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华南理工大学
硕士学位论文
生物信息学中序列比较的一些问题及其算法
姓名：符克强
申请学位级别：硕士
专业：应用数学
指导教师：郝志峰
大规模的基因序列同基因，蛋白质表达项目产生了爆炸性增长的生物信息数据，这
些不断增长的数据导致了生物信息学的诞生。生物信息学是一门快速兴起、发展的学
科，它综合运用数据库技术、信息技术和数学与统计学方法来管理和分析生物数据。
众所周知，二十一世纪是“生命科学”与“信息科学”的世纪，而生物信息学则是生
命科学与自然科学的核心。
序列比较是生物信息学研究中一类重要的、基础的问题，通过序列比较可以挖掘
序列相似性、物种同源性等等重要的生物信息。生物信息学中的序列比较问题实质上
体现为字符串比较的问题，已经证明了许多该类问题都是组合优化NP难问题，同时由
于生物信息学中的问题规模一般较大，因而要是能够找到快速、有效的算法解决序列
比较的问题，将有力的推动生物信息学的发展，同时给其他组合优化NP难问题提供解
本文主要的工作是：
1．介绍了生物信息学数据库、序列联配问题及其经典算法，然后通过分析给出了
序列联配问题的上界。
2．介绍了演化计算的过程，着重介绍了遗传算法及其过程，同时说明了遗传算法
在解决组合优化中的NP难问题的特点。
3．针对生物信息学中一类特殊的序列比较问题――cl
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生物信息学的算法
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