in mpi
Making install in doc
Making install in FAQ
/usr/bin/install -c -m 644 /home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/src/gmxfftw/ /home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/src/gmxfftw/-1 /home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/src/gmxfftw/-2 '/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/share/info'
install-info --info-dir='/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/share/info' '/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/share/'
This is not dpkg install-info anymore, but GNU install-info
See the man page for ginstall-info for command line arguments
Making install in tools
&&/bin/bash ../libtool& &--mode=install /usr/bin/install -c fftwf-wisdom '/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/bin'
libtool: install: /usr/bin/install -c fftwf-wisdom /home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/bin/fftwf-wisdom
/usr/bin/install -c fftw-wisdom-to-conf '/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/bin'
/usr/bin/install -c -m 644 /home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/src/gmxfftw/tools/fftw-wisdom-to-conf.1 fftwf-wisdom.1 '/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmxfftw-prefix/share/man/man1'
Making install in m4
Completed 'gmxfftw'
Built target gmxfftw
Building NVCC (Device) object src/gmxlib/gpu_utils/CMakeFiles/gpu_utils.dir//./gpu_utils_generated_gpu_utils.cu.o
In file included from /usr/local/cuda/include/cuda_runtime.h:59:0,
& && && && && &&&from &command-line&:0:
/usr/local/cuda/include/host_config.h:82:2: error: #error -- unsupported GNU version! gcc 4.7 and up are not supported!
CMake Error at gpu_utils_generated_gpu_utils.cu.o.cmake:198 (message):
&&Error generating
&&/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/gmxlib/gpu_utils/CMakeFiles/gpu_utils.dir//./gpu_utils_generated_gpu_utils.cu.o
make: ***&&Error 1
make: ***&&Error 2
make: ***&&Error 2 : Originally posted by liangjun44 at
楼主，有个问题想请教一下，我装geromacs的时候出错，但不知道应该怎么解决，不知楼主是否有经验？我是有设gpu的
/usr/bin/install -c -m 644 fftw3f.pc '/home/dell/gromacs-4.6.3/build/src/contrib/fftw/gmx ... #error -- unsupported GNU version! gcc 4.7 and up are not supported!
你的gnu的version是否太新。建议用intel编译器编译gpu!! : Originally posted by yazhiyang at
#error -- unsupported GNU version! gcc 4.7 and up are not supported!
你的gnu的version是否太新。建议用intel编译器编译gpu!!... 最近发现确实是gcc版本太高了，换了之后就能编译成功了。我用的是gcc，楼主建议用intel的原因是啥呢？ : Originally posted by liangjun44 at
最近发现确实是gcc版本太高了，换了之后就能编译成功了。我用的是gcc，楼主建议用intel的原因是啥呢？... 没想你会去重装gcc，所以要你直接换intel就不会有冲突。
仅仅是一个简单解决的办法。
gromacs最适合的编译器还是gnu，所以能用gnu是最好了。
模拟成功！ 谢谢，学习了 %%%%%%%%%%%%%% : Originally posted by yazhiyang at
没想你会去重装gcc，所以要你直接换intel就不会有冲突。
仅仅是一个简单解决的办法。
gromacs最适合的编译器还是gnu，所以能用gnu是最好了。
模拟成功！... 楼主你好，我现在在安装的是GROMACS4.6.3，想加入GPU的运算，但是在cmake的时候出现问题，提示需要newer compiler（现在用的是gnu 4.1.2 red hat）。其中提到的问题大约是AVX什么的找不到还是啥。。。
请问我这该怎么解答呢？我而且我发现在4.6.3里如果想要改变编译器的话那个DGMX_ACCELERATION貌似已经没有了...
我是个新手，对这些还不是太熟，求助！ : Originally posted by Leliel at
楼主你好，我现在在安装的是GROMACS4.6.3，想加入GPU的运算，但是在cmake的时候出现问题，提示需要newer compiler（现在用的是gnu 4.1.2 red hat）。其中提到的问题大约是AVX什么的找不到还是啥。。。
请问我这 ... 你好！gromacs如果没有重要更新，我并不想去测试每个版本安装。有可能会有少许变化。你们提到的GPU问题，由于我使用的几个cluster都没有GPU，所以无法测试。但是从我朋友那边已知的经验来看，gnu编译器是不存在问题的。如果你的cluster行不通，那么可以换intel编译器看看。
4.6.3版本如果参数变化，请修改script就好了。如果你对script不熟悉，可以改装4.6.2版本。 楼主，弱弱的问句，gnu编译器怎么安装啊？俺还是一枚菜鸟菜鸟..。迷茫啊，求指教。 在Cygwin上能安装成功吗？ 楼主，感谢分享！
有一个问题：运用8个cpu同时编译，那么用gmx的时候是不是可以根据需要随便调用2个、4个或者8个cpu？}