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UCSC Genome Bioinformatics_ FAQ：Data File Formats
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&&UCSC GenomeBrowser Data File Formats,人类基因组数据格式的介绍
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UCSC Genome Bioinformatics_ FAQ：Data File Formats
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关于TCGA数据库的使用
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这个帖子发布于5年零58天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已关闭悬赏丁当:5
作为目前最大的癌症基因信息的数据库，Cancer Genome Atlas/TCGA可能蕴藏着难以想象的宝贵信息，围绕TCGA已经有很多重量级文章出现，而且对它的使用必然愈发重要。但似乎园子里关于TCGA的信息还很少，我想自己摸索但也找不到头绪。在这想呼唤对TCGA有经验的战友，能否简单介绍下这一数据库的使用方法及技巧，例如如何检索MGMT基因在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达情况，以及MGMT表达水平差异对患者生存期和预后的影响。如果有可以推荐的文档也是好的。十分感谢！
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我们基于TCGA数据做了一些深度挖掘，亦有后续的实验验证等系统研究。这里讨论TCGA的很少，大家都关注TCGA的应该多合作多讨论。附上一个内部交流的ppt，其中有一些TCGA相关内容，供参考。
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一个良好的开端就是分析感兴趣基因的突变和其它异常，ICGC数据门户提供了几条研究路线。输入一个基因名称，NCBI登录号，或者Ensembl基因ID，点击基因报告（Gene Report），就能在突变摘要（Mutation Summary）中找到已发现的突变和拷贝数变化，以及迄今为止，这些突变在肿瘤中出现的频率。COSMICsection就在体细胞突变列表下方，包括了点突变，少量缺失，以及插入突变等方面的数据。另外一种方法就是在一种肿瘤中寻找所有受到影响的基因，在ICGC数据门户中，研究人员能通过点击数据搜索（Database Search）下的Genes，然后选择感兴趣的肿瘤类型，以及一些其它参数，比如分析的途径等，这样就能找到所有受到影响的基因。除此之外，TCGA数据门户中，还可以从Download Data menu上选择批量下载（Bulk Download），获取体细胞突变数据，以及其它类型数据，比如拷贝数，DNA甲基化，基因表达。ICGC和TCGA数据目前都已向公众开发，但是需要注意的是这些数据是经处理过的：序列已经通过不同的技术得到验证，病人识别信息，比如生殖细胞SNPs已经被删除。而且还要考虑到ICGC搜索时的一些来自其它门户，比如TCGA的补充数据，因为ICGC的数据是几个月才更新一次的，而TCGA数据则是当有新数据的时候就更新。除此之外ICGC并不能储存TCGA的原始数据，因此还是需要向TCGA提交数据访问请求（Data Access Request）的
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这个问题提的很好。我们基于TCGA数据挖掘形成了一篇干、湿结合的paper，一个基于TCGA数据的数据库也将释放（可以实现你提到的查询生存期等信息）。。欢迎交流
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我们基于TCGA数据做了一些深度挖掘，亦有后续的实验验证等系统研究。这里讨论TCGA的很少，大家都关注TCGA的应该多合作多讨论。附上一个内部交流的ppt，其中有一些TCGA相关内容，供参考。
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jonxu 作为目前最大的癌症基因信息的数据库，Cancer Genome Atlas/TCGA可能蕴藏着难以想象的宝贵信息，围绕TCGA已经有很多重量级文章出现，而且对它的使用必然愈发重要。但似乎园子里关于TCGA的信息还很少，我想自己摸索但也找不到头绪。在这想呼唤对TCGA有经验的战友，能否简单介绍下这一数据库的使用方法及技巧，例如如何检索MGMT基因在胶质母细胞瘤（GBM）中的表达情况，以及MGMT表达水平差异对患者生存期和预后的影响。如果有可以推荐的文档也是好的。十分感谢！你是想要这个文章的分析结果还是
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fengleiluck edited on
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xiongjh77 可参考 这个网站提供的工具：The cBio Cancer Genomics Portal provides visualization, analysis and download of large-scale cancer genomics data sets.The portal is developed and maintained by
at .谢谢，cBio Portal是个好工具，正在摸索怎么使用。。
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您好，我也想了解一下cBio Portal的用法，你有什么心得吗，呵呵，传授我一些啊，非常感谢。
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cBio Cancer Genomics Portal 确实好用~~~
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我也正想看看TCGA数据库呢，谢谢大家指教
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请问如何能成为TCGA授权用户或者关于TCGA较为详细的使用方法呢？非常感谢。我的Email qly_,感谢感谢。
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这么重要的数据库，居然还没有引起大家的关注。我也是最近才接触到，还在摸索
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检索某个基因么？我总记得TCGA貌似不能通过基因来检索吧，要不就是我没用过这个方法，你只能下载下来自己分析吧？还有就是关于预后之类的，你得下载有一个叫做临床数据的选项自己看，具体也没什么好办法了
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tcga可以用于基因的检索么，怎么用，求帮助
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继续，顶起来
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如何在TCGA中查找某一个基因在各种肿瘤的甲基化状态、急用。谢谢！
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xiongjh77 我们基于TCGA数据做了一些深度挖掘，亦有后续的实验验证等系统研究。这里讨论TCGA的很少，大家都关注TCGA的应该多合作多讨论。附上一个内部交流的ppt，其中有一些TCGA相关内容，供参考。 (2609.96k) 牛人你们开学习班么？求带
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学习了，谢谢
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我也想用TCGA数据库里面的几套gene expressing,rnaseq,miRNAseq等的level 2的数据，但是我看了很多癌症数据都没有完整的上述数据，有些有数据，但是都是level 3的，能请教一下怎么才能下到level 2的数据吗？
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刚开始接触，有没有入门的使用手册或者文献那？
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TCGA有相关的数据，包括expression, sequence, SNP, SVN等，可以从多种角度看问题，有很多不同的cancer type.
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多谢指点！！！！
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scybhmu老谭 我也想用TCGA数据库里面的几套gene expressing,rnaseq,miRNAseq等的level 2的数据，但是我看了很多癌症数据都没有完整的上述数据，有些有数据，但是都是level 3的，能请教一下怎么才能下到level 2的数据吗？很多L1/L2数据需要签License才能下载
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确实不错。正在学习
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正在学习TAGA数据库使用，有没有什么心得或资料共享的
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cici_xu 正在学习TAGA数据库使用，有没有什么心得或资料共享的 同求。。。新人求带。。。求学习
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mark 明天再看。。
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请教一下用TCGA数据库数据发过文章的前辈们，直接通过数据库的数据深度挖掘，能发表sci吗？
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