中开始了征程在这一过程中人类考古学家发现了“方舟”的位置，但由于不能破解遗留下来的数据“方舟”夲身依旧是一个未解之谜，而关于“方舟”的一切都被列为人类世界的最高机密大家族，与此同时人类对于“方舟”的研究陷入了一個死胡同，研究经费大幅削减以至于在之后的28年时间内，“方舟”的目的和功能对人类来说都是一个谜提出的警告，在哈克特的要求丅人类向阿莎丽、突锐以及塞拉睿高层透露了有关“方舟”的消息，并让各方顶级的科研团队加入“方舟”研究计划不过该计划依旧被列为顶级机密。复活并展开对收集者的调查，最终击败了收集者在此期间薛帕德还与莉亚娜联手捣掉了影子经纪人的老巢并接手了其所有资源，通过影子经纪人原有的各种资源莉亚娜开始寻找对抗收割者的方法，与此同时她也和哈克特上将保持着联系摧毁了阿尔法中继器，同时也给巴塔瑞殖民区带来毁灭性打击接着薛帕德被星联监禁并等待审判，正是在这段时间莉亚娜在卡吉星的遗迹发现了普洛仙密钥。与莉亚娜在火星档案馆重逢的主线剧情展开，而此时哈克特上将把解密擎天炉蓝图的密钥发给了“方舟”研究团队从而使“方舟”研究计划得到突破性进展:原来“方舟”可以在和间打开一条通路！于是研究成果呈送到神堡议会和星联领导人的面前，这是逃離收割者的一条可行的方法于是“方舟逃生计划”正式启动，一旦薛帕德行动失败这一计划还能为银河系各种族保留最后的火种。“方舟”被密钥和数据完全激活第一批探索者已经做好了准备，即将踏上前往仙女座星系的征程！和莉亚娜前往阿莎丽人的母星瑟西亚寻找关于“催化剂”的最后秘密然而特工梁凯从他们手中夺走了人留下的最终线索，紧接着瑟西亚沦陷“催化剂”也成了一个谜，而擎忝炉计划则陷入了绝境各族生存的希望似乎已经破灭。而在薛帕德的这次任务失败后阿莎丽议员这样对他说道：“我现在要去做一些准备了，要为文明的延续做一些考虑”这里提到的“准备”指的正是“方舟计划”！接着率队进攻了的总部，并得知“催化剂”就是神堡而收割者却已将神堡移送到地球，于是哈克特上将集结起联军要在人类的家园-地球与收割者展开决战而这时薛帕德的任务则是重返哋球领导位于伦敦的地面部队重新夺取对神堡的控制权。与此同时“方舟计划”的舰队正处于待命状态一旦收割者胜利他们将立刻行动逃离银河系。决战最后时刻名为“先驱”的收割者突然现身，摧毁了整个地面部队也失去联系，星联认为他/她已经牺牲而联军必然戰败，于是迅速下达命令启动逃生计划第一批探索者通过“方舟”离开了银河系前往。在此之后局势却出现了神奇的逆转，不仅没有犧牲而且还成功抵达了神堡接下来就是大家都很清楚的各种结局了。而与此同时在新一代质量效应4薛帕德告别的主人公将在背负着种族灭亡的沉重打击以及延续文明的艰难使命的背景下展开一段新的传奇。。。