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侵华日军第七三一部队始建于1933年，曾以石井部队、东乡部队、关东军防疫给水部的名义从事人体实验、动物实验、生化武器研究生产等战争犯罪活动。1936年开始在哈尔滨平房建立细菌武器研究生产基地，将6.1平方公里的土地作为特别军事区域。1945年8月，七三一部队败逃之际炸毁了大部分建筑，形成现在旧址的整体格局。
侵华日军第七三一部队旧址(简称七三一旧址)属近现代重要史迹，遗存年代为年。七三一旧址现有重点保护遗存27处，面积56.7万平方米，是世界历史上规模最大的细菌武器研究、实验及制造基地，是日本军国主义违背国际公约，用活人进行冻伤、细菌感染、毒气实验的大本营，是发动细菌战争的策源地，是日本对外侵略扩张、掠夺资源、践踏主权的重要罪证。1997年被中宣部授予全国百个爱国主义教育示范基地，2005年，被国务院公布为全国百个红色旅游经典景区，2006年，被国务院公布为第六批全国重点文物保护单位，2012年被国家文物局列入中国世界文化遗产预备名单。
1、本部旧址
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积4270平方米，建筑面积7399平方米。
结构类型：砖混结构
制：该建筑分前楼（原七三一部队本部），后面平房（原为七三一部队器材供应部），两建筑之间由中心走廊相连。前楼砖混结构，地上二层，长171.3米，13.5米，地面下架空层高为2.2米，一层层高为3.9米，二层层高为4米。原屋面为木屋架，铁皮屋面板，灰条吊天棚，锯末保温。纵墙承重，外墙厚520毫米，内墙厚400毫米。
本部旧址正门由两扇大门和两扇脚门组成，门前有一个由两个砖柱支撑的13平方米大小的雨搭式平台，入门迎面即是通往二楼的阶梯。一层和二层各有一条南北向、约30米长的中心长廊，与器材供应部、武器库连接。走廊原可继续向北与细菌实验室及特设监狱遗址联系。后面平房其东翼为器材供应部，西翼为武器库。长125.3米，宽14.5米，层高6.5米，木屋架，原为铁皮屋面，灰条吊天棚，锯末保温。纵墙承重，外墙厚520毫米。
阀门井旧址位于本部旧址西侧后方，共有4处，是混凝土浇注的地下建筑。顶部为长方形水泥盖，长4.1米，宽2.85米，厚度为0.7米。井口位于水泥盖一侧，内部为上下两部分，一层为调解阀门空间，水泥浇注，宽2.1米，长3.4米，高0.85米。在空间底部设有管道口和方形出入口，从出入口可进入地下巷道。
途：本部旧址前楼内原设有七三一部队长办公室、侍卫官室、诊疗室、标本陈列室、宪兵室等，是七三一部队研制细菌武器和指挥细菌战的大本营。后面平房东翼曾经作为配电室和器材供应科；西翼曾作为部队食堂，后改为武器库。
阀门井旧址原是为维修取暖、供水管道而设立的检修通道入口。
保存概况：1945年8月七三一部队撤退时，将本部原建筑屋面破坏。解放后，经维修本部旧址东翼先后为平房区政府、邮电局使用；西翼为哈尔滨市第二十五中学、一百六十二中学使用。1985年初将本部旧址东翼一角开辟为“七三一部队罪证陈列室”，1985年8月正式对国内外开放；西翼仍为学校，后面平房为仓库（现已停用）。2001年6月本部旧址东翼经过修缮后作为侵华日军第七三一部队罪证陈列馆的陈列厅正式对外开放。2009年，经有关部门协调本部旧址西翼产权归七三一部队罪证陈列馆所有；曾用作陈列厅。建馆保护后对本部旧址经过多次维修。2000年8月至2001年6月，重新修缮了本部旧址东翼，2014年4月末至2015年8月，重新对本部旧址进行修缮工作。
2、细菌实验室及特设监狱遗址
遗存类型：地下遗迹
遗存规模：占地面积15000平方米
遗存材质：砖、混凝土
制：细菌实验室及特设监狱遗址位于本部旧址以北，1938年建成。原为砖混结构的三层方框形建筑，由地上的细菌实验室和两栋特设监狱及地下两个细菌实验室组成。由于南北中心走廊的间隔，细菌实验室及特设监狱院内分成东西两院，两院各设一座二层砖混结构的“特设监狱”，被捕的人员经“特别输送”监押至此，成为细菌“实验材料”。细菌实验室及特设监狱地下还设有两个细菌实验室，通过通道与地上相连。七三一部队在在败退之前将其全部炸毁，解放初期尚存明显的建筑残迹。
途：细菌实验室是七三一部队的细菌研究、实验、生产中心。特设监狱用于关押“特别移送”的被实验者。
保存概况：遗址东西长150米，南北宽100米。1945年8月七三一部队撤退时，将细菌实验室及特设监狱全部炸毁。建国初期尚有明显的建筑残迹，现仅存建筑残迹埋藏于地面之下。年陈列馆对细菌实验室及特设监狱遗址进行了发掘清理，揭露出遗址东北角和东南角、中心走廊一段以及西侧特设监狱的基址。发掘完成后，揭露的四壁已用步道板加固，基址部分冬天用珍珠岩覆盖防冻。但因遗址常年处于露天状态，受到冻融破坏的严重影响，保护层已不能保护遗址，揭露出的部分建筑砖基本风化腐蚀严重。
3、地下通道旧址
遗存类型：地下建筑
遗存规模：占地面积1100平方米
遗存材质：砖、混凝土
制：地下通道旧址由本部旧址通往细菌实验室及特设监狱并向北延至病毒实验室遗址，全长400米，宽2.5米，高2米，壁厚0.6米，由本部旧址通往细菌实验室与病毒实验室遗址30米处右侧有地下更衣室。
途：地下通道是本部、细菌实验室与病毒实验室暖气、上下水、电缆的地下通道。
保存概况：1984年6月，对本部旧址地道口进行维修，增设地下道的楼梯，平整地下通道旧址，安装低压电灯，修复地下更衣室，并在地道北出口安装了防雨棚；1985年5月，又对地下洞口进行加固。目前该地下通道旧址仍作为遗址陈列馆的供水供暖管线的通道作用。
4、锅炉房遗址
锅炉房遗址位于细菌实验室及特设监狱遗址东侧，原是一座约三层楼高的钢混大型建筑，内设三台火力发电机组，主要用于实验、饲育设施的供热和备用电源。日军败退前将其炸毁，从目前的残存情况已经无法得知锅炉房的整体面貌。现仅存烟囱及建筑遗迹、混凝土基座和海鱼池旧址。
（1）烟囱及建筑遗迹
遗存类型：地下残构
遗存规模：占地面积969平方米
遗存材质：钢筋混凝土
制：烟囱及建筑遗迹――三座钢筋混凝土烟囱（中间一座仅剩半截）和与其相连的一榀钢筋混凝土框架（含填充墙），以及混凝土框架西侧的建筑基础遗迹。残存的立墙呈南北向，长38米，厚0.8米，高15.6米。三根烟囱自南向北排列，与残墙体相依附，间距6.7米，每根半径都是1.6米。其中两根烟囱完好，高21.6米；只能烟囱顶部残损，残高与立墙相同。
途：锅炉房是为七三一部队供电、供热的设施，烟囱及建筑遗迹为该设施被破坏后的主体残存。
保存概况：1918年对此遗址进行了清理，动迁民房3座，划定保护范围3282平方米，并在四周砌砖墙加以保护；2000年对其进行了单体保护。目前该建筑处于闲置保护中，是七三一旧址的标志性建构筑物之一。
(1)混凝土基座I、混凝土基座II
遗存类型：地面残迹
遗存规模：混凝土基座Ι、Ⅱ占地面积均为16平方米
遗存材质：钢筋混凝土
制：烟囱及建筑遗迹东20米有南北向排列的混凝土基座两处，南侧混凝土基座Ι底座长6.1米，高约3.2米，宽约2.6米，底座一端宽0.67米；北侧混凝土基座Ⅱ长约6.1米，高约2米，宽约2.6米，墙厚0.6米，基座上有一个洞口，洞宽0.6米。
途：不明建筑残迹。
保存概况：保存完好，目前处于闲置保护中。
（1）海鱼池旧址
遗存类型：地下构筑物
遗存材质：混凝土
制：海鱼池旧址位于烟囱及建筑遗迹东北方向约60米处，鱼池由两个长方形水泥槽构成，并设有换水闸门，排水孔。长约34.1米，宽约31.3 米，深1.7 米。
途：海鱼池是七三一部队饲养食用海鱼的水池。
保存概况：现被埋于地下，部分水泥池壁有风化现象。
5、南门卫兵所旧址
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积71平方米，建筑面积71平方米。
结构类型：砖混结构
制：南门卫兵所旧址位于本部旧址南100米处，始建于1939年。为砖混结构的平顶单层建筑，带有两根方形烟囱。平面呈不规则的八边形，东西长9米，南北宽8米，房屋部分高3.7米，加上烟囱总高7.1米，是原七三一部队本部五个卫兵所中仅存的一个。当年以本部、细菌实验室及特设监狱为中心在其外围建一圈长5公里、高2.5米、宽1米的土墙，墙上架设高压电网，墙外挖有一圈宽、深各3米的护城壕。沿土墙建有5个卫兵所。如今土墙、电网、防护沟已不存，仅剩南门卫兵所。
途：南门卫兵所示通往七三一部队细菌实验基地的重要关口。
保存概况：该建筑目前保存完好，作为陈列馆的门卫室和发票室使用。
6、结核菌实验室旧址
遗存类型：地面及地下建筑
遗存规模：占地面积50平方米，建筑面积113平方米。
遗存规模：占地面积50平方米，建筑面积113平方米。
结构类型：钢筋混凝土结构
制：结核菌实验室旧址位于细菌实验室及特设监狱遗址西南，是一座地上二层带有地下室的直角形钢混建筑。分为主楼和楼道两部分。楼道入口向北，平面为长方形，长6.5米，宽1.7米，地上高2.9米；地下部分深2.6米，共17级台阶。主楼部分平面为方形，东西5.4米，南北5.6米，地面部分高5.6米，地下深2.6米。
途：结核菌实验室为七三一部队“二木班”研究实验结核菌的地方。
保存概况：1983年对该遗址建筑进行维修，并安装了铁瓦盖和门窗，砌筑了保护砖墙。在东、北面各设一处铁门，在正面门前铺设地砖40平方米。2001年，对该遗址进行了单体保护。目前仅存四壁和屋顶部分，主楼内部的两层地板均已塌毁，整体处于闲置并保护中。
7、病毒实验室遗址
遗存类型：地面遗迹
遗存规模：占地面积4228平方米
遗村材质：砖、混凝土
制 ：病毒实验室遗址位于细菌实验室及特设监狱遗址北侧，原由一栋长170米、宽14米的建筑和二栋各长66米，宽14米的建筑，有地下通道与细菌实验室及特设监狱连通。七三一部队撤退前将其炸毁，但现地下基址仍存。
途：病毒实验室是七三一部队“笠原班”专门从事病毒研究的场所。
保存概况：目前遗址被三座七层居民楼叠压，尚未进行发掘，保存状况不明。
8、冻伤实验室旧址
遗存类型：地面残构
遗存规模：占地面积280平方米，建筑面积437平方米
遗村材质：砖、混凝土
制：冻伤实验室旧址位于细菌实验室及特设监狱北部，铁路专用线旧址西侧，建于1940年。该建筑主体由东西两大部分组成：东侧冷冻室为平面呈长方形的双层建筑，砖混结构，平顶，长20米，宽7.8米，高7.2米，在房屋高墙上端和顶部设有若干通气孔，内壁有固定隔热层的铁钩，在室内东北角有固定冷冻设备的水泥基座。该部分是冻伤实验室旧址的主要部分；冷冻室西侧为平面呈曲尺形的建筑，分隔为三室，长20米，宽7.7米，高3.8米，是和冷冻室配套使用的实验室。
途：冻伤实验室是七三一部队“吉村班”用来对人体进行冷冻实验和生产干燥式细菌的场所。
保存概况：七三一部队撤退前将其炸毁，建筑损毁严重，西部房顶已经塌毁，东部二层地板也已经塌毁不存。此处遗址已设高墙、铁门，与小动物地下饲养室旧址、黄鼠饲养室旧址进行了群体保护。目前处于闲置保护中。
9、动物繁育室旧址
遗存规模：占地面积5557平方米，建筑面积6714平方米。
动物繁育室旧址位于细菌实验室及特设监狱遗址东北500米，铁路专用线旧址东部，七三一部队培养带菌昆虫的地方。由于该繁育室的班长名叫田中英雄，故称“田中班”。原有四栋房舍，周围设有一人高的砖墙，七三一部队撤退前将其烧毁，目前保存南北排列的建筑三栋。
（1）“凹”字楼
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积约1914平方米
结构类型：砖混结构
制：“凹”字形单层建筑，人字形房顶，南北向，长95米，宽36米，高6.8米。
途：“凹”字楼建筑是用来繁育虱子、臭虫、苍蝇、蚊子等传染媒介物的房舍。
保存概况：目前建筑保存较好，作为工厂的车间和仓库使用。
（2）“工”字楼
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积约2464平方米
结构类型：砖混结构
制：“工”字形建筑，由两栋平行的长方形南北向单层建筑组成，分别长88米和94米，宽均为12米，高5.6米。中间有一条长14米，宽11.2米，高3.6米的通道相连。
（3）“一”字楼
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积约1179平方米
结构类型：砖混结构
制 ：“一”字型双层建筑，人字形房顶，长91米，宽12.6米，高7.5米。
途：“一”字型建筑是用于各种鼠类繁育跳蚤的房舍。
保存概况：目前建筑保存较好，作为工厂的车间和仓库使用。
10、黄鼠饲养室旧址
遗存类型：地面构筑物
遗存规模：占地面积112平方米，建筑面积112平方米。
结构类型：木结构
制：黄鼠饲养室旧址是一长方形东西向单层木板房，东西长25.2米，南北宽4.4米，高2.8米。室内部现存有96个砌筑为一体的水泥方形地穴(原为100个)，4行24列，每个水泥地穴平面为正方形，边长0.8米，深1米。
途：黄鼠饲养室为七三一部队专门饲养黄鼠的地方。
保存概况：七三一部队败退前将木板房炸毁，只剩96个水泥槽。1986年11月至1987年5月，依据幸存劳工的回忆，对地面上的木板房进行了复原。2003年对饲养室棚顶进行了维修。此处遗址已设高墙、铁门，与小动物地下饲养室旧址、冻伤实验室旧址进行了群体保护。该遗存目前地穴部分保存较好。
11、小动物地下饲养室旧址
遗存类型：地下建筑
遗存规模：占地面积104平方米，建筑面积104平方米
结构类型：钢混结构
制 ：小动物地下饲养室旧址位于本部旧址的北侧，黄鼠饲养室旧址东南，始建于1939年。该建筑是一处钢混结构的地下建筑。整体为曲尺形平面，分为穴道部分和地穴部分。穴道部分为长方形，东西向，穴道洞口面向西，穴道长5.4米，宽1.8米，底部深3米，有12级台阶。地穴呈方形，内部分为三间，主室为长方形，东西长6.4米，南北宽3.5米。在主室的南侧有长10米，宽3.2米的2条长方形耳室，耳室为圆拱顶，底部距顶部高2.8米。在两个耳室的两侧墙壁上各有上中下三排水泥槽用来摆放鼠笼。
途：小动物地下饲养室是七三一部队用来专门饲养小白鼠等动物的场所。
保存概况：遗址处于地下且为钢混结构，所以保存完好，1985年4月至5月，陈列馆对该地下室进行了全面维修。此处遗址已设高墙、铁门，与黄鼠饲养室旧址、冻伤实验室旧址进行了群体保护。
12、航空指挥所旧址
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积666平方米，建筑面积1456平方米。
结构类型：砖混结构
制 ：航空指挥所旧址位于锅炉房遗址的东侧，建于1938年。该建筑是一栋砖混结构的阶梯式灰色楼房，双层为主，建筑整体呈长方形，平顶，南北向，长42.7米，宽15.5米，高8.2米，顶部中间又多出一层作为t望台使用，东西向，长15.5米，宽7.8米，高4.4米，该建筑整体高12.6米。
途：航空指挥所旧址是七三一部队为配合野外实验和细菌战而设立的，指挥塔台和雷达设施都设置在这里。
保存概况：日军败退前曾将其炸毁，解放后经修复用作其他用途，经过改建，面貌有所改变。
13、细菌弹组装储存室旧址
遗存类型：地面及地下建筑
遗存规模：占地面积520平方米，建筑面积673平方米。
结构类型：砖混结构
制 ：细菌弹组装储存室旧址位于本部旧址东北，瓦斯发生室旧址北部，铁路专用线旧址东部，原有2层楼房5栋，日军败退前曾将其炸毁，现仅存一栋。现存建筑为一砖混结构长方形双层建筑，东西向，长33米，宽9米，高7.8米。另外还有两处各85平方米的地下储藏室，其中一处被水泥预制板覆盖，另一处位置不明。
途：细菌弹组装储存室是七三一部队“山口班”组装和储存细菌弹的场所。
保存概况：1984年5月至8月，对其洞口进行了维修，并加设了防雨蓬，棚盖铺设瓦垄铁皮，棚架用圆管及角钢、钢筋焊成，涂有防腐漆。目前保存较好，为冶炼铸造厂车间。
14、瓦斯发生室旧址
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积185平方米，建筑面积329平方米。
结构类型：砖混结构
制 ：瓦斯发生室旧址位于本部旧址东部，铁路专用线旧址东侧，建成于1940年。该建筑为一砖混结构的长方形二层建筑，长14.7米，宽10米，高6.8米，加上烟囱高8.6米。七三一部队败退前将其炸毁。
途：瓦斯发生室是七三一部队生产和供应瓦斯的场所。
保存概况：解放后曾对其进行了修复并将内楼梯改为外楼梯，外楼梯宽1.1米。该建筑现在保存较好，作为华龙铅笔厂的厂房使用。
15、瓦斯地下储藏室旧址
遗存类型：地面及地下建筑
遗存规模：占地面积156平方米，建筑面积303平方米。
结构类型：钢混结构
制 ：瓦斯地下储藏室旧址位于瓦斯发生室旧址的东侧，为平面圆形的钢混结构，直径为13米。分为地上地下两层，地上部分高3.3米，地下深3.3米。
途：瓦斯地下储藏室是瓦斯发生室的配套工程，是专门用于储存瓦斯的地方。
保存概况：现处于平房饲料加工厂院内。由于钢混结构且处于地下，该建筑保存较好，目前处于闲置并保护中。
16、特殊武器研制厂旧址
遗存规模：占地面积2824平方米
特殊武器研制厂旧址位于黄鼠饲养室旧址西北200米处，铁路专用线旧址西侧，是由四栋房围成的四合大院，因此也叫“方形栋”，为了保密对外称为七三一部队的“兵器班”。现存遗址4个构筑物，部分建筑工厂仍在使用中，处于东北轻合金有限责任公司厂区院内。
（1）南侧主楼
遗存类型：地面残构
遗存规模：占地面积约741平方米
结构类型：钢混结构
制：特殊武器研制厂旧址南侧主楼仅保留有钢混的建筑基址和立柱，全长36米，宽14.5米，已经无法辨认具体建筑格局；西南角上有一处尚保留有半截带有墙壁和房顶的基址，为砖木结构，人字形屋顶，地面一层，地下一层，地面上部分为一长方形建筑，南北向，长17米，宽10.5米，高3米，地下一层深2.2米。
途：特殊武器研制厂旧址南侧主楼是制造小型细菌武器的高温实验室、灭菌室、研究室等，二层小楼是生产和储存疫苗、菌苗和血清的场所。
保存概况：该遗址破损严重，目前已经完全闲置。
（2）西侧大房
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积约560平方米
结构类型：砖混结构
制：西边的大房长35米，宽16米。
途：特殊武器研制厂西侧大房是七三一部队汽车、坦克等兵器库。
保存概况：该遗址破损严重，目前已经完全闲置。
（3）东侧大房
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积约1523平方米
结构类型：砖混结构
制：东侧大房长91米，宽16米。
途:东侧大房是七三一部队汽车、坦克等兵器库，也是研究马血清的场所。
保存概况:后期经过修复作为东北轻合金有限责任公司的仓库，目前在使用保护中。
17、动物焚烧炉旧址
遗存类型：地面残构
遗存规模：占地面积117平方米
遗存材质：砖、混凝土
制：动物焚烧炉旧址位于本部旧址西北，现东北轻合金有限责任公司厂区内。该建筑为一砖混建筑，平顶，破坏较为严重，现存锅炉房的部分房顶和墙壁以及烟囱。锅炉房长12.2米，宽10米，高4.6米，烟囱为方形，高20.7米。
途：动物焚烧炉以焚化动物尸体为主，偶尔用来焚化用作实验的人的尸体，是七三一部队三座焚尸炉中的一座。
保存概况：2001年对其进行了单体保护。目前处于闲置保护中。
18、焚尸炉旧址
遗存类型：地面残构
遗存规模：占地面积3.8平方米
遗存材质：砖、混凝土
制：焚尸炉旧址位于动物焚烧炉旧址西南100米处，锅炉房已经完全不见，仅保留高16.3米的方形烟囱一座。
途：焚尸炉是焚烧日本人尸体的地方，是七三一部队三处焚尸炉中的一座。
保存概况：该建筑损毁严重，目前处于闲置并保护中。
19、铁路专用线旧址
遗存类型：地面构筑物
遗存规模：占地面积6400平方米（长约895米，自新疆大街北侧本部围墙起至动物繁育室旧址西侧铁路线尽端）
遗存材质：砖、混凝土
途：铁路专用线南与平房火车站连接，北通第一仓库，全长4公里，中间设3处临时站台。七三一部队所用的器材、动物、细菌弹壳、燃料以及生活物资甚至部分被实验者都用火车直接运至这里。七三一部队生产的各种细菌，培育的母本动物和专用设备，也从这里发往各地。
保存概况：解放后，该铁路专用线经过改修，现继续使用，基本保持原状。
20、宿舍区旧址
宿舍区旧址位于本部旧址西南，新疆大街和友协大街交汇处的西南角，是一片群体建筑，曾被称为“东乡村”，是七三一部队的集中生活区。这些建筑中原有三层建筑的日本军人家属宿舍楼6～8栋；日本军人独身宿舍三层建筑3栋，号称“连三楼”，“东乡宿舍”事务所设置在这座楼的中间栋楼下；三层建筑的判任官宿舍6栋；三层建筑的尉官家属宿舍3栋；在西岗还有三层3栋和二层2栋共5栋楼党，是高等官以及高等馆待遇的宿舍。按照解放后的编号，依次是201、202、203、204、205、206、209、210、211-212-213、214、216、217、218、219和220号，总共15栋。
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积约16200平方米，建筑面积约43400平方米。
建筑结构：砖木结构
制：三层人字形屋顶建筑
（1）201、202、203、204、205、206号楼
编号201～206的6栋楼形制完全相同，皆为东西向的砖木结构三层建筑，人字形屋顶，楼梯和走廊都在室外。每处建筑都由东西两部分组成，平面呈长方形，每部分长48.8米，宽7.8米，高14.1米，中间由一处室外楼梯相连接。
（2）209、210号楼
209号楼是一处砖木结构长方形单元式建筑，共11个单元。中间9单元为四层，两侧的两个单元都是三层，不排除中间9个单元的第四层为后期加盖的可能。楼整体长145.5米，宽7.7米，四楼部分高15.9米，三楼处高11.4米。
210号楼是一处砖木结构长方形单元式建筑，基本形制与209号楼相同，共11个单元。整体都是三层建筑，长145.5米，宽7.7米，高11.4米。该建筑现作为哈飞幼儿园使用。房屋结构损毁情况有待进一步考证。
（3）211-212-213号楼
211-212-213号楼为一处三座相连的曲尺形复合式建筑。三座建筑自南向北平行交错排列，中间有走廊相连。三座建筑形制相同，都是砖木结构的长方形三层建筑，由于后期改动较大，三座建筑长度略有差别，都在50米左右，宽8.7米，高11.3米，加上烟囱高13.7米。
（4）214、216、217、218、219、220号楼
214号楼为一东西向长方形砖木结构三层建筑，人字形屋顶。由三部分形制相同的单体建筑组成，由楼梯和走廊相连接，楼梯与走廊外置。除中间一处单体建筑长40.7米之外，两边的两处单体建筑长为34米。三处单体建筑宽8.4米，楼高10.5米，加上烟囱高11.26米。
216、217号楼两处建筑形制完全相同，且与214号楼建筑相似。同样是三部分形制相同的单体建筑组成，每处建筑同为长方形砖木结构三层建筑，人字形屋顶。每处建筑长34米，宽8.4米，高10.5米，加上烟囱高11.6米。
218号楼是一处砖木结构的三层建筑，由两部分单体建筑组合而成，中间由外置的楼梯相连接，楼道外置。每个单体建筑都呈长方形，人字形屋顶，长40.4米，宽8.4米，高10.5米，加上烟囱高11.2米。
219、220号楼是两处形制完全相同的砖木结构的三层建筑，且与218号楼形制类似。每栋由两部分单体建筑组合而成，中间由外置的楼梯相连接，楼道外置。每个单体建筑呈长方形，人字形屋顶，长33.6米，宽8.2米，高10.5米，加上烟囱高11.2米。
途：宿舍区是第七三一部队的高等官、普通士兵及家属的生活住宅区。
保存概况：解放之后这里曾进行过修复，部分建筑有所保留，目前产权为哈尔滨航空工业集团所有,大部分建筑为民宅和商铺。
21、给水塔旧址
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积40平方米，建筑面积120平方米。
遗存材质：砖、混凝土
制：给水塔旧址位于本部旧址西南，平房区新疆大街15号，为一处砖混结构三层楼，平顶，平面呈方形，边长为5.7米，顶部高15.6米，每层高5米。该建筑破坏较为严重，仅保存有四壁和房顶，二层和三层的地面皆塌毁，仅二层地面保留一小部分。</p
途：给水塔是负责供应七三一部队及宿舍区用水的建筑设施。
保存概况：2002年对其进行加盖维修，安装了门窗和护栏，进行了单体保护。目前整体处于闲置保护中。
22、地下回水池旧址
遗存类型：地下构筑物、地面建筑
遗存规模：占地面积1170平方米，地下水池建筑面积1170平方米，回水池泵房旧址建筑面积38平方米。
遗存材质：钢筋混凝土、砖
制：地下回水池旧址位于锅炉房遗址东南侧，其中地下水池顶部为钢筋混凝结构，池壁与隔墙为砖混结构。长39米，宽30米，深约5.7米；回水池泵房旧址为砖混结构，长8.3米，宽4.5米，高约3米。
途：地下回水池旧址是锅炉发电机组的循环冷却水的设施。
保存概况：保存较好，池壁墙体受溶冻影响水泥罩面脱落，砖体粉化。目前处于闲置保护中。
23、细菌弹壳制造厂遗址
遗存规模：占地面积762平方米
细菌弹壳制造厂遗址位于七三一部队本部旧址西北15公里，原哈尔滨郊区杨马架子，现在哈尔滨市南岗区龙橡街1号原龙江橡胶厂院内。1938年，七三一部队迁移到平房后，细菌弹壳制造厂归七三一部队第三部管辖，设有研究室，工作科和整备队，主要任务是负责烧制土陶细菌弹壳和土陶滤水器。日军败退之前对这里进行了破坏。后来经过修复，有些建筑还被使用过一段时间。目前这一地区共有7处建筑遗址，包括一座保存较好的五层楼建筑“小五楼”，两处烧制土陶细菌弹壳的窑体及四根烟囱。
（1）细菌弹壳焙烧窑体1、2
遗存类型：地面建筑
遗存规模：窑体1（北）占地面积约213平方米，窑体29(南）占地面积约213平方米。
遗存材质：钢筋混凝土
制：两处窑体形制相同，都为钢混结构平面呈长方形的地面建筑，窑顶为拱形，左右两壁从底部到顶部向内倾斜，前后两壁竖直。整体长19.4米，宽11米，高8.7米。在窑内墙壁上部尚留有铁钩等装置。
途：细菌弹壳焙烧窑体1、2是烧制土陶细菌弹壳和土陶滤水器的场所。
保存概况：这两处窑体保存较好。都处于闲置保护中。窑体2的附近保留有一段残破的墙体立面，长 36.5米，高4.8米，目前仅存一面立墙，用途不明。
（2）烟囱1～4
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积约120平方米
遗存结构：钢筋混凝土结构
制：四根烟囱形制相同，皆为圆形钢混结构，且两根为一组。一组烟囱位于原橡胶厂院内窑体2北侧，这两根烟囱保存较好，尚保留一些地面建筑残骸。一根高33.2米，底部直径3.1米，与一方形砖房相依附，砖房顶部已经蹋毁,现保留有四壁，长7.4米，宽6米，高3.8米，在砖房内部有烟道与烟囱底部相连接；一根高42.2米，底部直径2.6米，与一方形砖房相依附，砖房顶部已经蹋毁,保留有三面的墙壁，长7.4米，宽6米，高2.6米。两根烟囱距离较近，在底部尚有烟道相连，部分烟道已经蹋毁于地下，部分烟道裸露于地面。另外一组两根烟囱位于原橡胶厂院外的新建的居住小区内。保存较差，仅存钢混结构的两根烟囱，无地面附属建筑。一根高36.2米，底部直径2.6米，另一根高43.7米，底部直径2.6米。
途：具体用途不明。
保存概况：烟囱1～4目前都处于闲置保护中。烟囱1、2处于高层居民区外侧，避雷设施全部被拆除，成为无防雷设施的独立超高建筑，雨季随时有被雷击的可能，安全隐患较大。
（3)小五楼
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积216平方米，建筑面积951平方米。
建筑结构：钢筋混凝土才
制：小五楼是一座长方形建筑，人字形屋顶，楼梯外置,整体长26.6米，宽7.1米，高18米。
途：小五楼为当时七三一部队第三部办公场所主楼旧址。
保存概况：解放之后经过修复，多处地方经过改造和加建，曾作为橡胶厂厂房，目前处于闲置状态中。
24、吉林街联络处旧址
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积574平方米，建筑面积1919平方米。
建筑类型：砖木结构
制：吉林街联络处旧址位于南岗区吉林街52号，是一座历史悠久的保护建筑。该楼为长方形建筑，地上三层，地下一层，为古典主义建筑风格。建筑长27.2米，宽23.6米，高12米。
途：该建筑建造于1905年以前，曾是著名犹太商人克罗尔的宅邸，后来依次作为苏联驻哈尔滨总领事馆和捷克驻哈尔滨总领事馆。日军占领东北之后，该建筑曾是石井四郎在哈尔滨市内的住处，也是七三一部队实施“特别移送”的转运站。
保存概况：该建筑目前作为民宅使用，后期经改建，原貌有局部改变，保护较差。
25、教化街营外宿舍旧址
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积565平方米
建筑类型：砖混结构
制：教化街营外宿舍旧址位于南岗区教化街副36号，其建筑为一层砖混结构，现存部分约33米，宽约24米。
途：原为尤戈维奇小学(以中东铁路总工程师尤戈维奇之名命名)，日伪时期曾作为七三一部队市内的营外独身宿舍。
保存概况：解放后作为哈铁教化幼儿园使用，现为哈尔滨铁路物业管理有限公司使用。目前东侧已经拆除，并经过修整、改造。
制：日本领事馆旧址位于红军街108号，该建筑建造于1924年，是一座历史悠久的保护建筑。该楼为砖混结构的曲尺形建筑，地上两层，地下一层，巴洛克建筑风格。曲尺形建筑的一端长37米，宽宽14米，另一端长37米、宽11米，整体高12.6米。
途：日本领事馆曾作为南满铁路株式会社，后作为日本驻哈尔滨总领事馆。作为总领事馆时期还秘密作为“特别移送”人员的转运站，并在地下室设置秘密监狱用来关押特别输送的人员。
保存概况：解放后该建筑曾作为哈尔滨铁路公安局办公地址。目前主要为哈尔滨中铁对外服务有限公司，作为办公楼和商铺使用。该建筑保存较好,但是后期经过大量修复，房屋内外都经过了装修。
26、日本领事馆旧址
遗存类型：地面建筑
遗存规模：占地面积831平方米，建筑面积2441平方米。
建筑类型：砖混结构
制：日本领事馆旧址位于红军街108号，该建筑建造于1924年，是一座历史悠久的保护建筑。该楼为砖混结构的曲尺形建筑，地上两层，地下一层，巴洛克建筑风格。曲尺形建筑的一端长37米，宽宽14米，另一端长37米、宽11米，整体高12.6米。
途：日本领事馆曾作为南满铁路株式会社，后作为日本驻哈尔滨总领事馆。作为总领事馆时期还秘密作为“特别移送”人员的转运站，并在地下室设置秘密监狱用来关押特别输送的人员。
保存概况：解放后该建筑曾作为哈尔滨铁路公安局办公地址。目前主要为哈尔滨中铁对外服务有限公司，作为办公楼和商铺使用。该建筑保存较好,但是后期经过大量修复，房屋内外都经过了装修。
27、城子沟野外实验场遗址
位于平房区旧址西南4公里的平房区平新镇平乐村辖区内，该遗址原是金代古城池，呈南北长方形约11.38公顷，外有土城墙，设东、南、西、北四门。1942年以后，七三一部队以此作为临时实验场，遗址现存三面城墙遗址，城内为耕地。
遗存类型：地下残迹
遗存规模：占地面积约11.38公顷，长约360米，宽约316米。
遗存内涵：建于辽金时期的平乐古城，曾被七三一部队用作野外实验场使用。
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