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Materials Studio 是 Accelrys 专为材料科学领域开发的可运行于 PC 机上的新一代材料计算软件,可帮助研究人员解决当今化学及材料工业中的许多重要问题。 Materials Studio 软件采用 Client/Server 结构,客户端可以是 Windows 98、2000 或 NT 系统,计算服务器可以是本机的 Windows 2000 或 NT,也可以是网络上的 Windows 2000、Windows NT、Linux或 UNIX 系统。使得任何的材料研究人员可以轻易获得与世界一流研究机构相一致的材料模拟能力。 Materials Studio 是 ACCELRYS 公司专门为材料科学领域研究者所涉及的一款可运行在 PC 上的模拟软件。他可以帮助你解决当今化学、材料工业中的一系列重要问题。支持 Windows98、 NT、Unix 以及 Linux 等多种操作平台的 Materials Studio 使化学及材料科学的研究者们能更方便的建立三维分子模型,深入的分析有机、无机晶体、无定形材料以及聚合物。任何一个研究者,无论他是否是计算机方面的专家,都能充分享用该软件所使用的高新技术,他所生成的高质量的图片能使你的讲演和报告更引人入胜。同时他还能处理各种不同来源的图形、文本以及数据表格。多种先进算法的综合运用使 Material Studio 成为一个强有力的模拟工具。无论是性质预测、聚合物建模还是 X 射线衍射模拟,我们都可以通过一些简单易学的操作来得到切实可靠的数据。灵活方便的 Client-Server 结构还是的计算机可以在网络中任何一台装有 NT、Linux 或 Unix 操作系统的计算机上进行,从而最大限度的运用了网络资源。ACCELRYS 的软件使任何的研究者都能达到和世界一流工业研究部门相一致的材料模拟的能力。模拟的内容囊括了催化剂、聚合物、固体化学、结晶学、晶粉衍射以及材料特性等材料科学研究领域的主要课题。Materials Studio 采用了大家非常熟悉 Microsoft 标准用户界面,它允许你通过各种控制面板直接对计算参数和计算结构进行设置和分析。模块简介:基本环境MS.Materials Visualizer分子力学与分子动力学MS.PASSMS.Amorphous CellMS.ForciteMS.Forcite PlusMS.GULPMS.EquilibriaMS.Sorption 晶体、结晶与 X 射线衍射MS.Polymorph PredictorMS.MorphologyMS.X-CellMS.ReflexMS.Reflex PlusMS.Reflex QPA 量子力学MS.Dmol3MS.CASTEPMS.NMR CASTEPMS.VAMP 高分子与介观模拟MS.SynthiaMS.BlendsMS.DPDMS.MesoDynMS.MesoPro 定量结构-性质关系MS.QSARMS.QSAR Plus  MS.Dmol3 Descriptor 基本环境MS Visualizer PDF 文件下载提供了搭建分子、晶体、界面、表面及高分子材料结构模型所需的所有工具,可以操作、观察及分析计算前后的结构模型,处理图型、表格或文本等形式的数据,并提供软件的基本环境和分析工具以支持 Materials Studio 的其它产品。是 Materials Studio 产品系列的核心模块。同时 Materials Visualizer 还支持多种输入、输出格式,并可将动态的轨迹文件输出成avi 文件加入到 Office 系列产品中。MS4.0 版本增加了纳米结构模建、分子叠合以及分子库枚举等功能。分子力学与分子动力学MS.DISCOVER PDF 文件下载Discover 是 Materials Studio 的分子力学计算引擎。它使用了多种成熟的分子力学和分子动力学方法,这些方法被证明完全适应分子设计的需要。以多个经过仔细推导的力场为基础,Discover 可以准确地计算出最低能量构象,并可给出不同系综下体系结构的动力学轨迹。Discover 还为 Amorphous Cell 等产品提供了基础计算方法。周期性边界条件的引入使得它可以对固态体系进行研究,如晶体、非晶和溶剂化体系。另外,Discover 还提供强大的分析工具,可以对模拟结果进行分析,从而得到各类结构参数、热力学性质、力学性质、动力学量以及振动强度。PASS PDF PASS 是“Condensed-phase Optimized Molecular Potential for Atomisitic SimulationStudy”的缩写。它是一个支持对凝聚态材料进行原子水平模拟的功能强大的力场。它是第一个由凝聚态性质以及孤立分子的各种从头算和经验数据等参数化并验证的从头算力场。使用这个力场可以在很大的温度、压力范围内精确地预测出孤立体系或凝聚态体系中各种分子的构象、振动及热物理性质。PASS 力场地最新版本中,Accelrys 加入了 45 个以上的无机氧化物材料以及混合体系(包括有机和无机材料的界面)的一些参数,使它的应用领域最终包含了大多数材料科学研究者赶兴趣的有机和无机材料。你可以用它来研究诸如表面、PASS 力场是通过 Discover 模块来调用的。MS.Amorphous Cell PDF 文件下载Amorphous Cell 允许你对复杂的无定型体系建立有代表性的模型,并对主要性质进行预测。通过观察体系结构和性质的关系,可以对分子的一些重要性质有更深入的了解,从而设计出更好的新化合物和新配方。可以研究的性质有:内聚能密度(CED)、状态方程行为、链堆砌以及局部链运动、末端距和回旋半径、X 光或中子散射曲线、扩散系数、红外光谱和偶极相关函数等。Amorphous Cell 的特征还包括提供:任意共混体系的建模方法(包括小分子与聚合物的任意混合)、特殊的产生有序的向列型中间相以及层状无定型材料的能力(用于建立界面模型或适应粘合剂及润滑剂研究需要)、限制性剪切模拟、研究电极化和绝缘体行为的 Poling 法、多温循环模拟以及杂化的蒙特卡罗模拟。 Amorphous Cell 的使用需要Discover 分子力学引擎的支持。MS.Forcite PDF 文件下载先进的经典分子力学工具,可以对分子或周期性体系进行快速的能量计算及可靠的几何优化。包含 Universal、Dreiding 等被广泛使用的力场及多种电荷分配算法。支持二维体系的能量计算。MS4.0 版本中可以进行刚体优化,同时还加入了分析 Discover 所产生的.arc和.his 轨迹文件的功能.MS.Forcite Plus PDF 文件下载先进的经典力学模拟工具,能够进行能量计算、几何优化、动力学模拟。可对从简单分子到二维表面到三维周期等范围很广的结构进行上述操作。一整套的分析工具可用来对诸如偶极相关等复杂性质进行分析。MS4.0 版本中可以进行刚1
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&&查看话题
forcite做动力学计算出错了，哪位帮忙看一下是什么原因
我想计算水的自扩散系数，用几种方法都出错了。下面是其中一种使用forcite来计算的结果，哪位看看什么参数设置错误导致中断的？
我分两种方法建模，一个是用AC模块设置密度为1，另外一种是直接建模用forcite的几何优化来建模再做动力学模拟。同时在计算动力学我也尝试了discovery和forcite，结果都中断失败了，不知道什么原因，哪位帮忙看一下吧，谢谢啦！
下面分别是forcite和discovery的错误提示。另外如果谁知道计算扩散系数方法，麻烦告知一声，不胜感激，我愿意奉送全部的金币
Task& && && && & : Dynamics
Version& && && & : 5.0
Build date& && & : Oct 22 2009
Host& && && && & : meilongwei-PC
Threads& && && & : Parallel 3
Operating system : Windows
Task started& &&&: Tue Oct 23 16:48:46 2012
---- Dynamics parameters ----
Ensemble& && && && && && && && &: NPT
Temperature& && && && && && && &: 293.00 K
&&Control method& && && && && & : Velocity Scale
&&Temp. difference& && && && &&&: 10.00 K
Pressure& && && && && && && && &: 0.00010 GPa
&&Control method& && && && && & : Andersen
&&Cell time constant& && && && &: 1.0000000 ps
Timestep& && && && && && && && &: 10.00 fs
Number of steps& && && && && &&&: 1000000
Duration& && && && && && && && &: 10000 ps
Initial velocities& && && && &&&: Random
Random number seed& && && && &&&:
---- Energy parameters ----
Forcefield& && && && && && && & : Universal
Electrostatic terms:
&&Summation method& && && && &&&: Atom based
&&Truncation method& && && && & : Cubic spline
&&Cutoff distance& && && && && &: 15.5 A
&&Spline width& && && && && && &: 1 A
&&Buffer width& && && && && && &: 0.5 A
van der Waals terms:
&&Summation method& && && && &&&: Atom based
&&Truncation method& && && && & : Cubic spline
&&Cutoff distance& && && && && &: 15.5 A
&&Spline width& && && && && && &: 1 A
&&Buffer width& && && && && && &: 0.5 A
Dynamics calculation - Aborting dynamics.
An unphysical integration step (>100 Angstroms) has been detected.
Try reducing the time step or relaxing the structure first.
discovery错误提示
& & & & DISCOVER Molecular Simulation Program
& & & & & & & & Version:& &2009.1
& & & & & & & & Build:& &&&Oct 22 2009
& & & & & & & & Date:& && &Tue Oct 23 15:49:33 2012
& & & & & & & & User Name: MEILONGWEI-PC$
& & & & & & & & Host Name: meilongwei-PC
& & & & & & & & Host Type: Windows
& & & & & & & & Threads:& &1
---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_discover_MP &&(1 copy)
---------------------------------------------------------------
randomSeed is set to 978573
Line& &7:BTCL> autoEcho off
---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_compass_MP &&(1 copy)
---------------------------------------------------------------
INPUT FILES
___________
File Type& & & & & & & & Name
---------& & & & & & & & ----
Forcefield& & & & & & & & C:\PROGRA~1\Accelrys\MATERI~1.0\etc\Gateway\..\..\share\Discover\res/compass.frc
Molecular data& & & & & & & & Molecule1.mdf
Coordinate& & & & & & & & Molecule1.car
Periodic Boundary Conditions
____________________________
& & & & & & & & Length (A)& & & & & & & & Angle (degrees)
& & & & & & & & ----------& & & & & & & & ---------------
& & & & & & & & a 10.61650& & & & & & & & alpha&&90.00000
& & & & & & & & b 10.61650& & & & & & & & beta& &90.00000
& & & & & & & & c 10.61650& & & & & & & & gamma&&90.00000
MOLECULAR TOPOLOGY
__________________
Number of molecules:& & & & & & & && &&&40
Number of residues:& & & & & & & && &&&40
Number of atoms:& & & & & & & && & 120 (asymmetric unit: 120)
Number of atom types:& & & & & & & && && &3
Number of bonds:& & & & & & & && &&&80
Number of consolidated angles:& & & && &&&40
FORCEFIELD OPTIONS
__________________
Filename& & & & & & & && &: compass.frc
Definition name& & & & & & & && &: cff91
Version& & & & & & & & & & & && &: 2.8
Last modification date& & & && &: 3/6/2007
# of automatic parameters : 0
NONBOND ENERGY CUTOFFS
______________________
& & & & & & & & Cutoff (A)& & & & Spline Width (A)& & & & Buffer Width (A)
vdW& & & & & & & && &9.50& & & & & & & && && &1.00& & & & & & & && && &0.50
Coulomb& & & & & & & && & -- & & & & & & & && && & -- & & & & & & & && && & --
NONBOND ENERGY EWALD PARAMETERS
_______________________________
& & & & & & & & Accuracy (kcal/mol)& & & & Update Width (A)
vdW& & & & & & & && & -- & & & & & & & && && && && && &--
Coulomb& & & & & & & && &0.& & & & & & & && && &1.00
Summation method for vdW& & & & : Atom based
Summation method for Coulomb& & & & : Ewald
Dielectric& & & & & & & & & & & & : 1.00
NOTE: Pressure and energy tail corrections will be added to all subsequent energy evaluations
MOLECULAR DYNAMICS
__________________
Ensemble& && && &&&:& && & NPT
Temperature& && &&&:& & 293.00 K
Control Method& &&&:& &Andersen, Collision frequency is every 68 steps
Pressure& && && &&&:& & 0.0001 GPa
Stress& && && && & : Sxx =& & 0.0000 GPa Syy =& & 0.0000 GPa Szz =& & 0.0000 GPa
& && && && && && & : Syz =& & 0.0000 GPa Sxz =& & 0.0000 GPa Sxy =& & 0.0000 GPa
Control Method : Berendsen , tau =& &0.1443 psec , compressibility =& &0.5000
Timestep& && && &&&:& && &1.00 fs
Duration& && && &&&: fs
Integration Method : Velocity Verlet
Initial Velocities :& &Random Velocities from Boltzmann distribution
Initial Temp.& && &:& & 293.00 K
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,&&
& & invoked from within
"dynamics \
& & time =
& & timestep = 1.00 \
& & initial_temperature = 293.00 \
& & ensemble = NPT \
& & temperature_control_method = ande ..."
Total time used by DISCOVER: 24 mins 7.05 secs (1447.05 secs)
Completion date: Tue Oct 23 16:13:41 2012
Exiting Discover: An ERROR has occurred!
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关于forcite做动力学计算出错了，哪位帮忙看一下是什么原因的相关话题在小木虫APP已经有80位虫友给出了详细回复。
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麻烦帮忙看一下这个错误是什么原因导致的好吗？被告知能量太大，不知道该如何设置可以减小这个能量
Task& && && && & : Dynamics
Version& && && & : 5.0
Build date& && & : Oct 22 2009
Host& && && && & : meilongwei-PC
Threads& && && & : Parallel 3
Operating system : Windows
Task started& &&&: Wed Oct 24 10:17:10 2012
---- Dynamics parameters ----
Ensemble& && && && && && && && &: NPT
Temperature& && && && && && && &: 300.00 K
&&Control method& && && && && & : Andersen
&&Collision ratio& && && && && &: 1.0000000
Pressure& && && && && && && && &: 0.00010 GPa
&&Control method& && && && && & : Andersen
&&Cell time constant& && && && &: 1.0000000 ps
Timestep& && && && && && && && &: 1.00 fs
Number of steps& && && && && &&&: 1000000
Duration& && && && && && && && &: 1000 ps
Initial velocities& && && && &&&: Random
Random number seed& && && && &&&:
---- Energy parameters ----
Forcefield& && && && && && && & : Universal
Electrostatic terms:
&&Summation method& && && && &&&: Atom based
&&Truncation method& && && && & : Cubic spline
&&Cutoff distance& && && && && &: 18.5 A
&&Spline width& && && && && && &: 1 A
&&Buffer width& && && && && && &: 0.5 A
van der Waals terms:
&&Summation method& && && && &&&: Atom based
&&Truncation method& && && && & : Cubic spline
&&Cutoff distance& && && && && &: 18.5 A
&&Spline width& && && && && && &: 1 A
&&Buffer width& && && && && && &: 0.5 A
---- Thermostat ----
Andersen collision period: every 222 steps.
Dynamics calculation - Deviation in total energy (2.2) between successive steps was greater than the specified maximum (5000).
Task terminated& && && && && &: Wed Oct 24 10:17:17 2012
Total CPU time used by Forcite: 4 seconds (3.82s)
Termination status : Error
:o加那么多不影响结果吗
谢谢你的好心了，这个也是我自己发的，遇到问题如果部分解决了我就会公布出来的
帮助里说着个能量差和体系的大小有关，但是具体的关系我也不知道了，也想找人帮忙解决下呢！楼主可有关于这两者之间关系的公式什么之类的？
请问楼主问题解决了吗？
请问楼主问题解决了吗？
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【讨论】MS中sorption模块的MC计算
我在利用sorption模块计算的时候，怎么总是和原文数据不一致？还有forcite优化结构的时候，力场参数都是选dreiding的时候，怎么不能得到文献说的数据结果？是什么原因呢？
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晶格常数不完全一致没有关系，大致差不多就可以了，我记得MOF-5的是25.83左右，在这附近就可以了。
对于吸附，我问你几个问题：
1，文献中H2用的是什么模型，什么力场？单原子模型，Buch力场参数？还是双原子模型，Cracknell力场参数？还是三原子模型，Cracknell或者Zhong的参数？
2，模拟的温度是多少？常温还是77K，如果是77K，是否考虑FH量子效应？
3，对于吸附等温线，文献上是excess还是absolute?
4，文献上用什么工具计算？Sorption？
5，你的输入参数是压力还是逸度？
6，如果H2是三原子模型，你的MOF-5是否带电荷？
先回答我这6个问题，然后我再跟你解释为何有差别。
看下吧，回答在上面那一楼哦。谢谢我刚开始的时候也像你一样迷茫，同学给我推荐了，上面很多牛人分享的科研经验，对新手很有帮助，你也可以下载来试试！
1、H2的模型和参数对于结果影响有多大，这个跟体系有关，有的体系是几种模型差不多，有的体系是三原子模型最好。但是计算速度最慢。
2、77K，一般情况下可以不考虑FH量子效应，不过当你计算结果不好时，就需要加了，Cerius我没有用过，不过按照Sorption来看，是没法计算FH量子效应的，这个是需要编程计算的。
3，一般和文献上结果比较的时候，都需要转换为excess，这个是普遍的。
4，这个没用过，不说。
5，不管压力多小，用逸度总是没错的。
6，H2三原子模型就是考虑H2在低温时很弱的极距，会在两个H原子之间添加一个虚原子，虚原子带正电荷，H带负电荷，这种情况下MOF-5上的原子就需要分配电荷了，如果你没有采用这种H2模型，就不用给MOF-5分配电荷。
总之，在达到同样效果的时候，模型自然是越简单越好，同时，由于吸附量比较大，计算的步数不能太少，最少得500W起步吧。
Buch力场参数，Cracknell力场参数是什么参数？他和MS中的dreiding力场参数有什么区别？！
forcite优化的时候，原文献也选的是dreiding力场，怎么结果差距会这么大？他的晶格26.025 我的26.317&&实验数据25.832 ？
Buch和Cracknell的参数很多文献都在用，你多看文献就知道了，一般都是用它们计算H2的，Dreiding里的H的参数，似乎用来描述H2不合适，所以很少有人采用，Dreiding里的H的参数和Buch他们的参数有区别。Forcite优化似乎不改变晶胞的参数，我记得只改变原子的坐标。我记得MOF-5的晶体文件下载下来就是25.832。
我吸附的时候用的文献给的参数，描述了H2中的H的相关力场参数。
forcite选择优化几何结构优化的时候，有个more选项，里面有个optimize cell 这个选项，勾上就可以优化晶胞参数
文献数据在1.3%（h2分子数为41个，我的1.1%分子数34个左右）
你还有关于Buch和Cracknell的文献吗？！
你是用什么计算的？
能把你的力场参数发一份吗？
这个结果也正常，我记得以前做过甲烷的MOF-5吸附，3MPa下，我计算的是61个分子，文献上有66个的，有76个的。
干吗要优化晶胞呢？你又不是自己建立的晶胞，是衍射得到的数据，没有必要优化晶胞。
直接用衍射得到的结构参数数据吗？
但是算出来的MOF-5这个最基本的都不吻合啊。郁闷啊
你能不能教教我是怎么算的吗？
对，一般来说就是直接用衍射得到的数据，晶胞参数别乱动。吸附结果不吻合，从GCMC上找原因，还有，sorption用的LJ12-6公式和一般文献上的12-6公式不一样，你仔细看看帮助文件。
好的，谢谢
一般情况下，拿Forcite的UFF力场优化下，要求高点的，用Dmol3的GGA PW91优化下。有的时候，下载下来的结构是很混乱，需要你按照文献，进行修整。
你好！请问什么是“FH量子效应”？我做NO在Cu-BTC中的吸附时，吸附量总是很小，与实验值对不上，是不是要考虑FH量子效应？
NO采用三点模型，两点模型，单点模型都试过了，均得不到想要的吸附量。实验值约为4mmol/g，而我的模拟值才是零点几，差的比较大。模拟是在298K，0.005MPa条件下进行的。
没见过NO有量子效应的，NO有什么模型我没看过，不过如果计算对不上，可以考虑给Cu-BTC换力场试试，还有吸附量比较可以比较一些压力较大的情况。
谢谢了！:hand:
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··········
··········
一 如何构建水体系，有机溶剂体系.......................................................................... 2 问题1：MS
的Amorphous cell 使用出问题......................................................... 2 问题2 ：怎么在MS
中建立一个64 水的盒子...................................................... 4 问题3 ：MS
中如何选择体系中的水分子............................................................. 5 问题4 ：MS
中的castep 模块金属表面水分子模型的建立.................................... 5 问题5：模拟水溶液中有机物或有机离子在金属表面的吸附问题........................ 6
二：结构优化............................................................................................................ 6 问题1：MS
中forcite 模块与discover 模块中的结构优化有什么区别？............... 6 问题2 ：在MS
中用哪个模块进行优化结构........................................................ 6 问题3：用分子模拟吸附剂的吸附过程............................................................... 7 问题4 ：MS
中切面几何优化和原子之间的配位.................................................. 8 问题5：如何在Dmol3 模块中实现定向优化....................................................... 9 问题6：MS 能量最小化出错............................................................................. 9
二：力场选择.......................................................................................................... 10
三：吸附模拟.......................................................................................................... 10 问题1：MS
中sorption 模块的MC 计算........................................................... 10 问题2 ：主族金属氧化物切面做吸附小分子要不要考虑自旋极化? ..................... 12 问题3 ：晶体表面吸附的选择性方向弛
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