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【原创】ensembl 改版后如何查找启动子&[精华]
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收藏了，十分感谢LZ````
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太感谢楼主了 正在苦恼呢
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在NCBI上采取左或右移几bp或几kp就能得出5’侧翼序列，怎样确定一个基因有几个启动子？且每个启动子的位点？多谢!!
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我要看，我要学习。
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想问一下，那个紫色的第一位确是转录因子起始位点吗？会不会与其他软件的分析结果不一样？
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好东东，多谢了，呵呵！
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楼主你好，我想问一下通过这个软件能大体上知道基因的转录起始点吗？我
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非常感谢，最近正在研究启动子，非常受用！
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楼主太厉害了,好帖
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有用，十分感谢！
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好像又改版了，找不到了。
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顶起，虽然又有些许改版，但是帖子依然有用推荐
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赞！简单清晰明了！
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网站名能发过来么？谢谢，看不太清，初学还不入门
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这个数据库不是免费的么？怎么才能进去啊
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mibo 网站名能发过来么？谢谢，看不太清，初学还不入门
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有植物吗？
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谢谢楼主分享好东西！太有用了！
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楼主的帖子很受欢迎啊，我也顶一下
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没搞清楚，先收藏
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【求助】如何查找基因的启动子序列
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这个帖子发布于7年零88天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
请教各位：如何确定基因的启动子序列，有专门的网站查找吗？
不知道邀请谁？试试他们
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上UCSC，搜索你的目的基因，之后会有链接问你要哪种序列，你就点GENOMIC DNA的那个，之后会有窗口问你是否包含上下游序列，你可以自己选择参数，很简单
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ydh790214 上UCSC，搜索你的目的基因，之后会有链接问你要哪种序列，你就点GENOMIC DNA的那个，之后会有窗口问你是否包含上下游序列，你可以自己选择参数，很简单还是不怎么的清楚，你能说的再详细一些吗，谢谢！
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这个没什么难的，上了网站，非常简单的
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按照下面的链接，比如说查mouse BBS1 gene, step by step1.2.点击下面的RefSeq GenesBbs1 at chr19:6627 - (NM_) Bardet-Biedl syndrome 13.在图片中点击深蓝色的RefSeq Genes Bbs14。网页中部可见：Links to sequence:
* Predicted Protein
* mRNA Sequence may be different from the genomic sequence.
* Genomic Sequence from assembly点击Genomic Sequence from assembly5。在选项中勾选你需要的东西以及你需要的上下游序列碱基数，再submit就ok了
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呵呵，谢谢啊！最后问一下，我选则PROMOTER，其它几个选项取消，是不是就是得到的我相应的启动子的碱基序列
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lixiaoyan828307 呵呵，谢谢啊！最后问一下，我选则PROMOTER，其它几个选项取消，是不是就是得到的我相应的启动子的碱基序列i guess so:)good luck
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【求助】有关LncRNA分类的这张图看不懂，求指导
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这个帖子发布于2年零351天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已关闭悬赏丁当:2
一般lnc分为正义，反义，双向，内含子，intergenic五类。刚接触，今天看到这么个分类“Stand-alone lncRNAs or lincRNAs，Natural antisense transcripts，Pseudogenes，Long intronic ncRNAs，Divergent transcripts, promoter-associated transcripts and enhancer RNAs”，原理也是根据enomic location—i.e., from where in the genome these RNAs aretranscribed, relative to well-established
such as protein-coding
genes，还配有一张图，我实在看不懂，尤其是最后一类，求指导。还有，有关“正义，反义，双向，内含子，intergenic”分类有没有哪位有文献具体讲解的推荐下？
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文章里不是有说明吗，你要以编码蛋白的mRNA为位置基础，一眼就看懂了。
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lqbiotech 文章里不是有说明吗，你要以编码蛋白的mRNA为位置基础，一眼就看懂了。您能否就图中各个颜色的方块表示什么给我说明一下呢？
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基因间区域是什么？
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所有的方框应该是外显子吧，这个图也就是粗略显示一下，意会就行了。
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lqbiotech 所有的方框应该是外显子吧，这个图也就是粗略显示一下，意会就行了。那这张图呢？其实这张我也看不太懂。好像我看引用这张图的地方挺多的
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sense与mRNA同向，说白了，一个rna编码蛋白,有ORF，叫mRNA，一个编码不编码蛋白叫lncRNA；antisense与mRNA反向，就是它转录出来的序列是互补链上，是由于它们启动子所在的DNA单链造成的。
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楼主可以把你那篇文章的地址或名字发给我吗？
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百折不挠斗流氓 楼主可以把你那篇文章的地址或名字发给我吗？
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先贴几个定义供参考一下，再提出一个问题 根据lncRNA与相邻的mRNA基因的位置关系,可以分为以下几大类: Exonic sense:转录方向相同,至少一个exon与mRNA有overlap Exonic antisense:转录方向相反,至少一个exon与mRNA有overlap Intronic sense:整个lncRNA完全落于mRNA的intron中。转录方向和mRNA一致。
Intronic antisense:整个lncRNA完全落于mRNA的intron中,转录方向和mRNA相反。
Intergenic:不属于上述四种的lncRNA。 Bidirectional: 转录起始位点距离mRNA转录起始位置小于1000bp,转录方向相反。 好了，问题是 Intergenic lncRNA到底是在什么位置？
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【求助】哪位大神帮我看看这些LncRNA的命名怎么来的，它们看起来像是编号，怎么查找他们的原名 和生物学功能呢，pubmed根本查不到
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这个帖子发布于2年零32天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我想研究的是长链非编码RNA对子宫内膜异位症的影响，查到了一篇文献中，在内异症和正常组织中的LNCRNA的表达差异如下图，但是我看不懂这些好复杂的字母和数字，求指导。。。
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如 果有一个很接近的蛋白编码基因，lncRNA的名字应该以这个编码基因名字开始，然后制定以后后缀，这个后缀可以下方式分类：反义 （antisense,AS）,BACE1-AS;内含子（intronic,IT）,例如，SPRY4-IT1;重叠 （overlapping,OT）,例如，OSX2-OT;长链基因间lncRNA（Long intergenic lncRNAs，lincRNAs），以LINC为前缀，数字为后缀，例如LINC00485.本质上以上命名原则是以GNECODE的注释目录为基准， 反义RNA，正义内含子，正义重叠和长链基因间非编码RNA（lincRNA）.一些新的分类方法也应该考虑，特别对这些lnRNA，它们与编码基因是头 碰头（head to head）,因此推断它们拥有双向启动子，HGNC推荐命名这些lncRNA为反义上游（Antisense upstream,AU）,例如，GENE2-AU1。大家也应该注意到HGNC并不赞成以剪接变异体来命名，所以两个剪接变异体命名是以其中一个 lncRNA基因来命名，例如，GENE2-AS1；如果一个lncRNA基因编码的转录本跨多于一个蛋白编码基因，用lncRNA的5’末端的第一个蛋 白编码基因来命名，例如GENE-AS2上述命名的基本架构适用于大多数lncRNA，但对于基因密集区域的lncRNA可能就不适用了，这种情况下，你 应该与HGNC沟通来解决。
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楼主现在知道怎么从lncRNA编号知道具体RNA名称了吗，希望告知，谢谢！
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