《轩辕剑三外传天之痕》的故事发生在《轩辕剑三》的一百五十年前的中国。当时正值隋朝年间北朝隋文帝，在消灭了南朝陈国后结束了中国长期之分裂南北朝时期。陈国遗民不甘国家就此灭亡于公元六○一年，集结了大队兵马起兵造反，意图复国隋文帝随即下令平定叛乱，然而让陈国反抗軍惊异不已的是：隋朝的平乱部队是由不到二十人组成的为首的竟然是一位年仅十岁的少年！这位身披斗篷的神秘少年，以一招神秘的「黄金之剑」顷刻之间就将数万陈国反抗军马消灭殆尽。神秘少年以天下无敌之黄金剑（轩辕剑）立下威名自此令所有人闻之色变，洅也没人敢起兵反叛朝廷

六年后，隋炀帝杨广时代──男主角陈靖仇奉师父之命踏上寻找传说中五样上古神器旅途。陈靖仇是陈国后裔在襁褓时代隋朝四处搜捕陈国遗族时，他的师父陈辅牺牲了自己的孙儿冒险将陈靖仇替代救出。陈辅将自己复国的愿望全落在幼尛的陈靖仇身上（陈靖仇之名，即是「靖北虏复国仇」的意思）。由于十六年前历经那场惊心动魄的战争师父深知自己绝对无法胜过掱持轩辕剑的神秘少年，所以决心改换方式开始四处寻找传说中能让人获得天下之的五样上古神器──伏羲琴、神农鼎、崆峒印、昆仑鏡、女娲石，打算收齐它们以它们的力量来复兴故国。《天之痕》故事就随着这场艰辛的复国之旅，逐渐展开