analysis. Chin J Biotech, ): 701?715. 摘 要: 基元模式分析是应用最广泛的代谢途径分析方法基元模式分析的研究对象从代谢网络发展到信号 传导网络；研究尺度从细胞到生物反应器，甚至生态系统；数学描述从稳态分解到动态解析；研究领域从微生 物代谢到人类疾病以下综述了基元模式分析的算法和软件开发现状，以及其在代谢途径与魯棒性、代谢通量 分解、稳态代谢通量分析、动态模型与生物过程模拟、网络结构与调控、菌株设计和信号传导网络等方面的应 用开发噺的算法解决组合爆炸问题，探索基元模式与代谢调控的关系以及提高菌株设计算法效率是今后基元 模式的重要发展方向 关键词: 基元模式，代谢网络代谢通量，代谢途径 Applications of elementary mode analysis in biological

analysis. Chin J Biotech, ): 701?715. 摘 要: 基元模式分析是应用最广泛的代谢途径分析方法基元模式分析的研究对象从代谢网络发展到信号 传导网络；研究尺度从细胞到生物反应器，甚至生态系统；数学描述从稳态分解到动态解析；研究领域从微生 物代谢到人类疾病以下综述了基元模式分析的算法和软件开发现状，以及其在代谢途径与魯棒性、代谢通量 分解、稳态代谢通量分析、动态模型与生物过程模拟、网络结构与调控、菌株设计和信号传导网络等方面的应 用开发噺的算法解决组合爆炸问题，探索基元模式与代谢调控的关系以及提高菌株设计算法效率是今后基元 模式的重要发展方向 关键词: 基元模式，代谢网络代谢通量，代谢途径 Applications of elementary mode analysis in biological