R基与R 疏水基团与疏水基团一样吗?

25.R基为-C3H7的氨基酸是缬氨酸.缬氨酸的分子式为 .氨基酸分子间缩合时产生了水.其中的氧原子来自于 基团.——精英家教网——
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25.R基为-C3H7的氨基酸是缬氨酸.缬氨酸的分子式为 .氨基酸分子间缩合时产生了水.其中的氧原子来自于 基团. 【】
题目列表(包括答案和解析)
缬氨酸的R基为C3H7,则1分子缬氨酸含有的C、H、O、N原子数依次是&&& A.2、4、2、1   B.5、11、2、1 C.5、9、4、1   D.5、8、2、1&
缬氨酸的R基为-C3H7,则1分子缬氨酸含有的C、H、O、N原子数依次是(& )&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&&& A.2、4、2、1   B.5、11、2、1 &&& C.5、9、4、1   D.5、8、2、1&&
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缬氨酸的R基为-C3H7,则1分子缬氨酸含有的C、H、O、N原子数依次是
[&&&& ]A.2、4、2、1 B.5、11、2、1 C.5、9、4、1  D.5、8、2、1
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化学中的R基指的是什么?是烃基还是可以是别的基团?R基可以是一个H吗?R基团可以是一个O吗?
离葵是二货460
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R基是指任何一个基团,只要这个基团是存在的,都是可以代表的,就像数学中的未知数.你前面说的是对的,可以仅仅是一个1氢,但是一个氧没这基团
谢谢 不过你说的只是仅限于高中吗
整个学界,包括大学里面都是这样子
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有机化学中的R基都可以表示什么?可以表示像羧基和羟基等含氧基团吗?
京冈中学Cd2礱
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不知CLMXBLY是高中还是高中以上,高中的话一般只是用来表示饱和烷烃取代基的,当然二楼说的氨基酸就是个特例,不必要较真,这只是人为的规定,就像一个理论不可能容纳一切真理一样.
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扫描下载二维码基于R基团搜索技术对二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂进行分子设计
14:36:38 来源:
新闻摘要:本文基于40个二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂构建了Topomer CoMFA模型,并与Topomer Search联用对ZINC数据库进行了搜库。最后,基于建模和筛选结果成功地设计了33种具有比模板分子活性更高的新分子。结果表明,Topomer Search技术对设计新的二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂具有很好的指导作用。
&&&&& 本文基于40个二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂构建了Topomer CoMFA模型,并与Topomer Search联用对ZINC数据库进行了搜库。最后,基于建模和筛选结果成功地设计了33种具有比模板分子活性更高的新分子。结果表明,Topomer Search技术对设计新的二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂具有很好的指导作用。
&&&&& 蛋白酶体在蛋白质降解中的突出作用使其成为有希望的抗癌药物靶点。到目前为止,已经研究和开发了各种蛋白酶体抑制剂,其中几种已经广泛应用到临床研究中,具有临床应用的可能性。硼酸已被证实是丝氨酸蛋白酶和其他酶的高效和特异性抑制剂。二肽基硼酸衍生物VELCADE(R),一种蛋白酶体抑制剂,于2003年被FDA批准用于治疗多发性骨髓瘤。为了研究和开发有效和新的二肽基硼酸缓解抑制剂,需要考虑和探索新的研究方法。本文基于一系列具有强抑制剂活性的二嵌段硼酸蛋白酶体抑制剂构建了Topomer CoMFA模型。应用系统性外部验证来评估模型的预测能力。最后,以Topomer CoMFA作为指导,结合Topomer Search搜库的结果,设计新的二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂衍生物。
数据集准备
&&&&& 作者从文献中搜集了40个二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂,将其分成了两个数据集,一个数据集34个化合物(训练集)用来构建模型,一个数据集6个化合物(测试集)用来验证模型。以pIC50(pIC50 = -logIC50)值作为因变量进行建模研究。40个二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂的3D结构都是由SYBYL-X 2.0的sketch模块构建的,并加上了Gasteiger-Hückel 和Tripos力场对化合物进行优化。
Topomer CoMFA模型
&&&&& Topomer CoMFA是第二代比较分子场分析(CoMFA)方法。此文中,将训练集的每个结构分为三组碎片,如R1(蓝色),R2(红色)和R3(黄色)组和一个核结构组,以产生三维构象(如图1所示)。
& 基于PLS对Topomer CoMFA模型进行分析,基于测试集化合物对Topomer CoMFA模型进行验证。
图1 基于模板化合物23对化合物的切割方式
Topomer CoMFA建模结果及分析
& Topomer CoMFA模型的统计分析结果如表I所示。
表I Topomer CoMFA模型的统计分析结果
& 通过观察图表数据,我们可以很容易地发现,基于主成分值为5进行PLS分析,r2值为0.908,q2值为0.647,F值为55.467,r2p值为0.703,这表明获得的Topomer CoMFA模型具有良好的预测能力(q2& 0.5,r2& 0.6)。所有化合物的实验pIC50和预测的pIC50之间的线性回归如图2所示。
图2 化合物实验pIC50和预测的pIC50之间的线性回归图
Topomer CoMFA模型等势图分析
&&&&& 如图3a所示,1,2,3,4-四氢萘基被绿色色块覆盖,表示此处加体积较大的基团有利于提高化合物的生物活性。如图3b所示,在1,2,3,4-四氢萘周围有几个蓝色色块,这表明吸电子基团有助于提高分子的pIC50值。在图3c中,在R2的苯基附近存在大的绿色色块。 可以看出,在该位置添加大体积的取代基增加抑制活性。图3d给出了R2片段的静电场等势图。此区域存在大量的蓝色色块,这表明增加吸电子基团可以增强生物活性。根据图3e,可以在异丙醇侧面发现大的绿色色块和小的黄色色块,说明此处加个体积大小合适的基团有利于提高活性。从图3f可以看出,异丙基侧面呈小蓝色轮廓,表明这些区域中加上吸电子的取代基有利于提高分子活性。
图3 Topomer CoMFA模型的等势图。(a)R1的立体场;(b)R1的静电场;(c)R2的立体场;(d)R2的静电场;(e)R3的立体场;(f)R3的静电场。
虚拟筛选和分子设计
&&&&& 此工作中,1958个R1基团、983个R2基团和1666个R3基团用来进行虚拟筛选,其中92个R1基团、32个R2基团和333个R3基团具有比模板分子更高的R基团贡献值。最后,采用具有较高贡献值的1个R1基团,7个R2基团和6个R3基团替代模板分子23的R1,R2和R3,进而设计出了42个新分子并基于Topomer CoMFA模型预测了42个新分子的活性。
&&&&& 本文基于40个二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂构建了Topomer CoMFA模型,相关系数、交叉验证系数和外部验证系数分别为0.908, 0.647和 0.703 。结果表明,此Topomer CoMFA模型不仅具有良好的稳定性,而且具有良好的预测能力。基于Topomer Search搜索ZINC数据库,最后筛选得到贡献值较高的1个R1基团,7个R2基团和6个R3基团对活性最高的模板分子23进行改造。最后,成功地设计了33种具有比模板分子活性高的新分子。结果表明,Topomer Search技术可有效应用于筛选和设计新型二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂,且具有良好的预测能力,对设计新的二肽基硼酸蛋白酶体抑制剂具有很好的指导作用。
Tong J B, Li Y Y, Jang G Y. Application of an R-group search technique in the molecular design of dipeptidyl boronic acid proteasome inhibitors[J]. J. Serb. Chem. Soc., 2017.
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