下图是我做的MMP9的western结果来源于大鼠的蛋白，我觉得第1条应该是MMP9但我们这里一个做western很有经验的同学说1，2条都是杂带第3条才是MMP9，而且之前他们做的MMP9都是在第3条带（70－80KD）的位置

我们都是买的Santa的一抗，说明书上mmp9的位置就在90KD左右没有那么靠下，他解释说动物种属不同条带的位置也不同，而且一般作出的条帶都会比相应的Marker位置低对吗？能低这么多么（因为确实第3条是最明显的！！）

我想问一下这里的高手，到底哪条才是mmp9能帮忙解释一丅这三条都是mmp还有什么别的意思吗？

如果你的marker没有问题那么最浓的这条带很可能不是你的目的条带。要注意的是不同公司的蛋白marker有可能有比较大的差异。我倒是建议你再试试其他公司的蛋白marker最好不要用预染的，然后比较一下看看
我曾经遇到过一个蛋白，理论分子量36KD但电泳怎么跑都是45KD，后来换了国内公司的一种marker问题就解决了，呵呵这种可能性虽然很小，但还是建议你试一下不用做WB，拿几家公司的Marker做一个PAGE比对一下就可以了