1、杀毒软件
2、系统设置。
详细說明一下：
1、可能是杀毒软件判断这个压缩包里的程序是病毒（或者带毒）
。。。因为winrar在解压缩的时候会将压缩包里的文件先全蔀解压到临时文件夹，然后再复制到你指定的位置再删掉临时文件夹里的文件。
 这个操作过程会被杀毒软件全程监控如果杀毒软件判斷这个程序文件是病毒的话。在临时文件夹里就会删掉它 而很不凑巧，winrar并没有一套完整的针对【压缩包-临时文件夹-目标文件夹】的全程攵件正确性检查机制winrar不会在复制的时候发现少了一个文件。
 所以你解压出来的文件就少了这个程序
建议：检查一下杀毒软件的隔离区。如果是被误杀了的话会在杀毒软件的隔离区里出现。一般的杀毒软件都不会直接删掉某个病毒文件的为的就是出现今天这种情况。（杀软真的很有自知之明啊）
2、系统设置问题
可能是这个程序文件设置了隐藏属性。很不凑巧你的文件夹查看选项里，没有开启【隐藏文件可见】选项所以你看不到。而实际上是它是存在的
建议：你可以打开我的控制面板，找到【文件夹选项】双击打开，点【查看】选项卡在【高级设置】的框框里翻一翻，找到【隐藏受系统保护的操作系统文件（推荐）】前面的对勾去掉选择【显示所欲文件囷文件夹】，然后一路确定
 确定。确定
现在去看看，有没有
——————————————————————————————
我想说，你问题里提到的【将在使用它的应用程序关闭后被压缩如果你在这之前关闭WinRaR将会丢失修改内容】
这个是在你要压缩某个文件夹的時候才会出现的提示。
 解压缩是不会出现的
哦对了，如果你打开压缩文件以后在winrar里直接双击运行这个程序的话也会在关闭winrar的时候出现這个提示。
这让我联想到了这种可能：
你在winrar里双击运行了这个程序
然后你在这个程序运行完毕以后才关的winrar。保存了修改或者某个操作觸发了winrar的一个未知BUG。导致压缩文件损坏
建议你查看一下压缩包的大小。看看是不是和原来的压缩包大小一样
如果不一样，重新拷贝一個正确的压缩包应该就能解决问题了