三年前太空飞船猎户号坠毁學园都市由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎心怀梦想的亚丽莎经过不断的修业和努力，终于得到了试镜的机会並有可能在恩底弥翁落成的庆祝活动中演唱。这一晚当麻、茵蒂克丝和亚丽莎在夜归途中遭到史提尔率领的魔法师们的攻击。而学园都市秩序维持部队的介入无疑标志着魔法侧和科学侧全面战争即将爆发。亚丽莎的体内究竟隐藏着怎样的力量和秘密…… 　　本片根据镰池和马（创作）、灰村清孝（插画）的轻小说改编