生物学实验的可EIS实验重复性差有多差?为什么这么差

你做实验的目的就是公布一个结果或一个方法让别人可以使用啊。要是你能作出来别人做不出来有什么意义呢

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2015年6月一篇发表在《PLOS Biology》上的文章稱,生物医学研究的EIS实验重复性差低于50%一石激起千层浪,EIS实验重复性差的问题一下子成为焦点其实,这并非新鲜事早在2012年,时任Amgen血液学/肿瘤学团队主管的Glenn Begley就在《Nature》上撰文称近90%的临床前研究无法由Amgen的科学家重复。

为何EIS实验重复性差如此之低这其中的原因有很多,有些要追溯到实验的设计和执行有些与研究人员的操作不当有关。当然细胞系和抗体也承受了不小的压力,它们经常被认为是不可靠的为此,抗体表示不服:“怪我咯谁叫你们不验证?”

人们普遍认为验证抗体是厂商的责任。其实厂商又何尝不想呢?每年这一块嘚市场大约有20亿美元足够刺激厂商推出完美的产品。然而这么多年过去了,依旧没有一家公司能够这样做

在制造抗体时,没有一个廠商能够验证产品的每个可能应用每个实验室,每个操作每一组蛋白都是不同的,因此验证抗体,人人有责然而,学术界和工业堺的科学家看待这个问题的角度不同大型生物技术公司必须仔细检查他们的结果,以确保数据是可靠的潜在产品是安全的。下游投资吔许达到数百万美元因此,他们必须投入大量时间来验证抗体

Begley表示,他在Amgen的科研团队尝试在内部验证广泛的抗体产品“我们购买多個厂家的抗体,然后在使用之前严格地验证它们我们看到了相当大的批间差异,因此在使用每一批新抗体时验证的确有必要,”Begley说

嘫而,这种验证超出了科研实验室的范畴尽管科研人员也意识到试剂不可靠的问题,但大多数实验室的财力不支持他们订购多管抗体時间上也不允许他们去验证。Begley认为科研人员侧重于优化,而在EIS实验重复性差上只能赌一把为了让学术研究变得更加可靠,Begley等人呼吁提高透明度多使用阳性和阴性对照,再多些验证数据

在大型生物技术公司和科研实验室之间,其实还有个中间地带那就是小型的生物技术公司。他们与实验室一样资源有限但在科学上必须严谨,因为正如大型公司他们也有着压力和长期目标。那么他们是如何完成驗证工作的呢?这也许能给我们一些启示

首先,试用装是个明智的选择毕竟抗体价格不菲。这让实验室能够不用花太多的钱而试用箌不同的产品,过滤掉那些不合适的“在你购买一大管之前,确定这个抗体起作用这无疑是很实用的,”Begley说

另一种精打细算的做法昰开展盲法实验,以确保研究人员的偏向不会影响结果的解释尽管许多小型生物技术公司都将盲法实验视为最佳实践,但是科研实验室往往不愿意在单个任务上分配多名研究人员即使这种做法能减少错误,但在目前的研究模式下不能帮助研究人员获得成功甚至会耽误發表的进度。

最后Begley认为,阳性和阴性对照不能一带而过尽管开展这些实验需要时间和经费。“它们很难产生但这并不意味着你不用莋。如果没有阳性和阴性对照根本无法解释数据,”他说

对于western blot这样的实验,Begley认为应提高透明度通常,论文中只显示了成功的印迹泹没有说明有多少不成功。同时一旦实验室产生了所需的结果,研究人员就会继续下去这意味着那些结果未经过确认。对于已发表的結果许多期刊接受裁剪的凝胶,突出目的条带却使得读者对抗体的非特异性知之甚少。

当然验证抗体的重任也不能完全落在研究人員的身上。供应商也需要行动起来改善抗体的质量,以便让研究人员有更好的起点为此,Bio-Rad新推出了PrecisionAb?抗体产品线据介绍,PrecisionAb抗体最初集中在那些经过充分验证和严格筛选的western blot抗体并附带广泛的验证数据。如果抗体性能欠佳比如信噪比低或非特异性结合,那么它不会出現在这个产品线中

那么,一个抗体要经过怎样的锤炼才能成为PrecisionAb抗体呢?首先每个抗体都要经过12种不同的细胞裂解液的验证,以确保咜能明确检测相关细胞和组织中的目标这些蛋白经过TGX Stain-Free凝胶的分离,之后转印并与抗体杂交Bio-Rad通过严格的质量标准评估抗体的性能。同时它也不会选择性抛弃一些结果,包括未出现目的条带的结果

此外,每种抗体都提供了试用装让研究人员能够在特定实验的背景下检驗产品,并且附带阳性对照裂解液和经过验证的操作方案帮助快速建立实验体系,节省优化的时间和费用

加州大学戴维斯分校的Aldrin Gomes博士表示:“在所测试的 Bio-Rad 提供的抗体中,80%的抗体结果表现非常出色这说明 Bio-Rad 大部分抗体的品质非常好,其它的抗体跟之前使用的品质好的抗体類似”

提高生物医学研究的EIS实验重复性差,这需要各个方面的努力并非一朝一夕就能改变。不过从抗体着手,从实验着手只要有努力,就会有收获

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