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&&【原创】KEGG 使用经验分享
【原创】KEGG 使用经验分享
KEGG，Kyoto encyclopedia of Genes and Genomes ，不多说。
2楼---KEGG的数据
3楼---看KEGG代谢通路图
4楼---KEGG的自动注释
5楼---代谢通路的着色
6楼---芯片数据的分析
7楼---KGML与通路编辑
8楼---总结
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小木虫图片上传慢的要死！！！！！:sweat: 只能先上传到其他地方在贴过来了！！！
& & 这个帖子写的早了，平日比较忙没有更新。后来发现图不能打开了，又不能原帖编辑，因此重新上图附于每楼。
& & KEGG应该也在不断更新，若有不同之处请见谅。
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请教，David或KEGG 如何对一组基因做pathway分析
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这个帖子发布于5年零5天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:5
弱问，已知一组基因的名字，如何做pathway分析？（1）如何才能得到如下图所示的类似结果（操作步骤是什么，用David或者KEGG 如何分析一组基因）？（2）如何分析结果？怎样从pathway分析结果可以知道这组基因是 相似/相关/相同 功能的？注：我的数据是 the yeast amino acid (AA) starvation dataset. Saccharomyces cerevisiae response to stress by AA starvation is measured at time points 0.5 h, 1 h, 2 h, 4 h, and 6 h。 比如有一组基因如下，如何做pathway分析？YLR348CYJL034WYBR072WYJR073CYOR389WYDR077WYNL043CYLR158CYLR160CDavid，KEGG
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emanlee 编辑于
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丁香园准中级站友
可以参考David在nature protocols上的文章。见Huang DW, Sherman BT, Lempicki RA. Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID Bioinformatics Resources. Nature Protoc. ):44-57.
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使用Start analysis下的upload，分四步导入基因1、paste a list
比如楼主的YLR348CYJL034WYBR072WYJR073CYOR389WYDR077WYNL043CYLR158CYLR160CStep 2: Select Identifier知道的是什么类型的identity就选择该选项，不确定就选择no sureStep 3: List Type选择 基因列表或者backgroundstep4
提交基因列表，就是subumit list如果没有确定基因代码，就会出现一下图表You are either not sure which identifier type your list contains, or less than 80% of your list has mapped to your chosen identifier type. Please use the Gene Conversion Tool to determine the identifier type. Option 1: Convert the gene list to
DAVID (Default)
&&&&AFFYMETRIX_3PRIME_IVT_ID &&&&&&
&&&&AFFYMETRIX_EXON_GENE_ID &&&&&&
&&&&AFFYMETRIX_SNP_ID &&&&&&
&&&&AGILENT_CHIP_ID &&&&&&
&&&&AGILENT_ID &&&&&&
&&&&AGILENT_OLIGO_ID &&&&&&
&&&&ENSEMBL_GENE_ID &&&&&&
&&&&ENSEMBL_TRANSCRIPT_ID &&&&&&
&&&&ENTREZ_GENE_ID &&&&&&
&&&&FLYBASE_GENE_ID &&&&&&
&&&&FLYBASE_TRANSCRIPT_ID &&&&&&
&&&&GENBANK_ACCESSION &&&&&&
&&&&GENOMIC_GI_ACCESSION &&&&&&
&&&&GENPEPT_ACCESSION &&&&&&
&&&&ILLUMINA_ID &&&&&&
&&&&IPI_ID &&&&&&
&&&&MGI_ID &&&&&&
&&&&OFFICIAL_GENE_SYMBOL &&&&&&
&&&&PFAM_ID &&&&&&
&&&&PIR_ID &&&&&&
&&&&PROTEIN_GI_ACCESSION &&&&&&
&&&&REFSEQ_GENOMIC &&&&&&
&&&&REFSEQ_MRNA &&&&&&
&&&&REFSEQ_PROTEIN &&&&&&
&&&&REFSEQ_RNA &&&&&&
&&&&RGD_ID &&&&&&
&&&&SGD_ID &&&&&&
&&&&TAIR_ID &&&&&&
&&&&UCSC_GENE_ID &&&&&&
&&&&UNIGENE &&&&&&
&&&&UNIPROT_ACCESSION &&&&&&
&&&&UNIPROT_ID &&&&&&
&&&&UNIREF100_ID &&&&&&
&&&&WORMBASE_GENE_ID &&&&&&
&&&&WORMPEP_ID &&&&&&
&&&&ZFIN_ID
Option 2: -->选择submit conversion list，就会出现转换为DAVID可以识别的identityGene Accession Conversion ToolHelpGene Accession Conversion Statistics Conversion SummaryID CountIn DAVID DBConversion9YesSuccessful0YesNone0NoNone0AmbiguousPendingTotal Unique User IDs: 9Summary of Ambiguous Gene IDsID CountPossible SourceConvert AllAll Possible Sources For Ambiguous IDsAmbiguous IDPossiblityConvert FromToSpeciesDavid Gene NameYOR389WSaccharomyces cerevisiaePutative uncharacterized protein YPL278C; Uncharacterized protein YOR389WYJL034WSaccharomyces cerevisiae78 kDa glucose-regulated protein homologYLR348CSaccharomyces cerevisiaeMitochondrial dicarboxylate transporterYLR158CSaccharomyces cerevisiaeL-asparaginase 2YNL043CSaccharomyces cerevisiaePutative uncharacterized protein YNL043CYLR160CSaccharomyces cerevisiaeL-asparaginase 2YBR072WSaccharomyces cerevisiaeHeat shock protein 26YJR073CSaccharomyces cerevisiaeMethylene-fatty-acyl-phospholipid synthaseYDR077WSaccharomyces cerevisiaeCell wall protein SED1
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我还真用过，呵呵 不过是自己摸索的 不一定对！我试试分析你的看看啊
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关于丁香园君，已阅读到文档的结尾了呢~~
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如何对一组基因做信号通路分析(KEGG的基因批量分析查询方法)?
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这个帖子发布于5年零161天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
如何对一组基因做信号通路分析(KEGG的基因批量分析查询方法)? 我有一组基因,几十至百来条数量,有AccessionID和基因名称,如何利用KEGG或其他信号通路数据库做分析,看看各属于哪些信号通路,并对各信号通路进行权重分析,并包含对KEGG数据库的信号通路地图链接?
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您好，我也有同样的问题。两组蛋白质一组upregulated，另一组downregulated，有它们的Uniprot,序列长度等信息。也想做pathway分析，请问是不是只能用IPA了？我也会用R，用您说的这个可以免费么？ 那就用我的包吧： 使用上有问题的话，到我blog上留言：
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bioinfo_jnu 编辑于
我觉得可以用 kegg的自动注释功能，KAAS。提交基因序列（必须是fasta格式），它自动在内部进行相似性比对，找到最相似的基因，并确定检索基因的KO分类，然后给出这些基因所在的代谢通路并以以不同的颜色标示这些基因，具体的到那看一下就明白了
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供参考。这个是收费的软件，具体你就得联系他们了。
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