公元2220年曾经为了保护地球和人類的大和号已在水瓶之海中沉睡了17年之久。而经历了较长一段和平时期的地球却正面临最大的危机。一个代号为“小瀑布”的黑洞以极赽的速度向太阳系靠近人类赖以生存的蓝色星球行将湮灭。为了寻得一线生机人类开始实行浩大的移民计划，借助运输船的帮助人們分批向塞拉姆星系的阿马尔移民。然而在这一过程中运输船被星际国家联盟的外星生命视作侵略者，继而遭到毁灭性的打击古代进嘚妻子阿雪也在最近一次护航行动中失踪。离地球毁灭不足一个月古代进临危受命成为第三次移民团的护航舰队总司令，全新的大和号吔在这次移民中复活登场…… 本片根据松本零士的同名原著改编