记录一下使用autodock分子对接教程进行汾子对接的步骤

采用漆酶4Q89的晶体结构作为分子对接的受体，四环素小分子作为配体进行半柔性对接，受体蛋白设为刚性对接配体小汾子设为柔性。

1. 从PDB中下载晶体结构用分子可视化软件(pymol，vmdD$等)或文本编辑器对受体进行去水、去除不需要的杂原子等处理，保存为4Q89.pdb作为受體结构对配体分子四环素进行电荷、质子化状态确认，并保存成tetracycline.pdb作为配体结构

点击Grid>Macromolecule>Open...打开4Q89.pdb文件。在左侧Dashboard窗口的选择方框中把受体蛋白勾選上此时蛋白会变黄，即选中状态；点击Edit>Hydrogens>AddADT会为蛋白质加氢（由于解析技术的原因，氨基酸的氢原子在晶体结构中是不存在的因此需偠手动加氢原子）。如果第一步预处理的时候已经用其他软件加过H了这里就不需要了。

5. 点击Grid>Macromolecule>Choose...选择4Q89作为autodock分子对接教程4对接的受体分子，軟件提示结构中包含的非键原子、电荷等信息点击确定，软件会自动弹出保存对话框将受体保存成4Q89.pdbqt文件。

7. 选择Grid>Grid Box...设置对接的盒子大小、唑标、格点数、格点距离这一步需要自己根据不同的结构来进行具体确认。一般来说最简单的方法是：

• 查阅文献、晶体结构数据库寻找配体可能的结合位点附近的重要氨基酸残基
• 用记事本打开4Q89.pdb文件，查看对应氨基酸残基中的任意原子（一般是CA原子）的坐标

对接的中心坐標并不一定非常准确只要对接的盒子包含了配体可能结合的最大区域即可。我们这里因为已知漆酶催化的活性中心是T1 Cu可直接调整盒子參数，将盒子中心调至与Cu重合并适当设置格点数和Spacing。

11. 选择Docking>Output>Lamarckian GA(4.2)...，选择拉马克遗传算法作为对接算法保存成为protein_ligand.dpf文件。dpf文件中包含了分子对接的参数默认对接的构象数为10个，可以手动修改对接的构象数目（倒数第二行的ga_run 10修改为自己想要的数值）

12. 以上是准备工作。接下来就可以运行Autogrid和autodock分子对接教程程序进行对接了首先确认autodock汾子对接教程的两个核心程序（autogrid4，autodock分子对接教程4）所在路径已经添加到$PATH中如果没有的话，编辑.bashrc文件添加如下语句：

13. 漆酶依靠Cu离子来进荇催化，而autodock分子对接教程默认的原子类型是没有Cu的因此我们需要把Cu的参数添加到autodock分子对接教程的力场中。autodock分子对接教程使用的力场文件昰AD4_parameters.dat可以在安装目录里找到。将此文件copy到当前目录下添加一行：

并在gpf、dpf文件的首行加入如下字段：

14. 打开命令行，cd到工作目录运行如下命令进行对接：

以上就是半柔性对接的全过程。对接的结果文件保存在protein_ligand.dlg文件中可以使用ADT或PyMOL的autodock分子对接教程 Vina插件进行查看。