现在的科学技术已经可以测定人类的人类基因组数据库了,那么这个测...

阅读下面的材料,按要求完成6—9题。 日前,英美科学家宣布完成了人类最大的染色体——第一号染色体的测序和分析,历时16年的“人类基因组计划”终于完成“生命之书”的最后一个章节。这标志着人类认..域名:学优高考网,每年帮助百万名学子考取名校!问题人评价,难度:0%阅读下面的材料,按要求完成6—9题。 日前,英美科学家宣布完成了人类最大的染色体——第一号染色体的测序和分析,历时16年的“人类基因组计划”终于完成“生命之书”的最后一个章节。这标志着人类认识自身取得新的里程碑式的进展。 人类一直想了解自身,探索生命的奥秘。古时候由于科学技术水平低下,人类只能想像上帝造人。达尔文进化论开创了人类认识物种进化的规律。但是为什么“种瓜得瓜,种豆得豆”?个中缘由何在?在人类发现了细胞和遗传规律后,才知道决定一个物种之所以是这个物种,是由它的“基因”决定的。首先发现有关基因传递规律的是奥地利神父孟德尔,他于1865年发表了其发现,但遗憾的是他的贡献被埋没了35年。20世纪中叶,科学家发现了基因,即遗传物质的基本结构,并提出了“DNA双螺旋模型”。70年代,人类第一次真正拿基因做实验,“遗传工程”应运而生,但只是一个一个地去研究基因,而要提示人类的奥秘,则须研究人类的全部基因。 “人类基因组计划”就是要了解我们整个基因组,把基因组所有基因的基本结构DNA序列搞清楚,最终解读关乎人类生老病死的遗传密码。“人类基因组计划”于日正式启动,共投入了30亿美元进行人类基因组分析。美国、英国、日本、法国、德国、中国等6国的科学家共同执行这项计划。经过科学家的共同努力,人类基因组工作框架图提前完成并于日公布。中国完成整个基因组的百分之一,即3号染色体短臂末端“北京区域”的序列与分析。由于这是初步研究成果,其中有一些地方不准确,还留有一些“空洞”。2003年,国际“人类基因组计划”的科学家宣布绘制了比较精确的人类基因组序列图,即“完成图”。不过那时宣布的“完成图”还没有完全覆盖整个基因组。而现在,科学家完成了“生命之书”的最后一章——人类第一号染色体的基因测序图,使这个基因图谱更为精确,覆盖了人类基因组的百分之九十九点九。几乎与此同时,美国、英国、中国等多国科学家还完成了鸡、猪、水稻等物种的基因测序。其中中国科学家发表的水稻“精细图”的论文,被誉为“每个生物学家必读的里程碑式的文章”。这一重要成果是研究水稻遗传变异、发育与进化的基础,特别是培育高产优质美味的优良品种的基础。 人类在基因研究方面所获得的重大进展具有深远意义。它将促进有关基因研究的进一步深入,同时也促进生物学、医学等的发展,为人类发现和诊断一些疑难病症打下了基础。美国负责第一号染色体测序项目的格雷戈里博士说,“人类基因组计划”完成后,我们正迈入下一阶段,那就是弄清楚基因的作用以及如何相互影响。        (选自《人民日报》有改动)6、下面关于“人类基因组计划”说法错误的一项是A、这一计划于日正式启动,历时16年之久,耗资达30亿美元。B、它是一项对人类最大的染色体——第一号染色体进行测序和分析的科学工程。C、它是想了解人类整个基因组所有基因的DNA序列从而解读人类的遗传密码。D、这一计划由六国科学家共同执行,其中美国主要负责第一号染色体测序项目。7、下列各项不属于“人类一直想了解自身,探索生命的奥秘”这一过程的一项是 A、在古时候,由于科技水平低下,人类想像是上帝创造了自己。B、达尔文的物种进化理论,开了人类认识物种进化规律的先河。C、奥地利神父孟德尔于1965年公布了有关基因传递规律的发现。D、美中英等多国科学家完成对鸡、猪、水稻等物种的基因测序。8、下列说法与原文内容不相符的一项是 A、“人类基因组计划”的完成标志着人类在认识自身的进程中取得了新的重大的突破。B、70年代人类真正第一次拿基因做实验,遗传工程产生,但还未能将基因分组研究。C、中国完成整个基因组研究的百分之一,因为是初步研究,其中有一些地方还不准确。D、科学家完成的人类第一号染色体的基因测序图,要比原来的“完成图”更为精确。9、据原文提供的信息,以下推断错误的一项是A、奥地利神父孟德尔的发现若没有被埋灭35年之久,那么人类遗传规律研究的进程也许会向前推进许多年。B、中国科学家水稻“精细图”论文的发表,为使我国成为高产、优质、美味水稻的生产国提供了可靠的保证。C、“人类基因组计划”的完成将促进有关基因研究的深入,人类对生老病死遗传密码的解读也因此有了依据。D、科学家下一步的计划是弄清基因的作用及相互影响,我们相信那些困扰人类的疑难病症被攻破已不是梦想了。马上分享给朋友:答案还没有其它同学作出答案,大家都期待你的解答点击查看答案解释还没有其它同学作出答案,大家都期待你的解答点击查看解释相关试题生物信息学是当前生物学领域的研究热点,预计在未来的若干年它将变得越来越重要、...">
人类基因组测序完成之后―生物信息学的科学目标
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人类基因组测序完成之后―生物信息学的科学目标
生物信息学是当前生物学领域的研究热点,预计在未来的若干年它将变得越来越重要、越来越引起人们的重视。
由于未来几年蛋白质和核酸的测序数据将以指数方式增加,近期生物信息学将在以下几方面迅速发展:
大规模基因组测序中的信息分析
大规模测序是基因组研究的最基本任务,它的每一个环节都与信息分析紧密相关。目前,从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与去除、拼接与组装、填补序列间隙,到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库的。特别是拼接和填补序列间隙更需要把实验设讨和信息分析时刻联系在一起.拼接与组装中的难点是处理重复序列,这在含有约30%重复序列的人类基因组中显得尤其突出。
新基因和新SNPs(单核苷酸多态性)的发现与鉴定
人类基因组的工作草图即将完成,因此发现新基因就成了当务之急。使用基因组信息学的方法通过超大规模计算是发现新基因的重要手段,可以说大部分新基因是靠理论方法预测出来的。比如啤酒酵母完整基因组(约1300万bp)所包含的6千多个基因,大约60%是通过信息分析得到的。
当人类基因找到之后,自然要解决的问题是:不同人种间基因有什么差别;正常人和病人基因又有什么差别。”这就是通常所说的SNPs(单核苷酸多态性)。构建SNPs及其相关数据库是基因组研究走向应用的重要步骤。1998年国际已开展了以EST为主发现新Spps的研究。在我国开展中华民族SNPs研究也是至关重要的。
完整基因组的比较研究
现在,生物信息学家不仅有大量的序列和基因而且有越来越多的完整基因组。有了这些资料人们就能对若干重大生物学问题进行分析,比如:研究生命是从哪里起源的?生命是如何进化的?遗传密码是如何起源的?估计最小独立生活的生物至少需要多少基因,这些基因是如何使它们活起来的?比如,鼠和人的基因组大小相似,都含有约三十亿碱基对,基因的数目也类似。可是鼠和人差异确如此之大,这是为什么?同样,有的科学家估计不同人种间
基因组的差别仅为0.1%;人猿间差别约为I%。但他们表型间的差异十分显著。因此其表型差异不仅应从基因、DNA序列找原因,也应考虑到整个研究组、考虑染色体组织上的差异。总之,这些例子说明由完整基因组研究所导致的比较基因组学必将为基因组研究开辟新的领域。
大规模基因功能表达谱的分析
随着人类基因组测序逐渐接。近完成、一些学者就提出如下的问题:即使我们已经获得了人的完整基因图谱,那我们对人的生命活动能说明到什么程度呢?于是他们提出了一系列由上述数据所不能说明的问题,例如:基因表达的产物是否出现与何时出现;基因表达产物的浓度是多少;是否存在翻译后的修饰过程,若存在是如何修饰的;基因敲出(knock-out)或基因过度表达的影响是什么;多基因的表现型如何,等。概括这些问题,其实质应该是:我们虽然知道了基因,知道了核酸序列,但我们不知道它们是如何发挥功能的,或者说它们
是如何按照特定的时间、空间进行基因表达的,表达量有多少。
为了得到基因表达的功能谱,国际上在核酸和蛋白质两个层次上都发展了新技术。这就是在核酸层次上的DNA芯片技术和在蛋白质层次上的二维凝胶电泳和测序质谱技术,也称蛋白质组技术。
生物大分子的结构模拟与药物设计
随着人类基因组计划的执行,估计几年之内就可找到人类的8万到10万个基因,也就是发现它们的一级序列。然而要了解他们的功能、要找到这些蛋白质功能的分子基础,必须进一步知道它们的三维结构。与此同时,要设计药物也需要了解相应的蛋白质受体的三维结构。这是摆在科学家面前的紧迫任务。
生物信息学的远期任务是读懂人类基因组,发现人类遗传语言的根本规律。从而阐u若干生物学中的重大自然哲学问题,像生命的起源与进化等。这一研究的关键和核心是了解非编码区。
非编码区信息结构分析
近年来完整基因组的研究表明,在细菌这样的微生物中非编码区只占整个基因组序列的10%到 20%。而高等生物和人的基因组中非编码区都占到基因组序列的绝大部分。从生物进化的观点看来,随着生物体功能的完善和复杂化非编码区序列明显增加的趋势表明:这部分序列必定具有重要的生物功能。普遍的认识是,它们与基因在四维时空的表达调控有关。因此寻找这些区域的编码特征以及信息调节与表达规律是未来相当长时间内的热点课题。
对人类基因组来说,迄今为止,人们真正掌握规律的只有DNA上的编码蛋白质的区域(基因),很多资料说u这部分序列只占基因组的3%到5%,也就是说,人类基因组中多达&&
95%到97%是非编码区。如何深人了解这些非编码区序列的功能是当前科学家们面临的一个真正的挑战。
遗传密码起源和生物进化的研究
自 1859年Darwin的物种起源发表以来,进化论成为对人类自然科学和自然哲学发展的最重大贡献之一。进化论研究的核心是描述生物进化的历史(系统进化树)和探索进化过程的机制。自本世纪中叶以来,随着分子生物学的不断发展,进化论的研究也进入了分子水平。当前分子进化的研究已是进化论研究的重要手段,并建立了一套依赖于核酸、蛋白质序列信息的理论方法。近年来,随着序列数据的大量增加,对序列差异和进化关系的争论也越来越激烈。不少的研究结果并不支持分子钟的假设。因为基于某一种分子序列所重构出的进化树,只能反映这种序列的系统发育关系,并不一定能代表物种之间真正的进化关系,即可能存在着基因树与物种树之间的差异。同时,对垂直进化和水平演化之间关系的讨论正逐渐引起人们的重视。当前的资料给了我们。一个更为复杂也更为丰满的进化模式,它启示我们要彻底了解进化的规律必须使用整个基因组的信息。相应地必须发展新的理论方法。
总之,当前是生物信息学研究的一个有活力的新时代。不少科学家还说它是人类基因组研究的收获时代,它不仅将赋予人们各种基础研究的重要成果,也会带来巨大的经济效益和社会效益。在未来的几年中DNA序列数据将以意想不到的速度增长,这是一个难得的机会,我国应尽早利用这些数据就可能走在国际科学界的最前沿。&&&
(陈润生参加了中科院遗传所人类基因组中CCHGP项目的部分工作;题目为编者所加)
中国科学院上海生命科学研究院生物信息中心&& 版权所有 All rights   
最近几天,有消息称我国将参与全球最大的微生物基因组研究项目,并在其中承担核心工作;而12年前的这个时候,我国基因组学的科学家们最关心的问题,却还是如何加入“
国际测序俱乐部”
和参与国际人类基因组计划。
  12年一纪,在历史长河中无非沧海一粟,然而,过去的这12年对于我国基因组学发展来说却太不平凡。
  在国家高技术研究发展计划(简称863计划)等支持下,我国基因组学12年来突飞猛进,尤其是在基因组测序方面取得了众多令世人瞩目的成绩,在国际生物领域最前沿占据了一席之地……
  约到杨焕明着实不易。整整一个下午,这位中科院院士、深圳华大基因研究院(简称深圳华大)的理事长主持学术会议、讨论国际合作、接待来访客人,背着他标志性的双肩书包,从这栋楼跑到那栋楼,从这个会议室窜到那个会议室,忙得不亦乐乎。据说,这是他的常态。也难怪,以今时今日我国基因组学和深圳华大在国际上的影响,恐怕他想不忙都不行。
  说起来,12年前有谁能想到,区区几十人的北京华大基因研究中心(深圳华大前身,简称北京华大)会发展到现在近4000人的规模;那时应该也不会有人敢想,12年后中国的科学家竟能够站在基因组测序的世界之巅。
  这一切,很大程度上正是因为12年前的那短短几个月……
  人类篇
  以人为本·从1%到100%
人类基因组可以说是一部“
一共有多少页,而我们又看懂了多少页?这样的问题或许没有人能回答。但毫无疑问的是,在“
扉页的签名上,赫然书写着“
  机会留给有准备的人
  也许很多人并不知道,早在1999年成功争取到人类基因组计划1%任务(简称1%任务)前,我国科学家在人类基因组研究方面就已经迈出了探索的脚步。
  据中科院院士、国家人类基因组南方研究中心(简称南方中心)执行主任赵国屏介绍,上世纪80年代末,863计划支持复旦大学构建染色体跳步文库为基础的人类基因组物理图谱,以支撑疾病基因的定位克隆,“可能是我国最早开展的与人类基因组相关的国家项目”。进入90年代,863计划又陆续对基因组技术开发和人类遗传相关疾病研究等进行资助,并启动“重大疾病相关基因的定位、克隆、结构和功能研究”专项。这些探索和实践,一方面为后续大规模开展基因组测序工作锻炼了人才、积累了经验;另一方面也使我国科学家认识到开展人类基因组研究工作的重要性和紧迫性。
  在这样的背景下,1997年7月,我国现代遗传学奠基人之一谈家桢院士上书党中央,呼吁采取有力措施保护我国遗传资源。他的信得到中央领导的高度重视,江泽民总书记亲自批示:“人无远虑,必有近忧。我们得珍惜我们的基因资源。”
  1998年3月,在863计划等支持下,南方中心在上海成立,同年,国家人类基因组北方研究中心(简称北方中心)在北京成立,中科院也在遗传研究所成立了人类基因组研究中心(中科院北京基因组研究所前身,1999年在其基础上成立北京华大,简称人类基因组中心)。至此,我国人类基因组学研究的布局基本完成,接下来等待的,就是一个合适的机会。
  世纪之交的“末班车”
  机会悄然而至。
  1999年9月1日,为加入国际人类基因组计划,一位年近五旬的中国人,背着双肩书包,出现在英国伦敦第五次国际人类基因组战略研讨会上,并争取到了5分钟的发言时间。他显然是有备而来——5分钟里,侃侃而谈,向国际同行汇报实验室建设、测序能力和数据质量的相关情况,并承诺按时保质完成任务,实现数据资源共享。
  这个人就是杨焕明。完成这一步,中国终于争取到了人类3号染色体短臂上3000万个碱基对(约占整个人类基因组1%)的测序任务,成为国际人类基因组计划的第6个参与国,也是唯一的发展中国家,赶上了这趟世纪之交的“末班车”。
  人类基因组包含23对染色体,约30亿个碱基对,以及大约2—2.5万个基因,蕴含着与人类生老病死相关的绝大多数遗传信息,因此破译它成为人类了解自身,乃至揭示整个生命奥秘的必由之路。1985年,美国率先提出国际人类基因组计划。这个被称为生命科学“登月计划”的项目共投资30亿美元,于1990年正式启动,主要由美、英、日、法、德5国共同参与。
  当时,国内一些科学家曾提出我国也应该参与这一计划。但由于我国基因组学发展刚刚起步,所作的研究和努力并没有得到国际同行的认可。
  1999年5月,人类基因组中心等几家单位成功完成了对我国特有的云南腾冲嗜热杆菌基因组测序,获得了我国第一张微生物、同时也是生物基因组图。时任人类基因组中心主任杨焕明和执行主任汪建等敏锐地意识到,“中国已经具备了对较大规模基因组测序的能力,应该有信心向人类基因组测序发起进攻”。于是,此后的几个月,敢想敢做的杨焕明辗转奔波于国内外,并有了之后伦敦的一幕。
  车是赶上了,但坐不坐得稳却是另外一码事。虽然仅仅是1%的任务,可其他国家的工作毕竟已经开展了近10年。我们的测序能力能否保证?经费从哪里来?是否能像当初承诺的那样完成任务?不少人为此捏着一把汗。
  1%任务的重要性被一些领导、专家注意到,从国家层面受到了重视。据中科院院士、北方中心主任、时任863计划生物技术领域专家委员会首席专家强伯勤回忆,任务争取后不久,科技部就委托他和时任863计划生物技术领域专家委专家的陈竺院士一起,听取杨焕明等汇报,商议经费需求和团队合作安排等事宜。在领域专家委建议下,科技部将这一工作列为863计划重大项目,中科院也将其列入创新工程,分别拨款3000万元和1000万元,基本解决了经费问题。当年11月12日,召开了1%任务项目论证会,将1%任务分解到人类基因组中心、南方中心和北方中心,三家协作,以保证任务的圆满完成。
  接下来几个月,北京空港和上海张江的两幢大楼里,100位科研工作者没有白天晚上,也没有周末节假,几乎是24小时连抽转,快马加鞭地破译那些蕴藏着生命奥秘的神秘符号。
  2000年春,经过近半年的艰苦努力,我国科学家宣布按时完成1%任务;6月26日,参与人类基因组计划的中、美、英等6国正式宣布,人类基因组序列工作草图绘制完成。6月28日,江泽民总书记发表讲话,向我国参与这一计划的科学家和技术人员表示感谢,并表示人类基因组计划是人类科学史上具有极其重大意义的伟大科学工程,人类基因组序列工作草图绘就,是该计划实施进程中的一个重要里程碑。
  现在回过头再来看这“1%”,从工作量上来说,恐怕已不值一提;但它对于我国基因组学发展所具有的重要意义却很难被替代。正如杨焕明所说:“不要小看这1%,它代表着中国科学家在未来基因工程产业中占有一席之地。在这个划时代的里程碑上,已经刻上了中国人的名字。”
  把命运掌握在自己手中
  2008年11月,《自然》杂志在封面刊登由我国科学家完成的第一个亚洲人基因图谱研究成果,标题为《Your Life in Your
Hands》(你的生命在你手中)。不知道是巧合还是原本就一语双关,现在我国基因组学,尤其是测序发展的主动权,就可以说是基本掌握在我国科学家自己的手中。
  人类基因组图谱所展示的是人类基因的共性,但很显然,人与人之间是不同的,这种不同很大程度上就是因为不同人DNA序列上的微小差异。单核苷酸多态性(SNP,不同个体DNA序列上单个碱基的差异)研究,针对的就是这一问题。
  2002年,针对中西方人群在若干重要疾病相关SNP方面的差异,863计划“功能基因组与生物芯片”重大专项启动了“中华民族基因组SNP研究”。几乎就在同一时间,中、美、加、日、英等国发起了国际人类基因组单体型图(HapMap)计划,中国方面由北京华大牵头,联合南方中心、北方中心,以及香港研究机构,共同承担人类3号染色体、21号染色体及8号染色体短臂(约占总计划10%)单体图的构建工作。
  然而在开始阶段,几项研究的SNP分型分析工作进展都不是很顺利。据赵国屏回忆,由于设备水平较低,几家单位的工作都曾一度处于停滞不前的状态。“在这样的情况下,我们提出更换设备。”事实证明,这次更换的效果可以说是立竿见影——2003年几家单位的数据产生量仅在万级;短短几个月,技术人员就摸透新设备,2004年数据产生量猛然飙升至百万乃至千万级!在完成自身任务的同时,还帮助香港同行完成了他们承担的部分任务,保证了整个中国团队任务的如期完成。2005年,HapMap计划成果以封面故事发表在《自然》杂志上,其中由我国科学家完成的21号染色体覆盖率和SNP密度名列国际协作组第一名。
  1%和10%等任务,就像为我国的大规模基因组测序打开了一扇门;与此同时,863计划也在这期间对我国生物信息学相关软件开发方面进行了集中投入,此后几年,我国的人类基因组测序和生物信息分析,一路高奏凯歌:
  ——2007年10月,绘制完成第一个中国人(亚洲人)基因组图谱(“炎黄一号”)并于次年发表在《自然》杂志;我国用短短不到10年时间,就在人类基因组测序上实现了从1%到100%的飞越;
  ——2009年12月,《构建人类泛基因组序列图谱》发表在《自然·生物技术》杂志,指出人类基因组中存在着种群特异甚至个体独有的DNA序列和功能基因,并首次提出“人类泛基因组”概念;
  ——2010年10月,《自然》杂志发表由中、英、美等国联合发起的“千人基因组计划”第一阶段取得的成果:绘制了迄今为止最详尽的人类基因多态性图谱,标志着人类基因研究进入一个划时代的新阶段……
  不断的磨练,也使一批研究机构迅速成长起来。深圳华大与美国布罗德研究所(Broad)、英国桑格中心(Sanger)一起被公认为世界上测序能力最强的三大基因组研究机构,目前这里测序能力达100Tb/月,相当于每天可对100人的基因组进行测序。不要忘记,1990年开始的人类基因组计划,6国科学家一起用了10多年才完成!
  当然,也有人注意到,虽然拥有自主开发的软件,但我们所使用的测序仪等关键仪器设备主要还依赖进口,一旦遭遇技术封锁,后果将不堪设想。据了解,国内一些相关机构和企业正在加紧研发国产高性能测序仪,争取在第三代测序仪上与其他国家站在同一起跑线。到那时,我国基因组学发展的主动权,才将是真正牢牢掌握在了自己手中。
  动植物篇
  以农为先·从“夹生饭”到“饭煮熟了”
据估算,包括人类在内,地球上的生物可能超过500万种。对人类基因组测序是为了更好地了解我们自身;而对动植物(包括微生物)基因组测序,则将告诉我们这个世界是何等奇妙,也将教会我们如何更好地与自然相处。
  该熟的饭自然会熟
  在中国,基因组测序被熟知,应该是在完成1%任务后。实际上,我国的基因组测序并不是从人类开始,而是从老百姓碗中的“米饭”开始的——1992年,中科院上海生物化学研究所研究员、时任中科院国家基因研究中心主任洪国藩院士就在863计划支持下,开始水稻基因组测序工作,并于1996年构建了第一代水稻基因组物理图。
  选择从水稻开始基因组测序工作,有着深刻的考虑。首先,我国是发展中国家,粮食安全是国家的首要问题,而水稻则是老百姓最主要的粮食;其次,水稻是基因组不大(约400Mb)的二倍体作物,对它测序,可以使我国的测序能力从10Mb以下的微生物上升一个台阶,又不至于太难而无法完成;第三,我国在水稻研究方面有着多年积累,特别是杂种研究和应用具有世界领先水平。
  1998年2月,中、日、美等国启动国际水稻(粳稻)基因组测序计划,中国方面由中科院国家基因研究中心、中科院遗传与发育生物研究所和南方中心等单位承担4号染色体的精确测序。另一方面,2000年5月11日,在宣布完成1%任务的当天,中科院和北京华大也宣布启动水稻(籼稻)序列工作框架图计划,使用的测序材料是“杂交水稻之父”袁隆平院士提供的超级杂交水稻。
  一南一北,不同的计划、不同的人马,但目标却是一致:尽快破译这一千百年来我们最熟悉的农作物的生命密码。
  1年后,杨焕明团队再次创造了基因组测序的“中国速度”。2001年9月,世界上第一张水稻(籼稻)基因组序列工作框架图宣布完成。2002年4月,《科学》杂志在封面介绍了这一成果,专程赴中国表示祝贺的《科学》杂志主编鲁宾斯坦这样评价:“中国科学家的工作给《科学》杂志大添光彩。”“中国人有理由为自己的科学家感到骄傲!”
  此后不久,水稻4号染色体测序也顺利完成。2002年11月21日出版的《自然》杂志同样在封面给予高度褒奖:“水稻基因组染色体1号和4号冲过了终点线。”“这是国际水稻基因组计划中又一具有里程碑意义的工作。”
  看似皆大欢喜,可偏偏《自然》杂志在这以前,另外还有一段评论——就在《科学》杂志公布水稻(籼稻)基因组序列工作框架图几天之后,《自然》杂志发表社论称,决策者必须了解,这一序列图只是粗略的草图,存在超过13万个空缺……还用了一个有点儿“刻薄”的标题:《生米尚未煮成熟饭》。
  撇开标题,这篇评论其实还是比较中肯的。但把自己和团队辛辛苦苦得来的成果说成是“夹生饭”,多少还是让杨焕明有些哭笑不得。
  “既然这样我们就要把这饭给煮熟了!”这之后北京华大采用全新的“霰弹法”测序,于2002年年底宣布在世界上率先完成第一张水稻(籼稻)基因组精细图。这张精细图的基因覆盖率达98%,并且已有95%准确定位到染色体上,准确性高达99.99%。
  基因组测序水平的领先,使我国水稻功能基因研究同样处于国际前列。“十五”和“十一五”期间,863计划先后有多个课题支持相关研究,在防虫、抗病、耐旱、高产等方面均取得突破。从2004年开始,我国水稻产量实现“七连增”,水稻科技进入一个飞速发展的时代。
  经过进一步修改和完善,2005年2月《公共科学图书馆·生物》杂志以封面故事介绍了水稻(籼稻)基因组精细图研究成果。封面的大幅照片上,一个中国小朋友坐在一碗硕大的、热气腾腾的米饭前。这是在告诉全世界:水稻基因组这碗饭,中国算是煮熟了!
  丝绸之路的根在中国
  公元前119年,黄沙驼铃,大漠孤烟。黄昏斜日下,当张骞带着数以万计的丝绸再次走过那条让他荣辱半生的漫漫西路时,他所想的,恐怕只是怎样联合更多的国家共同抵御匈奴。他不会知道,他的名字会和这条路一起被传颂至今。
  2000多年后的2003年,当看到日本期刊上刺目的“倾全国之力,完成家蚕基因组测序,构建由日本出发的21世纪丝绸之路”这句话时,向仲怀再也坐不住了:不能把丝绸之路断送在我们这代人手里,就算砸锅卖铁,我们也要测出家蚕的基因组序列!
  时间回溯到2001年8月。日、美等8个国家在法国召开国际鳞翅目昆虫(家蚕是鳞翅目代表性昆虫)基因组计划筹备会,作为家蚕养殖和丝绸生产的第一大国,中国竟然未被邀请。2002年,该计划首届研讨会在日本召开,中国获邀参加;会上确定由中日共同完成家蚕基因组框架图。但到了2003年4月,日本竟然又单方面终止了这一国际合作,转而启动本国的家蚕全基因组测序,并将2003年定为“从日本出发的21世纪新丝绸之路元年”。
  就这样,一系列莫名其妙的事终于让西南农业大学(后改为西南大学)教授向仲怀院士下定了自己开展家蚕基因组测序的决心,他马上找到北京华大提出合作。要把丝绸之路改换门庭的调调同样刺痛了北京华大科研人员的神经,双方一拍即合,组成联合攻关组,以最快速度投入测序工作。
  有了人类基因组和水稻基因组测序所积累的经验,以及全新的“霰弹法”作为技术支撑,家蚕基因组测序自然也不在话下。在科技部等支持下,仅用不到半年,2003年11月15日,联合攻关组便宣布家蚕基因组框架图绘制完成,精确高度达99%以上。而到这时,日本同行仍然没有传出任何测序完成的消息。
  我国独立完成家蚕基因组测序的消息传出后,美国、丹麦等国家的科研机构纷纷提出合作请求;就连日本科学家也表示当初没有合作是一个遗憾,并希望开始新的合作。
  和水稻一样,家蚕基因组框架图的绘制,同样带动了功能基因研究的发展。863计划先后开展了“家蚕资源评价的分子基础及重要功能基因的克隆研究”“家蚕功能基因组平台技术”和“家蚕基因表达谱和蛋白质组研究”等课题,为家蚕功能基因组关键技术和平台的建设提供了支持。此后,西南大学还先后完成了家蚕基因组精细图谱和重测序工作,建设了世界领先的家蚕功能基因组关键平台,并培育出多个应用前景广阔的家蚕育种素材和家蚕品种。
  历经2000年沧海桑田,古老的丝绸之路上留下的只有一些遗迹。这条曾经无比繁忙的东西贸易大通道,早已被亚欧大陆桥所取代。如今,在生物技术大发展背景下,一条以家蚕基因研究为核心的新丝绸之路正在形成,虽然不再与黄沙驼铃、大漠孤烟做伴,但这条新丝绸之路和我们熟知的那条一样,仍将是从中国出发,因为丝绸之路的根永远在中国。
  在基因资源“跑马圈地”中占据一席
  向仲怀曾说,一个物种基因组序列图的完成,就意味着这一物种科研和产业革命性的新开端。
  正是看到了基因资源的重要性,各国纷纷跑马圈地式地抢占基因资源;尤其是我国,历史悠久,地域广大,物种多样,可以说是一个天然的基因资源宝库,更是成为了“跑马圈地”的焦点。当初谈家桢上书党中央,也正是因为发现美国已经开始在中国发动起基因资源的“争夺战”。我国是发展中国家,人口众多,不难想象,如果在这场“跑马圈地”中落后于人,那粮食安全必将受到威胁,基因安全必将受到威胁,生物多样性必将受到威胁,进而可能导致整个国家安全受到威胁。
  国家有关部门和很多科学家都清楚地意识到了这一点。在“863”等国家计划支持下,通过众多科学家的努力,以生物基因组测序为代表,我国生物基因组学相关研究正有条不紊地开展,并取得了一定成绩。如果把地球上所有生物种类的黑白影像以树状排列在一起,每完成对一种生物的测序就把对应影像点亮的话,那现在这棵“生命之树”上已有不少星星点点的光亮——
  2009年7月,《自然》杂志发表我国科学家对日本血吸虫基因组测序的相关成果,揭示了日本血吸虫与宿主的相互作用;
  2009年12月,藏羚羊全基因组序列图谱宣布绘制完成,填补了世界高原濒危物种的基因组研究空白;
  2010年1月,《自然》杂志以封面故事介绍了“国宝”大熊猫基因组精细图,它是我国采用新一代测序技术、以自主开发的软件组装完成的第一个哺乳动物基因组……
  还不止这些,家鸡、家猪、牡蛎,玉米、大豆、人参,“万种微生物基因组计划”“千种动植物基因组计划”……有的正在进行,有的已出成果。
  这长长的一串名单,几乎会让所有听到的人感到一丝激动,会让我们去想象“生命之树”被全部点亮时那无比的绚烂。
  应用及前瞻篇
  以医为志·从实验室到你我身边
测序不是目的。无论基因组测序能力发展到多高的水平都只是一个起点;通过了解基因组结构以及基因功能,研究它与疾病之间的关系,发展个性化医疗,从而使人类健康得以改善,才是基因组学发展的最终目标。
  国家有难,匹夫有责
  春天,带来的是万物复苏,欣欣向荣。然而2003年的那个春天,留给人们的却是一段灰色的记忆。
  突如其来的SARS(严重急性呼吸道综合症,即“非典”)几乎让所有人都有如惊弓之鸟,手足无措。
  广州告急!北京告急!香港告急!
  严峻的局势不仅牵动着党和国家领导人的心,也绷紧了每一个科研工作者和医务人员的神经,大家形成一个共识:全力以赴抢救病人,尽快查明病原体,制定有效检测和治疗方案,力争把损失降到最小。
  在临床一线医务人员置生死于度外,与病魔短兵相接的同时,科研工作者也在通过各种办法,探查敌人的“底细”,寻找敌人的要害。
  军事医学科学院把主攻目标锁定在病毒全基因组测序上。4月9日,他们与北京华大方面取得联系,讨论相关事宜。
  “国家有难,匹夫有责!这正是我们义不容辞的时候!”杨焕明和汪建当即立下军令状,保证完成任务!
  4月15日凌晨,科学家们久久“盼望”的病毒材料终于送到北京华大,双方一鼓作气,仅用36个小时就完成了4株病毒的全基因组测序。
  顾不上休息,两家单位又马上投入SARS病毒检测试剂的研制工作。几天之后试剂研制成功,检验结果表明试剂准确、灵敏、快速,可在两小时内确定SARS。
  4月20日,胡锦涛总书记来到军事医科院微生物流行病研究所和北京华大,对在防治SARS斗争中取得重大科技成果的科研人员表示衷心感谢和崇高敬意,勉励科研人员再接再厉,坚定信心,继续发扬爱国奉献、勇攀高峰、为民造福的精神,为战胜疫病、保护人民的身体健康和生命安全作出更大的贡献;并称赞科研人员“想中央之所想,急抗病之所急,办群众之所需”。
  另一方面,在赵国屏等主持下,SARS分子流行病学和病毒进化研究也在进行之中。他带领科研团队,冒着被感染的危险,先后深入北京、广东、香港等地采样,通过对三地早、中、晚期病人所感染的SARS病毒基因组测序,发现了病毒进入人际传播后快速变异,以及中期之后逐渐稳定的规律。
  这些成果的取得和研究的进行,扭转了我们在与SARS的战斗中的被动局面。在这个过程中,863计划特事特办,围绕SARS临床治疗、药物开发、疫苗研制等开展多项课题,保证了在这场战争最终胜利的取得。
  与SARS一役,不仅是对中国基因组学人责任感和战斗力的一次检验,也让他们深深意识到让基因组学研究的成果走出实验室,让更多人从中受益的紧迫性。
  基因组学的未来不是梦
  说到基因组学,人们往往首先想到的就是基因组测序和作图。实际上,以人为例,绘制完成人类基因组精细图,仅仅是万里长征走出了第一步。通过基因组比对,基因功能诠释,发现它们与疾病之间的关系,再通过进行SNP、全基因组关联研究(GWAS),绘制样本量更大的人类基因组序列图等方式,了解不同人种、不同民族,乃至不同个体之间的基因差异,从而实现有的放矢的个性化诊疗……接下来的每一步,都充满艰辛。
  这样的艰辛拦不住科学家追求真知的脚步。据深圳华大健康事业部负责人黄健博士介绍,2003年之前,世界各国的基因组学研究主要集中在测序、作图等结构研究上;之后几年是结构研究与功能研究并重;今后5至10年,研究基因与疾病的关系将成为基因组学发展的主攻方向。
  紧随世界发展趋势,中国科学家在基因组学之路上也不断迈出了坚定的步伐。在这其中,国家的支持无疑起到了重要的作用——“十五”期间,863计划生物和农业技术领域共有10余个课题涉及基因组学相关研究;而到“十一五”期间,863计划生物和医药技术领域涉及这方面课题更是超过了20个。
  除了大家较为熟悉的完成HapMap计划10%任务和开展“炎黄计划”等以外,近年来,我国在研究基因与疾病关系方面,也做了不少有益的探索。比如,南方中心和上海交通大学附属瑞金医院等在鼻咽癌易感基因定位、房颤致病基因克隆、急性白血病分子分型和个性化诊疗等研究上取得一定成果;深圳华大则在女性宫颈癌元凶HPV病毒分型检测、21三体综合征(唐氏综合征)产前筛查等方面形成了自身特色,并已开始部分用于临床检测。
  高通量测序仪和先进测序技术的运用,使测序时间不断缩短、成本不断降低,这不仅帮助基因组学更快发展,同时也让其成果惠及每一个普通百姓成为可能。当初的人类基因组计划用了10年时间、30亿美元才完成对一个人的基因组测序;2007年的“炎黄一号”花费仅为一两千万元人民币,现在我国测序能力已达到每天可测100人。这些数字还在不断变化,10年之后,兴许只消花费1000美元,就可以得到自己的基因组图谱,科学家和医生会根据其中的遗传信息,找出致病基因,并制定出有针对性的个性化诊疗方案,大大提高治疗效率和人们的健康水平。
  人才为续·从年轻人到年轻人
对于863计划、对于一个行业发展来讲,恐怕最重要的意义,不单单是产生了多少原创性的技术成果,培育了多大的产业化规模;还应该有一条,就是培养了多少具有创新精神、可以有所作为的人才。
  为写这篇文章,记者见到了强伯勤、杨焕明、赵国屏、汪建等几位业界响当当的人物。可以说,他们是见证了863计划和我国基因组学成长,并亲身参与其中的一代人。如今的他们虽然都还奋战在科研一线,却都已是两鬓斑白。然而回想20年前,白手起家,那时的他们是何其胸怀壮志,何其意气风发,何其的年轻。正是他们的艰苦创业,他们的大胆争取,他们的勇于探索,他们的敢于担当,才为日后中国基因组学的发展学打下了基础,铺平了道路。
  为写这篇文章,记者也见到了一群正活跃在业界,二三十岁的年轻人。他们有的在业内已是小有名气,有的正承担着“863”课题,有的已经在《自然》《科学》等顶级期刊上发表了多篇论文,也有的才刚刚入行,对人生充满期许。
  采访杨焕明时,他说:“采访我不如采访年轻人,现在的工作很多都是他们在做。只有年轻人成长起来了,这个行业才真正有希望……”
  采访赵国屏时,他也不时介绍:“这个年轻人不错的!”“那个小伙子很厉害!”
  我想,也许正是因为这些当初的年轻人充分的信任和支持,才让现在这群更为年轻的人,得到飞快地成长。如果说中国基因组学发展是一场接力,那两代“年轻人”之间无疑是一次完美的交接棒。
  其实,当初的年轻人现在也还很年轻——就在去年,为留取高原基因组学研究所需的血液样本,汪建还登上了珠穆朗玛峰。
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