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可以预测DNA二级结构的免费软件！^_^
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这个帖子发布于10年零313天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
oligo是常用的引物设计软件，可以预测核酸的二级结构。请问能看DNA的二级结构吗？DNA序列是自行设计的，大概二三十个碱基。如果能看得话怎么看呢？如果不能看，可否推荐一个软件呢？
不知道邀请谁？试试他们
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blankeyes8182 edited on
我挺急用的，哪位高人给指点一下吧
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我已经找到了可以预测DNA二级结构的软件，而且是免费的，也可以预测RNA的二级结构，功能还是很强大的，呵呵，我已经从国外的网站上下到了。下载是要注册的。下面是使用说明（仅限于预测DNA二级结构方面）。我这个是最新的version4.3，呵呵。
使用生物软件RNAstructure version 3.71进行结构预测(该软件既可以预测RNA的结构，也可以预测DNA的结构)。
①打开序列编辑器输入新序列;
②按“Fold as DNA”按钮，将新序列转换为序列文件(*.seq)并保存:
③在弹出的“DNA Fold”窗口中，按“START”按钮进行结构预测;
④执行“Draw Structures”命令，绘制预测结构的结构图。下面是我用这个软件作出的预测（我只作了2个序列，大家还可以自己再试试）seq1
5'TCGTCGTTTTGTCGTTTTGTCGTT3'结果：Structure#1
CpG2006 Structure contains no pairseq2（3'端干环）5' CTGTCTGACGTTCTCTGGAACAGAG 3'结果：3'端形成茎干结构
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好象挺管用的，有机会试试。
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好像还可以
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是么，用过这个软件，没有试能不能预测DNA的
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大侠，这个事什么软件能否传一个来用用，最近扩增了一段Y染色体序列，出现了很诡异的测序结果，希望分析一下二级结构。
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基于动态规划的DNA二级结构预测算法
基于DNA分子二级结构的结构稳定性和热力学稳定性,提出一种预测DNA分子二级结构的算法.利用基于矩阵的动态规划算法求解DNA分子最大碱基对匹配的所有二级结构;利用Nearest-Neighbor热力学模型计算所有结构的自由能,自由能在阈值范围内的即为DNA分子可能的二级结构.将实验结果与RNAstructure软件结果进行对比,对比结果表明,该方法具有较高的准确率和覆盖范围.
HUANG Xin-quan
CHEN Jian-xun
作者单位：
武汉科技大学计算机科学与技术学院,湖北武汉,430065
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在线出版日期：
基金项目：
国家自然科学基金项目，湖北省自然科学基金项目
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