# 使用字符串的好处是不需要额外提供文件
# 简单测试时可使用，写起来不繁琐又方便重复
# 尤其适用于在线提问时作为测试案例
# 习慣设置quote为空，避免部分基因名字或注释中存在引号导致读入文件错误。
 

# 读入时，增加一个参数`check.names=F`也可以解决问题
# 这次数字前没有再加 X 了
 

# 如果包没有安裝运行下面一句，安装包
# 转换前先增加一列ID列，保存行名字
# melt：把正常矩阵转换为长表格模式的函数工作原理是把全部的非id列的数值列转为1列，命名为value；所有字符列转为variable列
# id.vars 列用于指定哪些列为id列；这些列不会被merge，会保留为完整一列
 

# data_m: 是前面费了九牛二虎之力得到的数据表
# aes: aesthetic的缩写一般指定整体的X轴、Y轴、颜色、形状、大小等
# 在最开始读入数据时，一般只指定x囷y其它后续指定
# 热图就是一堆方块根据其值赋予不同的颜色，所以这里使用fill=value, 用数值做填充色
# ggplot2为图层绘制，一层层添加存储在p中，在輸出p的内容时才会出图
 
## 如果你没有使用Rstudio或其它R图形版工具，而是在远程登录的服务器上运行的交互式R需要输入下面的语句，获得输出圖形（图形存储于R的工作目录下的Rplots.pdf文件中）

# theme: 是处理图美观的一个函数可以调整横纵轴label的选择、图例的位置等
# 这里选择X轴标签45度。
# hjust和vjust调整标签的相对位置具体见 
# 简单说，hjust是沝平的对齐方式0为左，1为右0.5居中，0-1之间可以取任意值vjust是垂直对齐方式，0底对齐1为顶对齐，0.5居中0-1之间可以取任意值
 

# 连续的数字，指定最小数值代表的颜色和最大数值赋予的颜色
 

调整背景和背景格线以及X轴、Y轴的标题(注意灰色的背景没了)

合并以上命令就得到了下面這个看似复杂的绘图命令

图形出来了，就得考虑存储了

# 可以跟输出文件不同的后缀以获得不同的输出格式
# colormode支持srgb （屏幕）和cmyk （打印，部分雜志需要看上去有点褪色的感觉）格式
 

至此，完成了简单的heatmap有什么用的绘图但实际绘制时，经常会碰到由于数值变化很大导致颜色過于集中，使得图的可读性下降很多因此需要对数据进行一些处理，具体的下次再说