生物医学工程学科实力很强的大學主要有东南大学、华中科技大学、上海交通大学、清华大学、北京航空航天大学、浙江大学、四川大学、北京大学、天津大学、复旦大學、华南理工大学等

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东南大学前身是创建于1902年的三江师范学堂。1921年经郭秉文先生倡导以南京高等师范学校为基础建立国立东南大学，下设工科其后工科又经历国立第四中山大学工学院、国立中央大学工学院、国立南京大学工学院等历史时期；1952年全国院系调整，以原南京大学工学院为主体并入复旦大学、交通大学、浙江大学、金陵大学等学校的有关系科，在中央大学本部原址建立南京工学院；1988年5月学校复更名为东南大学；2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并南京地质学校並入，组建新的东南大学

截至2018年1月，学校占地面积5888亩建有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区；设有30个院（系），全日制在校生31470人其中研究生15614人；专任教师2832人。