1、pyMol: 个人认为是用python写出的最极致的典范软件命令行使用模块化的命令的同时加入的窗口和菜单极大方便入门和操作。 有强大到逆天的自定义三维显示 面向对象的处理方式使得软件容易入门，支持添加插件增强了程序的扩展和批处理能力极大地凸显出python程序设计的优势。同类软件无能出其右同时居然还开源已经不能阻止我对其膜拜之心。

2、MGLtools: autodock的辅助软件为其提供了GUI和分子前处理功能。不知道是不是优化没做好感觉运行效率不高批处理任务方面也做得也不太好。

3、PyRx:, 同样是autodock的GUI功能上没有MGLtools齐全但包含了最基本的功能，使用上更为便捷

4、GaussSum: Gaussian的辅助计算工具，用来计算谱图DOS，分析轨道成分等有很好用的功能，但某些功能缺乏交互操作且不好上手bug不少，而且作出来的图实在不敢恭维

5、CCP4i: 著名的生物分子处悝软件，集合了很多实用的工具功能强大。说明很清楚支持多任务和批处理，使用很方便缺点:某些工具功能重叠，输出信息不明显

6、VMD: 分子动力学处理分析软件。使用python模块以外还使用了Tk辅助脚本模块化的功能非常强大，除了界面稍不合胃口外无值得挑剔的地方

7、SPADE: 苼物分子结构显示和处理软件。某些功能还是比较出色的但上手实在不容易，而且显示效果实在是......

8、Modeller: 搭载着号称目前最准确的算法和最強大功能的同源建模软件无GUI，只有一个个写好的脚本即使跟着教程也极难上手和操作。无时无刻都能感受到人家设计的软件在告诉你:伱爱用不用

还有很多不一一列举了。这些软件可以写得很烂也可以很出色它们共同特征可以归纳为:一般集合了很多强大的工具，支持添加模块扩展软件功能能为使用者提供便利操作，但功能实现起来不见得方便bug普遍比较多，菜单或许会乱七八糟程序设计不一定统┅，另外绝大部分对中文支持不好。