若用离子交换层析分离物质以蛋白質为例，离子交换层析中基质是由带有电荷的树脂或纤维素组成。带有正电荷的称之阴离子交换树脂；而带有负电荷的称之阳离子树脂离子交换层析同样可以用于蛋白质的分离纯化。由于蛋白质也有等电点当蛋白质处于不同的pH条件下，其带电状况也不同阴离子交换基质结合带有负电荷的蛋白质，所以这类蛋白质被留在柱子上然后通过提高洗脱液中的盐浓度等措施，将吸附在柱子上的蛋白质洗脱下來结合较弱的蛋白质首先被洗脱下来。反之阳离子交换基质结合带有正电荷的蛋白质结合的蛋白可以通过逐步增加洗脱液中的盐浓度戓是提高洗脱液的pH值洗脱下来。

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