中国科学院上海巴斯德研究所是根据中国科学院、上海市和法国巴斯德研究所2004年8月30日签署的合作总协议建立的研究机构2005年7月开始运行。现任所长为唐宏科研联合所长為安瑞璋（Fernando ARENZANA-SEISDEDOS）。上海巴斯德所的定位与目标是揭示重大传染病病原体持续感染致病机制、免疫保护机制与免疫病理机制突破免疫治疗的囲性技术瓶颈问题，形成重大传染病的诊断、预防、治疗解决方案依托巴斯德国际网络联盟，服务国家、区域、全球传染病防控需求建成传染病防控领域中特色鲜明的标杆式国际化研究所。上海巴斯德所致力于在病原体持续性感染分子机制及治疗策略、重大传染病中免疫应答与免疫失衡的机理研究、传染性疾病基因工程疫苗及抗体的研发等方面取得重大出破重点发展虫媒病毒性传染病的分子机制、新型病原体发现的综合鉴定技术及重大传染病小型动物模型的建立、以结构生物学为基础的新型疫苗和抗体设计、重要病原免疫信号网络的關键节点研究、应用影像学等技术研究感染条件下免疫细胞与局部组织之间的实时作用揭示免疫调节的新机制、新原理等五个前沿领域。 2004姩1月28日在中国国家主席和法国总理拉法兰的见证下，中国科学院副院长和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基签署了中国科学院与法国巴斯德研究所建立上海巴斯德研究所的合作意向书。2004年3月-8月谈判合作协议2004年3月，法国代表团访问中科院2004年5月，中科院代表团访問巴斯德所2004年8月30日，中国科学院、上海市人民政府和法国巴斯德研究所在上海签署建立中国科学院上海巴斯德研究所的合作协议中国科学院副院长陈竺、上海市副市长严隽琪和法国巴斯德研究所所长菲利普·库里尔斯基出席了签字仪式。2004年10月11日，中科院上海巴斯德研究所举行揭牌仪式法国总统希拉克、中科院副院长陈竺、上海市副市长唐登杰共同为研究所揭牌。2005年7月第一批4名科学家被聘任为研究组長，并正式在上海巴斯德所建立实验室2006年12月，上海巴斯德研究所人员已拥有一支由72人组成的队伍图为理事会与研究所全体人员合影。