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求助版主GMX卡算码
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我按版主帮助装了GMX3.08驱动，能测到SC台信号，可帮助算码吗（最好一年）？ 感谢！！！
我的卡号：& &（机器号 989E2654）
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308只能用到，到时候再回来换
-0706版本密码FAF7CAD3-
非常感谢你们！！！ 3q ！
坛主,能帮忙算一个410驱动码收广州水晶球吗?卡号谢谢!
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能帮忙算一个4.01驱动码卡号谢谢!
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grompp运行出错，求大神指教
运行步骤grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr
Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)
WARNING 1 :
&&6 non-matching atom names
&&atom names from mcl4.top will be used
&&atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored
Analysing residue names:
There are:& &152& & Protein residues
There are:& &&&1& && &Other residues
There are:&&7635& && &Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:& && & 0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data
There was 1 note
There was 1 warning
-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.5.5
Source code file: grompp.c, line: 1584
Fatal error:
Too many warnings (1), grompp terminated.
If you are sure all warnings are harmless, use the -maxwarn option.
这是我的mcl4-solv.pdb文件和top文件，mdp文件应该是没有问题的。
然后我加上-maxwarn之后再运行grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn
出现以下错误
Fatal error:
Expected an integer argument for option -maxwarn
我不知道该怎么改文件啊，求大神指点:cry::cry::cry:要疯了:cry::cry::cry:
mcl4-solv.jpg
可是关键是在哪里改还有肿么改捏:shuai::shuai::shuai:而且那两个文件不用改吗，虽然我不知道怎么改，但是警告好多啊:cry::cry::cry:
grompp -f em.mdp -c mcl4-solv.pdb -p mcl4.top -o mcl4-ions.tpr –maxwarn 1&&最后加个1& &继续往下做 看看会不会出现相关错误 不出错就没事
好了虽然还是有提示，但是能够运行得出结果，谢谢大神:arm::arm::arm:感动啊感动，小红花一朵~\(≧▽≦)/~啦啦啦
Warning: atom name 2502 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H20 - H201)
Warning: atom name 2503 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H20 - H202)
Warning: atom name 2504 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H21 - H211)
Warning: atom name 2505 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H21 - H212)
Warning: atom name 2506 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (1H22 - H221)
Warning: atom name 2507 in mcl4.top and mcl4-solv.pdb does not match (2H22 - H222)
WARNING 1 :
&&6 non-matching atom names
&&atom names from mcl4.top will be used
&&atom names from mcl4-solv.pdb will be ignored
Analysing residue names:
There are:& &152& & Protein residues
There are:& &&&1& && &Other residues
There are:&&7635& && &Water residues
Analysing Protein...
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group rest is 53355.00
Largest charge group radii for Van der Waals: 0.219, 0.216 nm
Largest charge group radii for Coulomb:& && & 0.447, 0.447 nm
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 54x60x54, spacing 0.113 0.116 0.111
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.30
This run will generate roughly 295 Mb of data
There was 1 note
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我是加了忽略氢的那个选项的啊，不过后来修改了top文件然后就好了，谢谢你啦
我也是小分子模拟 会出现很多错误 请问你这些问题现在解决了吗
( ⊙ o ⊙ )啊！解决了，不知道你指的是什么问题啊
就是小分子的top你是怎么获得的呢，我去年学的GMX，小分子top不知道怎么得到，后来看到用PRODRG，可是好像这样得到的电荷有错误，模拟时基本都会出问题。不知道你是怎么得到小分子top的。谢谢哈
电荷是不准确的，电荷组也是，我是用高斯计算然后自己更改的，文件形式一致就好，电荷是可以改的
其他的都不该 就改电荷就可以是吗 还有高斯我没用过 那个计算电荷难吗 在win7下可以使用吗。我今天模拟了下，是通过prodrg得到的top,本来去年模拟都会提示电荷或者电荷组有错误，这次居然没提示，10 ns 的MD模拟都可以顺利进行。只是结果没什么用，我有点担心是电荷问题，因为期待两个分子相互作用，但从轨迹看似乎相隔有点远。你有什么建议没，谢谢哈
高斯计算电荷win7可以用的，不难啊，你看一看高斯计算单点能的教程例子就好，要修改电荷还有电荷组，http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/02_topology.html
这个教程里面有写的，修改电荷电荷组，那个结果分析我也是没怎么入门:shuai::shuai::shuai::shuai::shuai:
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提问者采纳
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昨天在天使动漫论坛已经找到了，但还是谢谢你了
提问者评价
太给力了，你的回答完美解决了我的问题！
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