离问题还有
(共有<span
style="color:#FF位秀友关注过此问题)
细菌16S rDNA 序列测序之后，如何比对并建立系统发育树？请达人详述处理步骤，谢谢
共有1位秀友回答　
提问者： [] [] []
欢迎您用专业知识为他人答疑解惑，花三五分钟，帮别人解决一个问题，快乐自己一天！
我为人人，人人为我，让我们一起努力共同打造一个专业的学术交流互助平台.
秀友回答 (1)
首先比对序列看是否同源，如果同源，比较同源的核苷酸。序列格式:FASTA格式。
用Clustal X构建N-J系统树的过程
(1) 打开Clustal X程序,载入源文件.
File-Load sequences- C:\temp\jc.txt.
(2) 序列比对
Alignment - Output format options - & C CLUSTALW sequence numbers: ON
Alignment - Do complete alignment
(Output Guide Tree file, C:\temp\jc.Output Alignment file, C:\temp\jc.)
Align & waiting&&
等待时间与序列长度,数量以及计算机配置有关.
(3) 掐头去尾
File-Save Sequence as&
Format: ⊙ CLUSTAL
GDE output case: Lower
CLUSTALW sequence numbers: ON
Save from residue: 39 to 1504 (以前后最短序列为准)
Save sequence as: C:\temp\jc-a.aln
将开始和末尾处长短不同的序列剪切整齐.这里,因为测序引物不尽相同,所以比对后序列参差不齐.一般来说,要&掐头去尾&,以避免因序列前后参差不齐而增加序列间的差异.剪切后的文件存为ALN格式.
(4) File-Load sequences-Replace existing sequences -Yes- C:\temp\jc-a.aln
重新载入剪切后的序列.
(5) Trees-Output Format Options
Output Files : & CLUSTAL format tree & Phylip format tree & Phylip distance matrix
Bootstrap labels on: NODE
Trees-Exclude positions with gaps
Trees-Bootstrap N-J Tree :
Random number generator seed(1-1000) : 111
Number of bootstrap trails(1-1000): 1000
SAVE CLUSTAL TREE AS: C:\temp\jc-a.njb
SAVE PHYLIP TREE AS: C:\temp\jc-a.njbphb
OK & waiting&&
等待时间与序列长度,数量以及计算机配置有关.在此过程中,生成进化树文件*.njbphb,可以用TreeView打开查看.
(6) Trees-Draw N-J Trees
SAVE CLUSTAL TREE AS: C:\temp\jc-a.nj
SAVE PHYLIP TREE AS: C:\temp\jc-a.njph
SAVE DISTANCE MATRIX AS: C:\temp\jc-a.njphdst
此过程中生成的报告文件*.nj比较有用,里面列出了比对序列两两之间的相似度,以及转换和颠换分别各占多少.
(7) TreeView
File-Open-C:\temp\jc-a.njbphb
Tree- phylogram(unrooted, slanted cladogram,Rectangular cladogram多种树型)
Tree- Show internal edge labels (Bootstrap value)(显示数值)
Tree- Define outgroup& & ingroup && outgroup & OK(定义外群)
Tree- Root with outgroup
通常需要对进化树进行编辑,这时首先要Edit-Copy至PowerPoint上,然后Copy至Word上,再进行图片编辑.如果直接Copy至Word则显示乱码,而进化树不能正确显示.
回答者： 一级 一星助者
回答字数在10000字以内
亲，您需要登陆后才能回答该问题
如果您在、、或任一系统注册过的话，
请用您注册的用户名和密码在下面的登陆框中登陆后再发布您的答案，
如果您在以上系统都未曾注册过，请点击"注册"按钮一分钟注册，谢谢！
找到"细菌16S rDNA 序列测序之后，如何比对并建立系统发育树"相关问题约42篇，用时1.155272秒
生物秀旗下专业的学术问答社区，为生命科学和医药领域的专业人员提供互帮互助的交流平台。秉承“人人为我，我为人人”的互助理念，让给予成为一种生活方式！
联系我们[Contact Us]：E-mail：
电话：021-
关于我们 [About Us]
生物秀是目前国内最具影响力的生物医药门户网站之一，致力于IT技术和BT(Biology Technology)的跨界融合以及生物医药领域前沿技术和成功商业模式的传播。为生物医药领域研究人员和相关企业提供最具价值的行业资讯、专业技术、学术交流平台、会议会展、电子商务和求职招聘等一站式服务。
生物秀旗下 [Website]您的位置： &
分子系统发育树构建的简易方法
摘　要：以系统发育树构建的原有距离方法为基础，吸取了NJ法和FM法中的部分理论，提出了以节点引入为手段的新的简易方法，通过该方法构建了分子系统发育树，结果表明这种方法更加快捷，而且所得结果与FM法完全一致。大家帮看看我做这个系统发育树是否可用，做法是否正确，谢谢了~~ - 微生物 - 小木虫 - 学术 科研 第一站
&& 查看话题
大家帮看看我做这个系统发育树是否可用，做法是否正确，谢谢了~~
本人小硕一枚，分子生物学这方面完全就是菜鸟的级别。现在面临菌种的鉴定，已经给上海生工做了16s rDNA，得到了菌株的序列，也列出了DNA序列与之相近的几种菌。后面的做法是不是跟踪NCBI网站上所列出的菌的详细消息，复制ORIGIN后面的序列，做出TXT文档？我把我的未知菌的序列同样做了TXT文档，并且每个菌的序列单独做个文档，这样是正确的吧？后面是依照好心的虫友们提供的办法，用MEGA5.0建了发育树，现在就不知道这个发育树建得正不正确，该怎样分析？
PS:是不是那个99后的菌就是和我的菌最相同的啊？
没人帮我吗？小白求助。。。:tiger08: http://147.47.212.35:8080/去这个网站比对一下看看相似性多高 NCBI的序列不可靠 看一下结果 再做打算 你这个菌要是真是bacillus的话 通过分子鉴定是不够的 其他的还要做 看你更看重什么了 觉得这树不怎么能用 : Originally posted by allencindy at
觉得这树不怎么能用 这些菌是生工上提供的，sp.结尾的是不是没有什么参考价值？我去NCBI上比对了，可最大的max ident 都只有96%~:rol: 可以去模式菌株数据库（http://147.47.212.35:8080/index.jsp）比对一下看看结果，或者到RDP数据库比对也可以。单凭16S序列测定是不能鉴定细菌到种的。如果你只是想要个系统发育树，也要找模式菌株构建，如果是想做菌株鉴定，还需要辅以大量的生理生化试验 : Originally posted by mirror3895 at
可以去模式菌株数据库（http://147.47.212.35:8080/index.jsp）比对一下看看结果，或者到RDP数据库比对也可以。单凭16S序列测定是不能鉴定细菌到种的。如果你只是想要个系统发育树，也要找模式菌株构建，如果是想做 ... 我现在就只想要个系统发育树，EzBiocloud（就是你上面那个网址）数据库里的菌株就是鉴定到种了的吗？比如像这个：Lysinibacillus fusiformis B14905，还有我看别人文章中的发育树选择的都没有编号的，就是这个：B14905，小白谢谢大家帮忙了:tuzi9: 单凭16S序列是不能将一株细菌鉴定到种的，还需要做杂交和生理生化试验去确定。那个编号是NCBI登录号，如果文章要发表i需要申请登录号的 你选的菌株好像有点少！可以参考相似性最近的菌所发的文章里的进化树。并且你那些菌的名称不准确，应该直接选用EZTAXONli的名字，直接拷贝就行。 : Originally posted by chucuiwei at
你选的菌株好像有点少！可以参考相似性最近的菌所发的文章里的进化树。并且你那些菌的名称不准确，应该直接选用EZTAXONli的名字，直接拷贝就行。 谢谢你~你说的是这个网页吧http://ezgenome.ezbiocloud.net/，我进去了，但模式菌株的相似度最大也就95%这样，而且为什么根据模式菌株的NCBI登录号，得不到16s rDNA的序列呢？单单用NCBI比对的都能找得到。。。:shuai:
图1是我在模式菌种的部分搜索结果，第一个NCBI的登录号是PRJNA54613，在NCBI PLAST后，得的结果如图2。。。图3是模式菌种比对结果中第一个的详细资料，请大家指点，我是不是哪里弄错了了~:hand:
3.jpg 上面的图太小，看不清楚，我再传一下图3~
3.jpg : Originally posted by cong-cong at
谢谢你~你说的是这个网页吧http://ezgenome.ezbiocloud.net/，我进去了，但模式菌株的相似度最大也就95%这样，而且为什么根据模式菌株的NCBI登录号，得不到16s rDNA的序列呢？单单用NCBI比对的都能找得到。。。:sh ... 你得用NCBI上面比对出来的那些菌种的典型菌株建树。查找文献，看是否发表过鉴定文章 ，通过文章确定最典型的菌株，然后找基因，最后建树。比较麻烦。 : Originally posted by yc at
你得用NCBI上面比对出来的那些菌种的典型菌株建树。查找文献，看是否发表过鉴定文章 ，通过文章确定最典型的菌株，然后找基因，最后建树。比较麻烦。... 不是大家都推荐用韩国的那个网站吗？里面比对的都是模式菌株，网站就是这个http://ezgenome.ezbiocloud.net，在NCBI上比对的好多都是SP.结尾的。。。:rol: : Originally posted by yc at
你得用NCBI上面比对出来的那些菌种的典型菌株建树。查找文献，看是否发表过鉴定文章 ，通过文章确定最典型的菌株，然后找基因，最后建树。比较麻烦。... http://www.bacterio.cict.fr/validationlists.html
输入属名查询，种名是按字母排序的，里面有登录号，还有相关文献，点进去就是16s。但有些新鉴定的种的可能没有。 : Originally posted by yc at
http://www.bacterio.cict.fr/validationlists.html
输入属名查询，种名是按字母排序的，里面有登录号，还有相关文献，点进去就是16s。但有些新鉴定的种的可能没有。... 谢谢啊~~灰常感谢~~:tuzi6: 其实在EzBioCloud的数据库里，可以直接链接到模式菌种的16s rDNA,点击PLAST后出来的结果中，点击EzGenome Name 下的菌株名字，即可很容易找到16s rDNA~~小白在这里谢谢大家的帮忙了:tuzi12::cat39::arm:
var cpro_id = 'u1216994';
欢迎监督和反馈：本帖内容由
提供，小木虫为个人免费站点，仅提供交流平台，不对该内容负责。欢迎协助我们监督管理，共同维护互联网健康，如果您对该内容有异议，请立即发邮件到
联系通知管理员，也可以通过QQ周知，我们的QQ号为：8835100
我们保证在1个工作日内给予处理和答复，谢谢您的监督。
小木虫，学术科研第一站，为中国学术科研研究提供免费动力
欢迎监督，发现不妥请立即
E-mail： & QQ：8835100MEGA4用于打开NCBI等数据库下载的核酸序列，还可以翻译成氨基酸序列，以及系统..
扫扫二维码，随身浏览文档
手机或平板扫扫即可继续访问
MEGA4的中文使用说明
举报该文档为侵权文档。
举报该文档含有违规或不良信息。
反馈该文档无法正常浏览。
举报该文档为重复文档。
推荐理由：
将文档分享至：
分享完整地址
文档地址：
粘贴到BBS或博客
flash地址：
支持嵌入FLASH地址的网站使用
html代码：
&embed src='/DocinViewer-4.swf' width='100%' height='600' type=application/x-shockwave-flash ALLOWFULLSCREEN='true' ALLOWSCRIPTACCESS='always'&&/embed&
450px*300px480px*400px650px*490px
支持嵌入HTML代码的网站使用
您的内容已经提交成功
您所提交的内容需要审核后才能发布，请您等待！
3秒自动关闭窗口}