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即送15丁当
【求助】请问大家一个qpcr引物探针设计的问题
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这个帖子发布于2年零357天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
现在我要针对一种病菌的基因设计几套引物探针，问题是它有很多基因型，我要怎样保证引物探针特异性的前提下，又能让探针尽量适用于各个基因型？有什么好的查找验证方法吗？只能查文献？文献可能不够全面啊，谢谢大家了
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zhangyep121 现在我要针对一种病菌的基因设计几套引物探针，问题是它有很多基因型，我要怎样保证引物探针特异性的前提下，又能让探针尽量适用于各个基因型？有什么好的查找验证方法吗？只能查文献？文献可能不够全面啊，谢谢大家了什么病菌基因？
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不用那么麻烦，给你个公司电话，他们免费帮忙设计，400-711-6961
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cnsder 什么病菌基因？梅毒
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虎帐 不用那么麻烦，给你个公司电话，他们免费帮忙设计，400-711-6961谢谢，问题是我必须自己设计，这是哪家公司？
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DNA-FISH探针设计
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秀基因 个 秀蛋白 个
各位做过DNA-FISH的大侠们，在此请教一个问题，我想做DNA-FISH，但是要检测的基因没有商品化的探针，查文献看到大部分做FISH都是从BAC文库中找到一些序列，并以此来标记做探针的，但不知道具体是怎么操做的，而且BAC clone长度基本上都是几百KB，我做的那些基因都是差不多1，2个kb，我想知道得到了一个BAC clone并且标记之后，怎么把能识别我那1，2个kb的部分拿出来呢？
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天啊，我好无知……顶下楼主，期待高手教导
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楼主问题解决了没有？
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FISH主要检测基因的扩增、易位、缺失等，不知道楼主想检测什么呢？
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我也很想了解关于DNA- fish的问题。
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不用BAC不行吗？直接PCR扩增目的基因片段做探针
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楼主解决了没呢？
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好，谢谢，非常
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即送15丁当
【求助】请教探针设计
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这个帖子发布于9年零272天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我最近要对RT-PCR的产物进行southern blot 鉴定。要设计一段探针，用地高新标记。我从没设计过探针，所以很头疼。想请教高手帮忙。我的PCR产物是一段237bp的核苷酸序列，编码链是gggtgaccagt
ctgagcgacg ggggcccgtg gtcctccaca ttggccacca gccccctgga ccagcaggac
gtgaagccgg gacgtgaaga tctgcaactg ggagcaatca tccatcaccg ctcgcctcac
gtagcccacc actcgcccca cactaaccat ccgaacgcct ggggagcgag cccggctcca
aactcgtcca tcacgtccag cggccaacct ctcaatgtgt actcgc.这是大鼠brn-4的mRNA,NCBI的序号是NM017252.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nucleotide&val=.请问如何设计？要设计多长，有什么原则吗？不胜感激!
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求高人指点一二！！
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你可以采用oligo软件设计60mer探针基本原则1、Tm值在89+/-4度；2、GC含量为40-55％；3、重复的单一碱基连续不超过5个；4、探针分子最稳定二级结构配对碱基长度少于6bp5、探针内部发夹结构不超过5个。6、blastn结果，与其他物种结合的分值不要超过40分。按这些原则，你设计一下看。至于原则都是死的，就跟设计引物一样，按软件算出的引物不一定是最好的。仅供参考。
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多谢啊！想请教zjubell什么是&60mer&?oligo软件我在网上找了，好像不好安装，请问你有安装板的oligo软件吗？我的邮箱
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60mer就是60bp吧，我看他们都这么写，引物及其他单链之类的长度好像都以mer计的，而双链的则以base pair（bp）来计算。已经邮件发给你了。查收
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其实，如果是检测PCR产物的话探针设计可以很随便的，从五十到几百碱基的都可以，因为是检测PCR产物，信号也应该很强的，我做northern的时候，探针都是随即设计的，但是尽可能多带点标记的碱基就是，长度我觉得50bp的RNA探针很好用，另外还要看你探针怎么标记，随机引物会比模版短些，你也可以设计特异引物去标记探针。
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多谢zjubell,再请教：oligo主要是设计引物，可以用来设计探针吗？
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设计引物，我只有primer，最多设计好了之后，用oligo评价一下Tm值，能值（一般情况也不评价了），设计探针，我用oligo的。探针的定义很广，做 sourthern时，一般都是五六百个bp，越长越特异，信号也越强。最短的只有5－6个bp的也叫探针，在taqman用来测snp的。
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我用oligo在探针的参数里，好像只有Tm值，其他gc比例怎么都看不到，最后按确定没有序列出来，真不知怎么回事，还请教zjubell高手啊
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最简单的方法是用你的引物直接做ＰＣＲ标记，即将237bp的核苷酸在ＰＣＲ反应中标记上ＤＩＧ，然后与靶片段杂交即可．
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innogent你的意思是直接把引物序列当作探针?这样行吗?
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上面的，innogent的意思应该是直接用你的引物做PCR，pcr时用一部分标记的核苷酸代替正常的核苷酸，如Dig-dUTP代替正常的dUTP，标记和非标记核苷酸比例可以在4：6左右，如果全部用标记dUTP，似乎会干扰扩增得到全长片段，不过做探针也无所谓就是了。
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楼上说的对，我就这意思。并且试剂盒中的试剂已配备好的，不会干扰扩增反应。可以得到全长。
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请教,探针由公司(英骏)合成好后,是让公司标记还是用罗氏公司的试剂盒进行标记和检测?我是新手,请多多指教.
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已ＰＭ你．
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