我们以桃子、葡萄、可可三个物種为例将葡萄作为参考，绘制三个基因共线性组基因共线性水平的共线性图

其中参数 --iter=1 表示提取每个葡萄基因共线性只对应一个桃子或鈳可基因共线性的。如果是2则提取对应2个基因共线性的，以此类推最后得到的grape.blocks包含大量的基因共线性匹配，文件格式如下：

第一列为葡萄的基因共线性第二列为对应的桃子基因共线性，第三列为对应的可可基因共线性没有匹配的以 '.' 代替。第一列葡萄基因共线性的顺序与 grape.bed 文件中一致可根据此文件挑选想要展示的区域，将其保存到blocks文件中（注意：我们只能选择一个基因共线性组作为参考，否则无法進行合并）

这里，我挑选的前50列进行展示

运行如下命令，即可得到文章开头展示的共线性图啦！