测序常见问题深度解析（二）Poly结构
PolyA/T结构通常致其后的峰图出现重叠峰，PolyG/C&结构通常致其后的峰图出现信号衰减。Poly结构是导致测序失败最常见的原因之一，目前还没有非常有效的方法彻底解决Poly结构的影响，但一般而言，PCR样品Poly结构后双峰的概率非常高，而菌液中Poly结构对测序结果的影响较少或没有。
解决办法：
1.反向测序再拼接
2.连接到载体后测序
Poly结构后移码双峰
也有poly结构后一点影响没有滴！
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　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　唐明智
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如何让单细胞测序变得如此简单？
来源：本站原创
日 讯 /BIOON/ --单研究一直是当今的热门话题，而且最前沿的领域就是单细胞RNA测序了（scRNA-seq）。常规RNA测序方法一次性能够对成千上万个细胞进行加工测序，并给出平均差异，但并没有两个细胞是完全一样的，而新型的scRNA-seq方法就能够揭示出制造每一种特异性的微小改变，甚至这种技术还能够阐明完整的新的细胞类型。
比如，当来自博德研究所的研究人员Aviv Regev等人利用scRNA-seq对2400个免疫系统细胞进行探查时，他们无意中发现了一些具有潜在T细胞激活活性的树突状细胞，Regev表示，一种刺激这些细胞的疫苗或能够潜在增强机体免疫系统并且保护机体抵御癌症。当然了，这些发现都是来之不易的，相比大量细胞而言，研究人员很难对单个细胞进行操作，因为每一种细胞仅会产生少量的RNA，对于研究者而言没有犯错的余地；另外一个问题就是如何对大量的数据进行分析，最重要的是，研究者使用的工具可能是并不直观的。
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一般而言，RNA测序数据能够被以指令的形式输入到Unix操作系统中进行分析，数据文件会从一个包传输到另外一个，在这个过程中，每个工具都要对每一个步骤进行处理，比如基因组比对、质量控制、识别突变体等等。这个过程是非常复杂的，但对于大量的RNA-seq而言，研究人员可以利用算法对每一个步骤进行处理，而且他们也非常清楚每个过程的运行状况。
如今网上有很多在线资源和工具能够简化scRNA-seq数据分析的过程，其中名为GitHub的平台（Awesome Single Cell）就整合了70多种工具和资源，而且相关的工具和资源能够覆盖分析过程的每一步。
在2016年发表的一篇研究报告中，来自夏威夷大学的家Lana Garmire就列出了他们进行scRNA-seq数据分析的基本步骤，尽管每一个实验都具有特殊性，但很多分析流程都是按照相同的步骤进行过滤以及对数据进行排序的，同时还能够找出哪些转录物会被表达并且能够纠正扩增效率的差异性，随后研究人员就能够进行一个或多个二级分析来检测亚群和其它功能。
研究人员所面临的另外一项挑战就是规模问题，经典的RNA-seq实验往往包含了少量样本，但scRNA-seq研究中则含有成千上万个样本，能够处理少量样本的工具当遭遇十倍甚至百倍的样本时，其效率通常就会降低。比如一种最常见的单细胞分析类型就是维数约减（dimensionality reduction），这一过程就能够简化数据集来促进对相同细胞的识别；桑格学院研究所的计算机生物学家Martin Hemberg认为，scRNA-seq数据能够把每一个细胞描绘成为“具有20000个基因表达值的一览表”。而诸如主成分分析法（PCA）和t-分布邻域嵌入算法(t-SNE algorithm)等维数约减算法则能够有效地将这些形状投射到两个或三个维度，从而就能够使得相似的细胞聚集在一起。另外一种流行的应用就是伪时分析，2014年研究人员就开发了一种名为Monocle的工具，该工具能够利用机器学习的方法来对scRNA-seq实验性的数据进行推断。
当然，诸如Pagoda等其它工具还能够解决亚群特征检测和空间位置确定等信息，其能够利用组织中基因表达的分布数据来确定每一个组织中的转录组学表达情况；来自纽约基因组研究中心的研究者Rahul Satija就开发了一种名为Seurat的工具，该工具能够利用这些数据将细胞定位在三维空间中的点。
如今，研究人员已经开发出了一些即用型的检测“流水线”，当然还有一些端对端的图像工具，包括一些商业性的SeqGeq包以及一些成对儿的网络开放性工具，比如Granatum和ASAP（自动的单细胞分析流水线，the Automated Single-cell Analysis Pipeline）；Granatum和ASAP能够利用网络浏览器提供相对简单、交互式的工作站来帮助科学家们以图形化的模式来深度分析数据；目前这两个工具能够更好地帮助科学家们进行日常的测序工作。
图片来源：
使用工具时需要警惕
这些工具并不是在每一种情况下都是完美的，比如一种能够善于精确鉴别细胞类型的“流水线”或许在进行伪时间分析（pseudo-time analysis）上并不擅长；此外，一些适当的方法或许还具有一定的数据依赖性。
对于初学者而言，严谨是非常必要的，工具几乎总是能够给出一个答案，那么问题是，这些答案意味着什么呢？来自加利福尼亚大学的研究者Sandrine Dudoit的建议就是进行一些探索性的分析，同时对我们选择的算法进行一些假设性的研究。有些分析性的任务仍然极具挑战性，包括将来自实验条件下或有机体中的数据同来自不同组学整合的数据进行对比。
目前研究人员能够使用足够多的工具来进行研究，而那些对其感兴趣的科学家也在不断钻研；每一种新型工具都能够揭示生物学的另一面，因此只要时刻关注科学，我们就能够做出明确的选择。（生物谷）
参考资料：
Front. Genet&&& doi：10.3389/fgene.
Science&&& DOI： 10.1126/science.aah4573
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Copyright&2001- 版权所有 不得转载.深度测序数据表现和交换的全能格式及其编辑工具--《苏州大学》2014年硕士论文
深度测序数据表现和交换的全能格式及其编辑工具
【摘要】：随着下一代测序技术的飞速发展，产生了数以万计的数据，下游的分析软件也呈指数增长。然而，这些软件之间的标准不统一，往往定义了自己的数据格式。因此，在多个软件间进行数据交换就显得尤为困难。本文为解决这个难题，从两个层次逐步深入。首先，开发出了一款界面友好，功能强大的数据格式转换软件。但是，数据格式转换仍然存在诸多问题，如数据丢失，耗费时间等。接着，本文提出了一种用于下一代测序的通用数据格式NGSML。使用NGSML格式就可以解决大量数据间的交换与显示问题，极大地方便研究人员将精力专注于所研究的核心问题上，而忽略数据格式转换等繁琐的问题。同时，为了便于NGSML格式的操作，我们开发出了一款易于使用的编辑软件，方便用户编辑和展示NGSML文件。最后，本文将NGSML格式应用到了具体的问题中。在POMA软件的数据存储中使用了NGSML数据格式，展示NGSML格式的强大功能和高度的可扩展性。
【关键词】：
【学位授予单位】：苏州大学【学位级别】：硕士【学位授予年份】：2014【分类号】：Q811.4【目录】：
中文摘要4-5ABSTRACT5-8第一章 序言8-11 1.1 下一代测序技术的背景介绍8-9 1.2 本课题的研究目的和意义9-10 1.3 国内外的研究现状10-11第二章 现有的下一代测序相关数据格式及转换方法11-28 2.1 引言11 2.2 现有的下一代测序相关数据格式11-22
2.2.1 序列质量分数相关格式12-15
2.2.2 序列比对相关格式15-17
2.2.3 序列组装相关格式17-18
2.2.4 突变相关格式18-19
2.2.5 序列注释及可视化相关格式19-22 2.3 数据格式转换软件 NGS-FC22-26
2.3.1 NGS-FC 软件概况22
2.3.2 NGS-FC 功能22-26
2.3.3 NGS-FC 源代码说明26 2.4 转换工具比较26-27 2.5 本章小结27-28第三章 基于下一代测序数据表现和交换的全能格式及转换工具28-47 3.1 引言28 3.2 整合方法和模型框架28-38
3.2.1 数据模型框架28-30
3.2.2 格式内容30-37
3.2.3 格式特点37-38 3.3 数据格式比较和性能测试38-41 3.4 转换工具 NGSMLEditor41-46
3.4.1 NGSMLEditor 软件概况41-43
3.4.2 NGSMLEditor 功能43-45
3.4.3 NGSMLEditor 源代码说明45-46 3.5 本章小结46-47第四章 POMA 流程的自动化实现及 NGSML 的应用47-58 4.1 引言47 4.2 POMA 流程简介47-49 4.3 小 RNA 预测软件 POMA49-55
4.3.1 POMA 软件概况49-50
4.3.2 POMA 功能50-55
4.3.3 POMA 源代码说明55 4.4 NGSML 在 POMA 中的应用55-57 4.5 本章小结57-58第五章 结论与展望58-60 5.1 结论58 5.2 进一步工作展望58-60参考文献60-64附录一64-74致谢74-75
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BA ZhaoQQI YiJ;[J];Science China(Life Sciences);2013年10期
武灵芝;瞿玲玉;郭凌子;史新卓;;[J];南京邮电大学学报(自然科学版);2013年04期
苏晓泉;徐健;宁康;;[J];科研信息化技术与应用;2011年06期
李智奕;宁维;陈利平;李瑜;韩亚伟;史媛媛;;[J];河南农业科学;2013年12期
钱亚娟;徐毅;周琦;周雪平;;[J];中国科学:生命科学;2014年04期
焦阳;姚志远;胡正旭;陈珊;;[J];纳米技术与精密工程;2014年01期
中国博士学位论文全文数据库
周明扬;[D];山东大学;2013年
赵峰;[D];中国科学院研究生院（海洋研究所）;2013年
党振华;[D];内蒙古大学;2013年
陈琦;[D];华东师范大学;2013年
郭溆;[D];北京协和医学院;2013年
张巍;[D];华中师范大学;2013年
阮陟;[D];浙江大学;2012年
王刚;[D];山西大学;2013年
罗娜;[D];南京农业大学;2012年
王晨;[D];南京农业大学;2012年
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周冉;[D];兰州大学;2013年
袁静;[D];西南大学;2013年
周芳;[D];浙江理工大学;2013年
王瑾瑾;[D];西南大学;2013年
张书翠;[D];上海师范大学;2013年
李雨霖;[D];吉林农业大学;2013年
张水仙;[D];中央民族大学;2013年
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李跃波;[D];安徽医科大学;2013年
赵霞;[D];第三军医大学;2013年
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周小成;焦道振;;[A];中国地理信息系统协会第八届年会论文集[C];2004年
李丹;金灿;刘晓平;;[A];全国第20届计算机技术与应用学术会议(CACIS·2009)暨全国第1届安全关键技术与应用学术会议论文集（下册）[C];2009年
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梁志锋;;[A];中南地区第六届生理学学术会议论文摘要汇编[C];2004年
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刘尧利;;[A];经天纬地——全国测绘科技信息网中南分网第十九次学术交流会优秀论文选编[C];2005年
陈训;罗福成;章仁品;叶玉玲;;[A];中华医学会第六次全国超声医学学术年会论文汇编[C];2001年
陈三定;;[A];中国新闻技术工作者联合会2008年学术年会论文集（上）[C];2008年
贾曙光;;[A];科技编辑出版研究文集（第八集）[C];2005年
刘徐迅;李凯扬;杨宣东;邹勇;郑小华;李茂进;袁嘉骥;胡红跃;;[A];2003年全国医学影像技术学术会议论文汇编[C];2003年
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钱宇杰;[N];电脑报;2003年
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