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MS 建模 问题集锦-小木虫
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【求助成功】MS界面建模问题
用MS建立一个模型，按照李明宪教程上的方法，发现在真空层的另一端也出现了原子，如何消掉
这没关系，是显示的问题，另一端出现原子是由于周期性重复的原因。 Originally posted by pro_junjie at
这没关系，是显示的问题，另一端出现原子是由于周期性重复的原因。
能不能不让另一端显示呢？ Originally posted by xk6891 at
能不能不让另一端显示呢？ 你可以试试如下操作：
在Display style-> Lattice 页中，将style改为original，然后再改回default。如果不行，可以试着改为in cell再改为default。 Originally posted by pro_junjie at
你可以试试如下操作：
在Display style-& Lattice 页中，将style改为original，然后再改回default。如果不行，可以试着改为in cell再改为default。 是我在国内的一些做表面的文章上看到有的图形是这样，起初我不理解，现在知道怎么回事了。有个问题，就是这样本身表面应当是一个二维周期的平面，这样在垂直平面的维度上加上周期性会对计算产生影响，是不是计算的结果就不准确了？如果改用chemoffice建的话是不是可以避开这个问题。 Originally posted by xk6891 at
是我在国内的一些做表面的文章上看到有的图形是这样，起初我不理解，现在知道怎么回事了。有个问题，就是这样本身表面应当是一个二维周期的平面，这样在垂直平面的维度上加上周期性会对计算产生影响，是不是计算 ... 如果想用CASTEP，vasp等软件处理表面问题时，必须采用这种方法，当真空层厚度足够时，垂直表面方向的影响可以忽略。 Originally posted by pro_junjie at
如果想用CASTEP，vasp等软件处理表面问题时，必须采用这种方法，当真空层厚度足够时，垂直表面方向的影响可以忽略。 明白了~~谢谢指导
小弟再次拜谢~~ : Originally posted by pro_junjie at
这没关系，是显示的问题，另一端出现原子是由于周期性重复的原因。 能不能用ms计算聚合物呢、、能带，态密度 : Originally posted by damihu2011 at
能不能用ms计算聚合物呢、、能带，态密度 当然可以……就是没算过:jok: : Originally posted by xk6891 at
当然可以……就是没算过:jok: 有没有相关的资料呢？？？ : Originally posted by damihu2011 at
有没有相关的资料呢？？？ gooo……ooogle之 : Originally posted by xk6891 at
用MS建立一个模型，按照李明宪教程上的方法，发现在真空层的另一端也出现了原子，如何消掉
a7/5c/.jpg 请问下界面建模是通过build -layers 来创建的吗？我这样操作之后界面两边的原子距离相差太远和文献上的也不尽相同，请问界面建模的具体操作步骤是怎么样的？谢谢！ 你好，我想问一下如果切割CeO2(111)面，层数是十二层，怎么设置？以及怎么固定底部六层？谢 如何消掉在真空层另一端的原子呢？我试了一下还是消不了，该如何操作呢？谢谢 求高手指点一下，建立镁0001面和镍111面组合的一个界面该怎么建立呢？石墨烯 graphene
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你可能喜欢本文将重点介绍Microsoft NLayerApp的领域模型层，这涉及到Domain.Core、Domain.Core.Entities、Domain.MainModule以及Domain.MainModule.Entities四个项目。Domain.Core项目包含了基本接口的定义以及（Specification Pattern）的实现；Domain.Core.Entities则包含了支持Entity Framework的STE（Self-Tracking Entity）的实现代码，在上文《》我对STE做了一些介绍，但它的实现与Entity Framework（EF）结合的比较紧密，EF超出了本系列文章的讨论范围，因此，我们也不会针对STE的具体实现方式做太多讨论；Domain.MainModule根据项目需求，针对不同的实体定义了仓储接口，同时实现了项目所需的规约类型。领域服务也是该项目的重要部分；Domain.MainModule.Entities项目中包含了NLayerApp领域模型的核心代码。本文将从仓储接口、规约、领域服务、领域模型这四个方面对NLayerApp的Domain Model层做一个简单的介绍。
根据我们在《》一文中的讨论，仓储的具体实现是放在基础结构层的，而仓储的接口则是放在领域模型层的。Domain.Core项目的IRepository接口就是仓储接口，所有的仓储类都需要实现该接口中定义的属性与方法。在Domain.Core项目下还有一个继承IRepository接口的IExtendedRepository接口，它包含了一些额外的方法来扩展IRepository的功能。事实上在整个NLayerApp中并没有真正用到IExtendedRepository接口，因此我们也不在此做过多讨论。下图是NLayerApp中与仓储的接口和实现相关的类关系图，为了方便浏览和描述，该图中仅包含了Customer仓储的定义与实现部分：
首先，ICustomerRepository接口继承于IRepository接口，以扩展IRepository来定义特定于Customer实体的仓储。因此，所有实现ICustomerRepository接口的类，不仅具备仓储的基本功能，而且还具有特定于Customer实体的仓储操作。其次，Repository类实现了IRepository接口，并作为所有仓储实现的基类，实现了IRepository接口中定义的方法，它在仓储部分的角色就是一个（Layer Supertype）。最后，CustomerRepository类继承于Repository类，同时实现了ICustomerRepository接口，由于Repository类中已经实现了IRepository中定义的所有方法，因此CustomerRepository类就无需去实现这些方法，只需要把关注点放在ICustomerRepository的实现上即可。以下是位于基础结构层的CustomerRepository代码，供读者朋友参考：
public class CustomerRepository
:Repository&Customer&,ICustomerRepository
#region Constructor
/// &summary&
/// Default constructor
/// &/summary&
/// &param name="traceManager"&Trace manager dependency&/param&
/// &param name="unitOfWork"&Specific unitOfWork for this repository&/param&
public CustomerRepository(IMainModuleUnitOfWork unitOfWork, ITraceManager traceManager)
: base(unitOfWork, traceManager) { }
#endregion
#region ICustomerRepository implementation
/// &summary&
/// &see cref="Microsoft.Samples.NLayerApp.Domain.MainModule.Customers.ICustomerRepository"/&
/// &/summary&
/// &param name="specification"&
/// &see cref="Microsoft.Samples.NLayerApp.Domain.MainModule.Customers.ICustomerRepository"/&
/// &/param&
/// &returns&Customer that match &paramref name="specification"/&&/returns&
public Customer FindCustomer(ISpecification&Customer& specification)
//validate specification
if (specification == (ISpecification&Customer&)null)
throw new ArgumentNullException("specification");
IMainModuleUnitOfWork activeContext = this.UnitOfWork as IMainModuleUnitOfW
if (activeContext != null)
//perform operation in this repository
return activeContext.Customers
.Include(c =& c.CustomerPicture)
.Where(specification.SatisfiedBy())
.SingleOrDefault();
throw new InvalidOperationException(string.Format(
CultureInfo.InvariantCulture,
Messages.exception_InvalidStoreContext,
this.GetType().Name));
#endregion
正如上图所述，ICustomerRepository接口扩展了IRepository接口以提供与Customer有关的仓储操作。对于应用程序开发框架来说，这样的设计有助于提高系统的扩展性。比如之前有网友针对框架提问，觉得Apworks的仓储接口只提供了一些很基本的操作，但他希望能够在仓储上增加一些诸如分页查询对象的操作，之前他的设计是，另外定义一个接口（IFooRepository），其中添加一些分页查询操作，然后让仓储实例同时实现IRepository和IFooRepository。如下：
这样做看上去FooRepository是一个完整的仓储实现，但IFooRepository与IRepository之间没有任何联系，IFooRepository本身并没有体现&仓储&的语义，但它原本就是一种仓储。从实践上看，我们需要在IoC容器中分别为IRepository和IFooRepository注册相同的类型：FooRepository，以便在程序中能够正确地解析IRepository和IFooRepository的具体实现，从而通过IRepository或者IFooRepository分别获得不同的仓储操作。当然，对于我们目前的情形，FooRepository同时实现IRepository和IFooRepository接口，那么C#是可以通过as关键字将该实例在IRepository和IFooRepository的实例间进行转换的，比如：
IContainer container = IoCFactory.Instance.CurrentC
using (IRepositoryContext ctx = container.Resolve&IRepositoryContext&())
IRepository&Foo& repository = ctx.GetRepository&Foo&();
// do sth. with repository ...
IFooRepository&Foo& fooRepository = repository as IFooRepository&Foo&();
if (fooRepository != null) // this is required...
// do sth. with fooRepository
但是在应用程序开发的过程中，我们无法去约束开发人员一定要让FooRepository去实现IFooRepository接口，这就造成了上面的类型转换不成功，因此，判断fooRepository实例是否为空就显得非常重要。
这样的设计还有另外一个缺陷，就是由于IFooRepository没有体现&仓储&的语义，这就导致它无法应用到基于仓储的类型约束上。例如，假设根据需求我们需要用到一个接口IMyInterface，它的定义如下：
interface IMyInterface&T, S&
where T : IRepository&S&
where S : class
那么很明显我们就无法去定义一个类，在这个类中通过泛型参数T来使用IFooRepository接口：
class MyClass : IMyInterface&IFooRepository&MyEntity&, MyEntity&
相比之下，NLayerApp用了一个从语义上来讲更为合理的设计（如下图），它充分体现了&IFooRepository是一种仓储&的概念，总之，两种不同的设计的主要区别在各自所表达的面向对象语义上。
规约（Specification）
在Domain.Core项目下，NLayerApp定义了应用程序领域模型层所需要用到的规约框架，主要是通过LINQ Expression来实现的。在ISpecification接口中定义了SatisfiedBy方法，该方法返回一个LINQ Expression，用来执行判断领域对象是否能够满足当前规约条件的逻辑。NLayerApp的规约结构如下图所示：
有关规约模式，请参见：《》、《》；有关规约模式、应用场景以及支持LINQ Expression的.NET规约实现，请参见：《》。本文就不再重复这些内容了。
值得一提的是，NLayerApp的规约实现，在Specification抽象类中重载了一些逻辑运算符，这使得在实际应用中使用规约变得非常方便。
领域服务（Domain Services）
在DDD中，&服务&的概念得到了扩展，它表示在任何层中，包含了这样一种操作的类型，这种操作从逻辑上无法归结到任何对象上。因此&服务&并不仅仅是应用层或者基础结构层的专利，领域模型中也存在服务。在我的《》一文中，对领域服务做了简单的介绍，供读者朋友参考。就NLayerApp而言，它实现了一个Bank Transfer的服务，首先定义了IBankTransferDomainService的接口，然后由BankTransferDomainService实现该接口。服务执行的参与者就是两个BankAccount实体，参数就是需要转账的金额。在Application层，BankingManagementService的PerformTransfer方法就使用了该服务来实现银行账户转账。
领域模型（Domain Model）
之前我也提到过，NLayerApp的领域模型是根据Entity Framework的Data Model，通过T4自动生成的，代码中除了包含了Data Model本身所定义的对象属性及对象间的关系外，还包含了基于Entity Framework实现STE的代码。从严格上讲，这并不是一个纯净的领域模型，其中STE的实现牵涉到了很多技术（而非领域）实现细节；此外，所有的领域对象都被DataContract修饰，也就意味着它们将同时以DTO的身份穿梭在网络中。NLayerApp的官方资料中对这种实现有过说明，解释过这种做法并不是很好的DDD实践，但它能够适用于NLayerApp。另外，NLayerApp采用C#的partial关键字向领域对象中添加了业务方法，Domain.MainModule.Entities项目下Partial子目录中包含了这些代码，比如在Order实体上实现了GetNumberOfItems操作。这一点与我以前在《》一文中讨论的思路是相同的。在此，我们也不对NLayerApp的领域逻辑实现过程做太多介绍，有问题的朋友可以通过留言进行讨论。
本文对NLayerApp的领域模型层做了简单的介绍，尤其对仓储接口的设计做了详细讨论。下篇文章我将介绍NLayerApp的应用层。
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【求助】纳米线MS建模
请问如何用MS对碲化铋纳米线建模啊！
:tiger03: 查了一堆文献，只有一些参数，就是不知道怎么做啊 只见过碳纳米线的，就是一条直线上分布着等间距的碳原子，楼主这个应该和这个差不多吧 先建一个很大的supercell，然后切出来一个圆形截面的纳米线，剩下的原子都去掉就行了 Originally posted by spring5908 at
先建一个很大的supercell，然后切出来一个圆形截面的纳米线，剩下的原子都去掉就行了 楼主可以在讲的详细点吗》谢谢 Originally posted by shucuicui at
请问如何用MS对碲化铋纳米线建模啊！ kechang？ 以ZnO为例，建一个7×7×2的超胞（当然可以是其它大小，但是得保证能切出纳米线，而且有足够的真空层），从c轴俯视图来看，保留中间7个六圆环（6个六圆环中间围着1个），其它原子都删掉，这样得到的纳米线是沿c轴延伸的，直径约为1nm。如果你想建立直径大一些的纳米线就把超胞建的更大一些，多留出一圈来就好了。这方面的文献很多，一目了然，可以搜一下 Originally posted by spring5908 at
以ZnO为例，建一个7×7×2的超胞（当然可以是其它大小，但是得保证能切出纳米线，而且有足够的真空层），从c轴俯视图来看，保留中间7个六圆环（6个六圆环中间围着1个），其它原子都删掉，这样得到的纳米线是沿c轴 ... 哈哈，学习啦，谢谢lz 学习了，谢谢啊，对了，你说的真空层怎么建立啊，不好意思，我是新手，我也查了很多相关文献，也是说在a,b轴方向建立真空层。 Originally posted by shucuicui at
学习了，谢谢啊，对了，你说的真空层怎么建立啊，不好意思，我是新手，我也查了很多相关文献，也是说在a,b轴方向建立真空层。 按照他的方法得到的就是a,b轴方向建立真空层。 哦，谢谢了！我试着做一下啊 Originally posted by spring5908 at
以ZnO为例，建一个7×7×2的超胞（当然可以是其它大小，但是得保证能切出纳米线，而且有足够的真空层），从c轴俯视图来看，保留中间7个六圆环（6个六圆环中间围着1个），其它原子都删掉，这样得到的纳米线是沿c轴 ... 请问为什么要建立真空层呢？谢谢。 呵呵，又来问问题了啊
现在我已经把碲化铋纳米线做好了，也加了真空层，用MS做的，可是现在怎么把它转换成Vasp 里面的POSCAR了
我用CASTEP计算，保存文件，但我的MS出了故障，老是说
Method' ~'& &of object '~'&&failed Originally posted by spring5908 at
以ZnO为例，建一个7×7×2的超胞（当然可以是其它大小，但是得保证能切出纳米线，而且有足够的真空层），从c轴俯视图来看，保留中间7个六圆环（6个六圆环中间围着1个），其它原子都删掉，这样得到的纳米线是沿c轴 ... 想请问高手，您所建的纳米线的表面是怎么处理的？？表面悬挂键用的是H还是O？ Originally posted by lixiao85 at
想请问高手，您所建的纳米线的表面是怎么处理的？？表面悬挂键用的是H还是O？ 若为了考察表面效应，则用直接切出来的纳米线即可，如果考虑到构型稳定性以及与实验的吻合，则需要表面钝化，最简单易行的方法为H饱和，当然也可以选择别的钝化剂。 : Originally posted by shucuicui at
呵呵，又来问问题了啊
现在我已经把碲化铋纳米线做好了，也加了真空层，用MS做的，可是现在怎么把它转换成Vasp 里面的POSCAR了
我用CASTEP计算，保存文件，但我的MS出了故障，老是说
Method' ~'& &of object ... 请问楼主是如何加入真空层的 : Originally posted by spring5908 at
若为了考察表面效应，则用直接切出来的纳米线即可，如果考虑到构型稳定性以及与实验的吻合，则需要表面钝化，最简单易行的方法为H饱和，当然也可以选择别的钝化剂。 楼主我看到好多文献上说可以加H钝化，但具体怎么加H钝化 : Originally posted by shucuicui at
呵呵，又来问问题了啊
现在我已经把碲化铋纳米线做好了，也加了真空层，用MS做的，可是现在怎么把它转换成Vasp 里面的POSCAR了
我用CASTEP计算，保存文件，但我的MS出了故障，老是说
Method' ~'& &of object ' ... 请问真空层是怎么加的呢？ : Originally posted by spring5908 at
先建一个很大的supercell，然后切出来一个圆形截面的纳米线，剩下的原子都去掉就行了 能不能说清楚怎么切出个圆形截面谢谢}