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求助 PCR-ARMS
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这个帖子发布于12年零226天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
PCR-ARMS是怎么个做法啊.本人绝对新手,正准备做实验.看了一篇文献检测一个基因的多态性,文献中说用PCR-ARMS,具体没有说是怎么做,只是给出了上游引物,下游引物的野生型,突变型,然后就是给出了反应条件.求教PCR-ARMS做法是不是和普通PCR一样,加样,然后在PCR仪上跑就可以了啊,区别是不是就是PCR-ARMS加三条引物(上游,下游野生型和突变型)???????恳请各位高手指点迷津.感激不尽!!!!!!!!!
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应该就是现在普遍说的allele-specific PCR。需要real-time PCR。你可以把文献贴上来，大家给你看看。
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1 试验设计1.1　研究对象为河北省满城县及香河县76名健康非孕育龄妇女,年龄22～34岁,其中40名在1～5年前生育过神经管畸形儿,其余36名为在此期间生育正常儿的母亲。1.2　材料与方法1.2.1&&材料　Isocode采血纸片;QiagenBlood试剂盒(美国Qiagen公司)等。1.2.2　基因组DNA提取方法　按QiagenBlood试剂盒说明提取微量外周血/采血纸片中细胞基因组DNA,核酸样品冻存于-20℃。1.2.3　基因突变检测方法　利用扩增阻碍突变系统(ARMS)法检测T833C及G919A基因突变[2]。PCR法分别扩增含CBS第833位和第919位核苷酸的基因组DNA片段,引物序列见表1。反应条件:95℃变性595℃1min,60℃75s,72℃2min,35个循环;72℃延伸7min。取PCR产物10μl,以含0.5μg/ml溴化乙锭的0.8%琼脂糖凝胶进行电泳,然后在紫外灯下检测结果。1.2.2&&表1　引物序列及其在基因组中的位置引物序列基因组中的位置G919A W sense 5'CTACGAGGTGGAAGGGATCG
exon8G919A
msense 5'CTACGAGGTGGAAGGGATCA3'
exon8G919A
antisense 5'CTGGACTCGACCTACCGTCCT3'
exon9 T833C
sense 5'GGAGAAGTGTCCTGGATGCA3'
exon7T833C
wantisense
5'CCCTTCGGGATCCACCCCAA3 '
exon8T833C
mantisense
5'CCCTTCGGGATCCACCCCAG3'
exon8统计处理　分别计算2组母亲9种基因型的构成比,并比较纯合突变与非纯合突变有无差异,进行卡方检验。2　结果CBS第919位及第833位核苷酸均表现出多态性:有的个体只扩增突变型,为纯合突变,有的只扩增野生型,为正常纯合子,有的突变型和野生型均扩增,为杂合子。结果见图1和图2。生育NTDs儿母亲(病例组)及生育正常儿母亲(对照组)的9种基因型构成见表2。表3显示病例组母亲G919A纯合突变率为35%,高于对照母亲的纯合突变率(33%),但二者无显著性差异(P&0.05)。病例组母亲T833C纯合突变率为20%,对照母亲为8%,二者亦无显著性差异(P&0.05)。
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基本原理方面，你搜索一下本版里关于Allele Specific PCR (AS PCR)的贴子。包括这个你给的例子是你做的那还是别人的文章？你要问什么？另外你的附件文件格式很奇怪，我打不开。
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PCRfan 编辑于
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【求助】博士论文盲审未通过，老师提出很多意见关于Q-PCR，求救！
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这个帖子发布于4年零262天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
1、涉及实时定量PCR实验的方法和结果有待补充相关信息： 1）、请说明扩增片段的位置和大小。2）请放入基因扩增的溶解曲线，以证明是特异性扩增，并说明扩增效率和计算方法（相对定量/绝对定量，计算公式）。3）该实验结果未提供基因扩增的个例原始数据及其总结数据表，建议补充。请问各位大侠，我需要说明扩增效率怎么计算，计算方式的公式呢？以及要补充什么数据啊？谢谢啦！
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隔行如隔山。专家提的很到位，关系到数据的可靠性。
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本来是挺简单的，如果你做过的话。多看资料吧，尤其是那种原始研究的资料，不是流于表面上原理的那种资料，而应该是详细描述如何操作及结果分析到统计计算......
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我不太清楚你都放了什么数据,不过看来像是短少很多数据啊.把专家提到的以上三点数据都放进去不就行了.你是怎么做的,原始数据都放进去啊!
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关于丁香园求一篇分子生物学的论文
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【求助】PCR分类？
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这个帖子发布于4年零296天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:2
正在写基因多态性的meta分析，看到文献里genotyping method分为：pyrosequencing，taqman，ASP，ABI-REALTIM PCR,RFLP，PCR-SSCP等，其中有一篇文献这样描述：Genomic DNA was extracted from peripheral blood leukocytes using commercially available kits (Qiagen,Hilden, Germany, and Roche Molecular Biochemicals,Mannheim, Germany). After amplification of genomic DNA by polymerase chain reaction (PCR), genotypes were determined either by allele-specific restriction enzyme analysis or with the use of allele-specific oligonucleotide probes. The sequences of primers and probesare shown in Table 1.本人临床的没做过实验，请高手解释到底用了那种PCR技术，谢谢。还有一篇：We collected blood specimens in sterile tubes containing tripotassium ethylenediaminetetraacetic acid, and weextracted and processed DNA for IL-10 gene analysis. We identified three different biallelic polymorphisms at 21082(GRA), 2819 (CRT), and 2592 (CRA) nucleotides with the 2, and 2592 haplotype specific typing methoddescribed by Koss et al.19 Briefly, we mixed 12 couples of 39 and 59 allele specific sequence primer pairs separately in a13 ml total volume that contained DNA template, 2.00 mM magnesium chloride, 9.8 mM ammonium sulphate, 39.6 mMTris, 200 mM dNTPs, and 0.2U Taq-polymerase. Cycling was performed at 96?C for 1 minute, followed by five cycles at96?C for 25 seconds, 70?C for 45 seconds, and 72?C for 45 seconds, 20 cycles at 96?C for 25 seconds, 65?C for50 seconds, and 72?C for 45 seconds, and five cycles at 96?C for 25 seconds, 55?C for 60 seconds, and 72?C for 120 seconds 非常感谢。
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第一个看起来就是普通的PCR啊，接着对PCR产物进行酶切或者再用更加特异的引物去确定亚型。应该是这样，第二个不知道。
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第一篇文章里面的PCR仅仅用来扩增了基因组DNA，基因多态性分析应该是用allele-specific restriction enzyme（限制性内切酶）来做的，也就是前面提到的RFLP
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第二篇有人知道吗？请高手指教。
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【求助】Nest PCR 求教
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问题已关闭悬赏丁当:10
巢氏PCR有没有哪位前辈做过？
由于要扩增一些浓度比较低的病毒核酸序列进行测序，本人使用巢氏PCR扩增一个1170 bp左右的目的序列，外引物扩增产物为1200 bp左右，内引物产物1170 bp。前向引物不同，而反向引物为共用的。
文献报道巢氏PCR的扩增敏感性可达到4IU/ml，可是我扩到500IU/ml 就已经很勉强了(无法用于胶回收并测序)，并且送华大基因进行测序（正反向测通后拼接）的结果很奇怪，一直提示高级结构！无法进行序列分析。
有没有哪位前辈知道该怎么解决这个问题？
是目的产物太长么？还是引物不能使用共同反向引物？
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病毒核酸提取使用的是北京鑫诺美迪的磁珠法提取试剂盒（标本量比较多，使用Qiagen的有点肉疼）
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测序显示高级结构，会不会是因为我的产物比较长，卷曲形成了自身配对？
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