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怎么会头上长虱子啊！我是一个爱干净的人啊！该怎么办呢？
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扫一下，分享更方便，购买更轻松中国蚁属16种蚂蚁系统发育及DNA条形码研究--《广西师范大学》2014年硕士论文
中国蚁属16种蚂蚁系统发育及DNA条形码研究
【摘要】：本文对采自中国不同地区的蚁属Formica16种蚂蚁进行了分子DNA条形码研究,探讨条形码在物种鉴定上的可行性。以COI、ITS1、ITS2为基础以及联合数据集COI+ITS1、COI+ITS2, COI+ITS1+ITS2,对所得150个样品的碱基序列进行了碱基成分、种间遗传距离、系统发育检验等分析,运用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、贝叶斯法(BI)等方法对数据集进行了系统发育分析,得到以下结论：
(1)编码基因COI比非编码的内转录间隔区ITS1/ITS2更容易得到序列。成功得到COI序列的样品数为149个,成功率达到99.33%；而ITS1、ITS2的成功率分别为93.33%、91.33%。COI序列具A+T偏向性,而ITS区序列碱基偏向性则偏向G+C。在碱基变异频率分析中,3个基因片段均有高的保守性,相比之下COI片段具有较多的变异位点,对近缘种类间区分具有明显的优势。
(2)种间遗传距离分析中,单个片段的ITS1、ITS2基因分析表明,蚁属种间遗传距离的差异较小,种间的同源性较高。而单个COI基因与其他3种联合数据集,结果基本一致：未知种Formcia sp与其他15种的亲缘关系最远；而种间关系较为密切的有北方蚁F. aquilonia与多栉蚁F. polyctena、亮腹黑褐蚁F. gagatoides与日本黑褐蚁F.japonica。
(3)饱和性分析得到单个COI基因片段以及COI+ITS1, COI+ITS2, COI+ITS1+ITS2数据集的碱基的转换和颠换均未达到饱和,可以用于系统发育分析；而在树长分布偏斜性分析中,这4类分子数据集的系统发育信号对最优树有较高支持率。因此,确定了用以下4个分子数据进行系统发育分析：COI,COI+ITS1, COI+ITS2, COI+ITS1+ITS2。
(4)基于3种方法构建的系统发育树,除了贝叶斯方法构建的系统发育树对于联合数据集COI+ITS2及COI+ITS1+ITS2的实验结果没有得到理想的结果,其他2种方法构建的系统发育树基本一致,共有9个物种能够单独聚成一支,分子数据与形态学分类高度吻合,这9个种分别为：中华红林蚁F. sinensis、满洲凹头蚁F. manchu、乌拉尔蚁F. uralensis、凹唇蚁F. sanguinea、亮腹黑褐蚁F. gagatoides、光亮黑蚁F. candida、丝光蚁F.fusca、格劳卡蚁F. glauca、未知种Formcia sp.。
(5)DNA条形码能够作为蚁属物种识别的辅助工具。经过DNA条形码构建的系统发育树与传统形态学差异分析表明,北方蚁F. aquilonia Yarrow,1955为多栉蚁F. polyctena Foerste,1850的同物异名。对满洲蚁Formica manchu中同巢中立毛生长情况不一致的样品,DNA条形码技术能起到校正的作用。通过系统发育树的分析,本文猜测,在红林蚁群F. sinae中存在隐存种,这需要其他工作进行证实。
(6)由于种内与种间的基因差异存在着广泛的重叠区,无明显的种间阈值存在,表明单依靠DNA条形码鉴定物种结果并不准确。因此应该多种方法的综合分类以达到准确鉴定物种的目的。
【关键词】：
【学位授予单位】：广西师范大学【学位级别】：硕士【学位授予年份】：2014【分类号】：Q963【目录】：
摘要3-5Abstract5-9第1章 前言9-15 1.1 蚁科研究概述9-10 1.2 蚁属研究概况10-11
1.2.1 蚁属简介10
1.2.2 国内外蚁属分类研究概况10-11 1.3 蚁科昆虫的DNA条形码研究概况11-14
1.3.1 DNA条形码的概念11-12
1.3.2 适用于作为条形码研究的DNA片段12-13
1.3.3 DNA条形码在蚁科昆虫分子系统中的应用13-14 1.4 研究目的与意义14-15第2章 实验材料与方法15-23 2.1 实验材料15-16 2.2 实验仪器和试剂16-17
2.2.1 实验仪器16
2.2.2 主要试剂16-17 2.3 实验方法17-20
2.3.1 基因组DNA提取方法17-19
2.3.2 目的基因的PCR扩增与检测19-20
2.3.3 目的基因PCR产物纯化与测序20 2.4 数据处理方法20-23
2.4.1 测序结果的比对、校正和整理20-21
2.4.2 基因片段种间成对遗传距离分析21
2.4.3 系统发育信号检验21
2.4.4 系统发育分析21-23第3章 结果与分析23-46 3.1 序列特征23-25
3.1.1 COI序列特征23
3.1.2 ITS1序列特征23-24
3.1.3 ITS2序列特征24
3.1.4 COI+ITS1基因组序列特征24
3.1.5 COI+ITS2基因组序列特征24
3.1.6 COI+ITS1+ITS2基因组序列特征24-25 3.2 基因片段种间成对遗传距离分析25-34
3.2.1 COI基因片段种间遗传距离分析25-26
3.2.2 ITS1基因片段种间遗传距离分析26
3.2.3 ITS2基因片段种间遗传距离分析26
3.2.4 COI+ITS1数据集种间遗传距离分析26
3.2.5 COI+ITS2数据集种间遗传距离分析26-27
3.2.6 COI+ITS1+ITS2数据集种间遗传距离分析27-34 3.3 系统发育信号检验34-37
3.3.1 碱基饱和性分析34
3.3.2 树长分布偏斜性(g1)分析34-37 3.4 系统发育分析37-46
3.4.1 邻接法(NJ)系统发育分析37-40
3.4.2 最大简约法(MP)系统发育分析40-43
3.4.3 贝叶斯法(BI)系统发育分析43-46第4章 讨论46-54 4.1 不同方法构建的系统树的比较46 4.2 不同分子数据集的比较46 4.3 基于NJ树的部分蚁属类群DNA条形码及形态学探讨46-52 4.4 DNA条形码间隔(DNA barcoding gaps)52-54第5章 总结与展望54-56 5.1 总结54 5.2 研究展望54-56参考文献56-63附表1 实验样品记录表63-67攻读硕士学位期间发表的论文67-68致谢68-69
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【参考文献】
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