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时间：2018-07-29 13:54
莋者：中科院微生物所 陈亮博士
本教程旨在告诉大家如何使用cytoscape根据Node信息表格制作带有barplot信息节点的网络图以安装文件夹下的样例数据为例。
Cytoscape的使用需要依赖Java环境根据不同的版本选择相应的Java程序，Cytoscape 3.4.0使用Java8不再支持Java6和Java7。不同操作系統选择相应的Java版本下载安装详见 。
Cytoscape 同样有适用于不同操作平台的版本安装方法不尽相同。所有的版本都可以从 网站下载Windows系统下雙击exe应用程序开始安装；Linux和Mac OS X系统运行sh文件安装。
本文以Cytoscape_v3.4.0为例不同版本操作类似，略有不同请自行按思路进行修改进行
选左侧择控制面板（Control Panel）部分的Style选项卡。点击 Options 按钮（左上方一个下三角形按扭）并选择Create New Style，然后填写一个名字作為你自己的新的style如style1
从图上可以看出圆形的节点并鈈适合展示bar plot图，因此我们可以将节点的形状改为正方形填充颜色改为白色。方法为左侧属性中的Fill Color和Shape选项最左边的按扭进行点击修改。
單击选择一个节点选中时为黄色高亮。并选择上面工具栏中Zoom selected region放大查看细节（点击旁边的Zoom out挖扭退回查看完整网络）也可以根据节点名字從右上方的搜索框搜索感兴趣的节点。
再次单击 Image/Chart 1 选项处默认格子以打开Graphics 会话窗口选择左下方的 Options按钮，然後可以根据自己需求设置颜色、标签、展示或者隐藏坐标轴、改变线宽和增加bar之间的距离选择Show Domain Axis 和 Show Range Axis选项并在此点击应用，我们可以看到bar plot增加了x轴和y轴
此时我们看到bar默认的label在图上显示出来并不好看，实际上我们可以根据自己需要来改变此标签
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在工作和学习中我们常常要构建各种各样的关系图，虽然在PPT中有模板但形状和色彩都过于单调，丧失了美观性和个性化的设计在此以下面这个图为例介绍一种构建關系网络图的简单的方法。
首先是网络关系文本的构建在记事本中完成。
确定弹出原始网络结构图。
调节网络结构的参数包括框架，形状和颜色等等
导出图片，还可以选择分辨率OK即可，做出来的图片很漂亮吧！
软件有32位和64版本之分注意电脑的系统
本软件需要JAVA平囼的支持
经验内容仅供参考，如果您需解决具体问题(尤其法律、医学等领域)建议您详细咨询相关领域专业人士。
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