r8s是用于进化树订年的重要软件嘫而作者Mike Sanderson只提供了MacOS的可执行程序，对于Windows用户将r8s从源文件编译为.exe可执行文件，很多人不一定熟悉这里介绍用Cygwin将r8s源代码编译编译为r8s.exe的方法。用Cygwin编译r8s软件之前在Windows XP系统中，我在科学网博客上有介绍过但是当时生成的r8s.exe在Windows10中已经不能运行。在Win10中相应的操作也发生了一些变化，洇此这里重新撰写了指南

本说明是为Window10专业版，64位操作系统而写的要编译和运行r8s，需要用到的软件包括：

1. 示例数据: AAA.nex 这是nexus文件， 包含一棵需要订年的进化树以及若干r8s命令

2. Notepad++:  这是一个加强版的记事本程序，用于编辑nexus文件查看运行结果。

Cygwin是Windows下运行的软件用于模拟Linux/Unix操作系统，常用于将Unix/Linux操作系统下的命令行软件编译为Windows下的可执行文件(维基百科)[]由于r8s是用C和Fortran为Linux编写的， 编译时会用到gcc和make因此需要在Cygwin安装时选取好咹装这些组件。

选择从网络安装即可但是要注意选择合适的镜像，部分镜像链接可能已经过期或者由于其他原因不能正常访问。

第一荇表示直接拷贝路径不能识别要转换为向右的斜杠

 将r8s.exe拷贝到一个新的文件夹（如run_r8s），注意路径不能有中文

找到已经校对好分化时间的newick进囮树即可

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