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　　信息时报讯 (记者 冯爱军) 欧冠16强第二回合赛事昨天凌晨战火重燃，阿森纳客场2∶0取胜摩纳哥，吉鲁和拉姆塞先后进球。由于双方两回合总比分3∶3战平，所以阿森纳因客场进球少劣势出局。
　　阿森纳首回合在主场1∶3落败，但历史上10次客战法国球队取得7胜3平保持不败。摩纳哥欧战历史上5次主场对阵英格兰球队仅1次落败，那就是在1995年联盟杯首轮负于利兹联。
　　阿森纳第36分钟打破僵局，维尔贝克直传，吉鲁捅射被出击的苏巴西奇勉强挡下，吉鲁小禁区左侧边缘小角度射入上角。不过阿森纳的第二个进球来得有点晚，他们直至第79分钟才扩大了比分。蒙雷亚尔禁区左侧传中，沃尔科特14码处推射打中右侧立柱弹回，摩纳哥球员解围把球传至拉姆塞脚下，拉姆塞禁区右侧射入远角得手。不过此后阿森纳再未能攻破对手球门，摩纳哥有惊无险晋级8强。
　　赛后阿森纳主帅温格心有不甘：“我认为球队今晚的表现已经足够好，但无奈想晋级太困难了。我们本应该在上半场就解决问题，球队创造了一大把机会，但我们到头来还是为第一回合的糟糕表现付出了代价。摩纳哥在主场一次都没有射正球门，但最后却是他们晋级欧冠八强。”
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服务名称： 高通量测序/高通量测序分析环境微生物/菌群分析
英文名称：
简介：环境微生物群落多样性分析，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。
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高通量测序分析环境微生物（微生物菌群分析、微生物多样性分析、微生物群落分析）
资费：请电话商谈&联系电话：010－19547
研究对象：
样品来源：土壤、海洋、活性污泥、动物肠道、粪便、酒曲、窖泥、发酵液、菌剂、食品等；
样品形式：环境样品、基因组DNA、PCR产物；
方案设计：
根据客户提供的样本（环境样本、基因组DNA、PCR产物）及需要检测的微生物多样性类型（细菌、古菌、真菌），利用Roche 454测序平台对目的片段进行高通量测序，并对测序结果进行生物信息学的分析。
MiSeq 高通量测序平台
Illumina公司开发的MiSeq测序仪，它是Illumina公司于2011年2月推出的小型测序平台，是一台内置簇生成和数据产生的测序仪，具有测序速度快，数据准确的优点，可实现300bp&2的测序长度，具备革命性的便捷流程。
性能参数：
540-610 Mb
4.5-5.1 Gb
7.5-8.5 Gb
13.2-15 Gb
应用：微生物多样性分析、宏基因组测序、转录组de novo测序、微生物基因组测序、小RNA测序、表达谱、ChIP-Seq
环境微生物群落多样性分析，基于Roche 454 FLX +、Illumina&MiSeq等第二代高通量测序平台，对核糖体RNA高变区域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如细菌和古菌的氨氧化酶基因进行测序，揭示环境样品中众多不同类型微生物种类以及它们之间的相对丰度和进化关系。探讨微生物多样性，对于研究微生物与环境的关系、环境治理和微生物资源利用有着重要的理论和现实意义。
★ 采用定向测序技术，避免了非定向测序造成的数据冗余，能充分利用每条有效序列，且便于后期的菌群分类处理。
★ 开发了一套稳定的多样本平行测序实验方案，并解决了样本间数据量不平衡的技术难题，一次可实现200个样品的平行测序。
★ 环境微生物群落多样性分析有Roche 454 FLX +和Illumina MiSeq两种高通量测序平台可供选择，根据不同的测序要求提供不同的解决方案。
★ 众多的成功案例，使宝杰罗生物在环境微生物群落多样性测序及分析方面处于国内领先地位。
生物信息分析流程
1. 数据统计分析
2. 数据根据Barcode信息回归样品
3. OTU（Operational Taxonomic Units）聚类
4. 稀释性曲线（Rarefaction Curve）
图2 稀释性曲线
5. 分类学分析（Silva数据库）
6. 菌群多样性、丰度和测序深度指数计算
7. 多样品间两两sharedchao、sharedace指数计算
8. 组间显著性差异分析&
9. 群落结构分析
图 3单样品群落结构饼图 图 4多样品群落结构柱状图
10. 分类学树状图
图 5单样品分类学树状图 图 6多样品分类学比对树状图
11. 多样品相似度比对
图 7 多样品相似度比对树状图 图 8 多样品相似度比对heatmap图
12. 样品OTU分布比较
图 9样品OTU分布比较Venn图
13. PCA（Principal component analysis）分析
图 10 PCA分析
14. Weighted and unweighted unifrac PCA分析
图 11 Weighted unifrac PCA分析
送样要求 1
1. 样品类型： DNA
2. 样品需求量：&500ng
3. 样品浓度： &10ng/&L
4. 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。
送样要求 2
1. 样品类型： PCR产物
2. 样品需求量：&100ng
3. 样品浓度： &5ng/&L
4. 样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保PCR产物无降解
5. 样品保存期间切忌反复冻融，送样时请使用冰袋或干冰运输。
宝杰罗生物科技有限公司&
地址：北京市朝阳区广渠东路3号院申奥商务楼&
邮编：100022&
电话：010－0－&
传真：010－&
E-mail：&&
公司网站：&
北京宝杰罗生物科技有限公司(BEIJING&BIOGENRO&BIOTECHNOLOGY&CO.，LTD)成立于2002年，产品面覆盖DNA/RNA&提取纯化试剂盒、PCR&相关产品、各类克隆/表达载体资源、蛋白质相关产品、分子生物学和细胞培养常用优质耗材等等，并且提供优质、高效的DNA/RNA&合成、测序服务，以及高质量的质粒提取、载体构建、基因克隆、分子标记、微生物菌种鉴定、PCR -DGGE菌群分析或反向PCR&等分子生物学、细胞生物学相关的各种实验技术服务。我们还代理销售国内外多家著名品牌的生物学试剂、耗材及仪器。进口生化试剂常规大量备货。企业总部在北京，目前，在上海、深圳、西安、哈尔滨等国内十几个大中城市设有代理点，销售网络遍及全国，并且正逐步地走向国外市场。对待所有的客户，我们坚持恪守&三优&原则：优质、优价、优服务。也诚恳地欢迎所有的人对我们的产品和服务随时提出您宝贵的意见和建议&&相信我，您的任何意见或建议对我们都很重要，我们都会认真对待。同时，公司还从事微生物生物技术的研究开发和应用，真诚希望与相关企事业单位合作。我们一起努力,领跑生物科技前沿，创造未来价值。
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中国生物器材网 电话：021-下面是几个被广泛使用的软件，主要是针对微生物的，并且主要用于分析16S rDNA PCR产物或宏基因组（Metagenome）数据，了解样品中细菌或古菌等微生物的种群及功能的多样性和丰度。
第一次见到这个软件的时候，就被它的架构深深折服了，设计的实在是太好了！包含了各种各样常用的序列处理功能，并且功能随着开发的进行，很多新的功能和模块不断被整合进去。在Linux、Windows和Mac系统下都可以安装，使用起来非常简，网站上的使用说明也非常清晰、条理，稍微看一下，几个小时甚至更短时间就可以学会。
注意是MEGAN，不是MEGA。这个软件设计的也非常好，它主要是使用LCA算法，分析BLAST结果。除了进行物种的丰度和多样性分析，也可以进行功能基因的多样性和丰度分析。用Java写的，各种平台都可以运行。
这是一个专门用于分析微生物PCR产物高通量测序数据的pipeline，主要用Python写的，也整合了很多其它的工具包。这个软件的特点是生成的图挺漂亮的，但是使用起来不是非常容易，甚至对于很多人来说成功在电脑上安装都是非常困难的。只支持Linux和Mac系统，在Windows下使用必须在虚拟机中安装。最简单的安装方法是在亚马逊的平台EC2 image中安装使用。
这个软件主要用于分析宏基因组（Metagenome）高通量测序数据，对多个样品的Metagenomic profiles进行统计分析和比较。各种系统下都可以安装使用。
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Tags: , , , ,【共享】高通量测序中常见生物信息(bioinformation)名词的解释（不断更新中）(高通量测序,生物信息,拼接,测序) - DNA技术 - 生物秀
标题: 【共享】高通量测序中常见生物信息(bioinformation)名词的解释（不断更新中）(高通量测序,生物信息,拼接,测序)
摘要: [【共享】高通量测序中常见生物信息(bioinformation)名词的解释（不断更新中）(高通量测序,生物信息,拼接,测序)] 1
什么是Reads?高通量测序平台产生的序列就称为reads。2
什么是Contig？拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。3
什么是Scaffold？基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、 关键词:[测序 拼接 序列 高通量测序 生物信息 基因组 覆盖度]……
1. 什么是Reads?高通量测序平台产生的序列就称为reads。2. 什么是Contig？拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重叠群）。3. 什么是Scaffold？基因组de novo测序，通过reads拼接获得Contigs后，往往还需要构建454 Paired-end库或Illumina Mate-pair库，以获得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）两端的序列。基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold。4. 什么是Contig N50？Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig长度相加，能获得一个Contig总长度。然后将所有的Contigs按照从长到短进行排序，如获得Contig 1，Contig 2，Contig 3...………Contig 25。将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig N50。Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。5. 什么是Scaffold N50？Scaffold N50与Contig N50的定义类似。Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds。将所有的Scaffold长度相加，能获得一个Scaffold总长度。然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序，如获得Scaffold 1，Scaffold 2，Scaffold 3...………Scaffold 25。将Scaffold按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时，最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50。举例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度*1/2时，Scaffold 5的长度即为Scaffold N50。Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。6．什么是测序深度和覆盖度？测序深度是指测序得到的总碱基数与待测基因组大小的比值。假设一个基因大小为2M，测序深度为10X，那么获得的总数据量为20M。覆盖度是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域，这部分没有获得的区域就称为Gap。例如一个细菌基因组测序，覆盖度是98%，那么还有2%的序列区域是没有通过测序获得的。了解更多信息，请登录美吉官方网站：
回复那一般测人肠道菌群16s rDNA V3区需要多大的数据量？回复路过，看看，谢谢回复7.什么是转录本重构用测序的数据组装成转录本。有两种组装方式：1，de-novo构建； 2，有参考基因组重构。其中de-novo组装是指在不依赖参考基因组的情况下，将有overlap的reads连接成一个更长的序列，经过不断的延伸，拼成一个个的contig及scaffold。常用工具包括velvet，trans-ABYSS，Trinity等。有参考基因组重构，是指先将read贴回到基因组上，然后在基因组通过reads覆盖度，junction位点的信息等得到转录本，常用工具包括scripture、cufflinks。8.什么是genefusion将基因组位置不同的两个基因中的一部分或全部整合到一起，形成新的基因，称作融合基因，或嵌合体基因。该基因有可能翻译出融合或嵌合体蛋白。9.什么是表达谱基因表达谱(geneexpression profile)：指通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息,这样编制成的数据表就称为基因表达谱10.什么是功能基因组学(functional genomics)功能基因组学(functional genomics)（Functuionalgenomics）又往往被称为后基因组学（Postgenomics），它利用结构基因组所提供的信息和产物，发展和应用新的实验手段，通过在基因组或系统水平上全面分析基因的功能，使得学研究从对单一基因或蛋白质得研究转向多个基因或蛋白质同时进行系统的研究。这是在基因组静态的碱基序列弄清楚之后转入对基因组动态的生物学功能学研究。研究内容包括基因功能发现、基因表达分析及突变检测。基因的功能包括：生物学功能，如作为蛋白质对特异蛋白质进行磷酸化修饰；细胞学功能，如参与细胞间和细胞内信号传递途径；发育上功能，如参与形态建成等。采用的手段包括经典的减法杂交，差示筛选，cDNA代表差异分析以及mRNA差异显示等，但这些技术不能对基因进行全面系统的分析，新的技术应运而生，包括基因表达的系统分析（serial analysis of gene expression,SAGE），cDNA微阵列（cDNA microarray），DNA 芯片（DNA chip）和序列标志片段显示（sequence tagged fragmentsdisplay。11.什么是比较基因组学(comparative genomics)比较基因组学(comparative genomics)(ComparativeGenomics)是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和物种进化的学科。利用模式生物(model organism)基因组与人类基因组之间编码顺序上和结构上的同源性，克隆人类疾病基因，揭示基因功能和疾病分子机制(Molecular Mechanisms)，阐明物种进化关系，及基因组的内在结构。12.什么是表观遗传学表观遗传学是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达了可遗传的变化的一门遗传学分支学科。表观遗传的现象很多，已知的有DNA甲基化（DNAmethylation），基因组印记（genomicimpriting），母体效应（maternaleffects），基因沉默（genesilencing），核仁显性，休眠转座子激活和RNA编辑（RNA editing）等。了解更多信息，请登录美吉生物官方网站：/回复
13.什么是计算生物学计算生物学是指开发和应用数据分析及理论的方法、数学建模、计算机仿真技术等。当前，生物学数据量和复杂性不断增长，每14个月基因研究产生的数据就会翻一番，单单依靠观察和实验已难以应付。因此，必须依靠大规模计算模拟技术，从海量信息中提取最有用的数据。14.什么是基因组印记基因组印记(又称遗传印记)是指基因根据亲代的不同而有不同的表达。印记基因的存在能导致细胞中两个等位基因的一个表达而另一个不表达。基因组印记是一正常过程，此现象在一些低等动物和植物中已发现多年。印记的基因只占人类基因组中的少数，可能不超过5%，但在胎儿的生长和行为发育中起着至关重要的作用。基因组印记病主要表现为过度生长、生长迟缓、智力障碍、行为异常。目前在肿瘤的研究中认为印记缺失是引起肿瘤最常见的遗传学因素之一。15.什么是基因组学基因组学（英文genomics），研究生物基因组和如何利用基因的一门学问。用于概括涉及基因作图、测序和整个基因组功能分析的遗传学分支。该学科提供基因组信息以及相关数据系统利用，试图解决生物，医学，和工业领域的重大问题。16.什么是DNA甲基化DNA甲基化是指在DNA甲基化的作用下，在基因组CpG二的胞嘧啶5"碳位共价键结合一个甲基基团。正常情况下，人类基因组“垃圾”序列的CpG二相对稀少，并且总是处于甲基化状态，与之相反，人类基因组中大小为100—1000 bp左右且富含CpG二核苷酸的CpG岛则总是处于未甲基化状态，并且与56％的人类基因组编码基因相关。人类基因组序列草图分析结果表明，人类基因组CpG岛约为28890个，大部分染色体每1 Mb就有5—15个CpG岛，平均值为每Mb含10．5个CpG岛，CpG岛的数目与基因密度有良好的对应关系[9]。由于甲基化与人类发育和肿瘤疾病的密切关系，特别是CpG岛甲基化所致抑癌基因转录失活问题，甲基化已经成为表观遗传学和表观基因组学的重要研究内容。17.什么是基因组注释基因组注释(Genomeannotation) 是利用生物信息(bioinformation)学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学(functional genomics)研究的一个热点。基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。基因识别的核心是确定全基因组序列中所有基因的确切位置。了解更多信息，请登录美吉生物官方网站：/ 回复18.Q30高通量测序中，每测一个碱基会给出一个相应的质量值，这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13，错误率为5%，20的错误率为1%，30的错误率为0.1%。Q20与Q30则表示质量值大于等于20或30的碱基所占百分比。比如一共测了1G的数据量，其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20，那么Q20则为90%。
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