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4株扁藻属微藻5.8S rDNA和转录间隔区(ITS)的序列分析
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4株扁藻属微藻5.8S rDNA和转录间隔区(ITS)的序列分析
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3秒自动关闭窗口一、蓖麻蚕rDNA转录重复单位的全序列测定和转录间隔区功能分析 二、肝癌相关基因LPTS，HCRP1和Lis1的转录调控研究--《中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）》2004年博士论文
一、蓖麻蚕rDNA转录重复单位的全序列测定和转录间隔区功能分析 二、肝癌相关基因LPTS，HCRP1和Lis1的转录调控研究
【摘要】：本论文由两部分组成,第一部分是蓖麻蚕 rDNA 转录重复单位的全序列测定和转录间
隔区功能分析。本研究对蓖麻蚕完整的 rDNA 转录复制单位进行亚克隆和序列测定,确定
了前体 rRNA 的转录起始位点和一个可能的前体 RNA 加工位点。同时对 rRNA 转录起始位点
附近的序列进行了分析,初步认定蓖麻蚕 rDNA 的启动子区在高级构象上与其他生物相比
具一定保守性。由于蓖麻蚕 RNA 基因的转录间隔区相对较短但它具备真核生物 RNA 聚合酶
I 转录调控所必需的机制,因此有望将其作为 rRNA 转录调控的一个重要的模型。蓖麻蚕
rDNA 完整转录单位的序列和转录起始位点的确定为研究 rRNA 基因的转录调控和顺式元件
的正确定位打下了基础。第二部分为肝癌相关基因 LPTS,HCRP1 和 Lis1 的转录启动子克
隆鉴定和表达调控研究。癌症的发生发展是一个多步骤的过程,是各种环境因素与遗传因
素相互作用的结果。在癌细胞中同时存在抑癌基因的失活和癌基因的激活。研究肝癌相关
基因表达调控机制,对阐明肿瘤的分子病理机制具有重要意义。我们实验室通过定位候选
克隆和组织表达差异筛选的方法筛选出两个在肝癌中低表达的候选抑癌基因 LPTS 和
HCRP1,以及一个在肝癌中高表达的基因 Lis1。本工作分别克隆了三个基因的 5’上游序
列,确定了它们的转录启动子区。鉴定出 LPTS 基因的转录起始位点及启动子区的四个
DNase I 超敏位点,发现 LPTS 启动子活性在不同的肝和肝癌细胞中变化不大,但启动子
区对 DNase I 的敏感性有差别,提示染色质水平的转录调控对 LPTS 基因的表达可能影响
较大;同时分别检测了三个基因在肝癌组织中的杂合性缺失(LOH)和启动子甲基化状况,
试图说明这些基因在肝癌中表达差异的原因。经 Bisulfite-sequencing、MSP 和 DHPLC
联合检测表明,三个基因在肝癌中都不受启动子甲基化因素的影响。LPTS 和 HCRP1 基因
在肝癌中分别有 34.5%和 50%发生 LOH,提示 LPTS 和 HCRP1 基因的 LOH 是造成基因表达下
调的重要因素。另外利用 RNA 干扰技术特异性降低内源性 Lis1 基因的表达后发现 Lis1
的低表达可以显著抑制培养的肝癌细胞的生长。对这些基因的表达调控和功能方面的研究
将为进一步阐明肝癌发生的分子机制和发展肝癌的分子诊断及治疗提供帮助。
【关键词】：
【学位授予单位】：中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）【学位级别】：博士【学位授予年份】：2004【分类号】：R735.7;S881【目录】：
第一部分 蓖麻蚕 rDNA 转录重复单位的全序列测定和转录间隔区功能分析7-33
材料与方法11-16
第二部分 肝癌相关基因 LPTS，HCRP1 和 LIS1 的转录调控研究33-106
第一章 肝癌相关抑癌基因 LPTS 启动子区的克隆鉴定和功能分析37-60
材料与方法41-49
第二章 HCRP1 基因的启动子区克隆鉴定及转录调控研究60-74
材料与方法62-66
第三章 Lis1 基因的启动子区克隆鉴定及功能研究74-92
材料与方法78-82
文献92-106
发表论文106-107
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帘蛤科两种经济贝类种群的ITS-1序列遗传多样性分析
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&&利​用​核​糖​体​D​N​A​转​录​间​隔​区​I​T​S​-序​列​对​硬​壳​蛤​(​M​e​r​c​e​n​a​r​i​a​ ​m​e​r​c​e​n​a​r​i​a​)​的​养​殖​群​体​和​青​蛤​(​C​y​c​l​i​n​a​ ​s​i​n​e​n​s​i​s​)​的​野​生​种​群​遗​传​多​样​性​进​行​了​分​析​.​经​过​P​C​R​扩​增​、​连​接​与​测​序​后​,​得​到​硬​壳​蛤​I​T​S​-的​长​度​为1～2b​p​,​青​蛤​的​为6～8b​p​,​序​列​用​C​l​u​s​t​a​l​X​ .3​多​重​比​对​后​,​在2b​p​组​成​的​同​源​片​段​中​有1个​碱​基​序​列​为​保​守​位​点​,​通​过​D​N​A​s​p​软​件​分​析​,​该​种​群​的​核​酸​多​态​性​指​数​P​i​为.00,
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6种帘蛤科贝类18S rRNA基因全序列比较分析
【摘要】：对文蛤(Meretrix meretrix)、青蛤(Cyclina sinensis)、江户布目蛤(Protothaca jedoensis)、薄片镜蛤(Dosinia corrugata)、紫石房蛤(Saxidomus purpuraus)和菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)6种帘蛤科(Veneridae)贝类的18S rRNA基因序列进行了PCR扩增并测序,以期获得这一序列的基本特征,评估其种间变异程度,探讨这一序列在种类鉴定和分子系统发育等研究中的应用价值。测序结果表明,文蛤、青蛤、江户布目蛤、薄片镜蛤、紫石房蛤和菲律宾蛤仔18S rRNA基因序列全长分别为1900bp、1838bp、1831bp、1831bp、1829bp和1833bp。序列中A、T、C和G碱基的平均含量分别为24.0%、24.0%、24.2%和27.8%。用MEGA软件对6种帘蛤18S rRNA基因全序列进行了分析,对位排列后的总长度1 906 bp,其中变异位点210个,简约信息位点28个,si/sv=1.4(46/32)。从GenBank下载了7种帘蛤科贝类18S rDNA全序列,与本研究实测的6种帘蛤一起用MegAlign软件对其18S rDNA序列进行了比对,物种间序列相似百分比为88.7%~99.7%。文蛤与其他12物种间序列差异较大,序列差异百分比均超过了10%,其他各物种间序列差异百分比不超过3%。以异韧带亚纲(Anomalodesmata)笋螂目(Pholadomyoida)的Lyonsia floridana和Cardiomya costellata为外群,采用相邻连接法(NJ)和最大简约法(MP)构建了帘蛤科贝类的系统发育树,其拓扑结构显示雪蛤亚科(Chioninae)、帘蛤亚科(Venerinae)和镜蛤亚科(Dosiniinae)的种类首先聚在一起,形成一个聚类簇;缀锦蛤亚科(Tapetinae)、卵蛤亚科(Pitarinae)、仙女蛤亚科(Callistinae)、青蛤亚科(Cyclininae)和文蛤亚科(Meretricinae)的种类先后分别单独聚成一枝;最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,说明18S rDNA序列适合作为帘蛤科系统发育研究的分子标记。
【作者单位】：
【关键词】：
【基金】：
【分类号】：S917.4【正文快照】：
帘蛤科(Veneridae Rafinesque,1815)动物在传统分类上隶属于软体动物门(Mollusca)、双壳纲(Bivalvia)、帘蛤目(Venerioda)。帘蛤科是双壳贝类中物种最多的一个科,约有500多种,广泛分布于世界各海域,是潮间带区系的优势种类,很多具有重要的商业价值[1]。1969年Keen[2]根据形态
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