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Illumina：85%的台式测序数据来自MiSeq
&&&&&&& AGBT 2013，目前规模最大的测序技术会议，于日-23日在美国佛罗里达州马可岛举行。与以往三届不同，今年的AGBT似乎有些平淡。2010年，PacBio和Ion Torrent发布了他们的测序技术；2011年，台式测序仪MiSeq和PGM独领风骚；去年，Oxford Nanopore揭开了MinION和GridION的面纱。
&&&&&&& 今年呢？Oxford Nanopore缺席，各大测序公司也没有新平台发布。纵观2013 AGBT的日程，基本都是关于&临床&、&癌症&、&基因组&、&测序&、&分析&。无疑，测序技术的应用是这届会议的亮点。不过，各大公司也有一些新技术与大家分享。
&&&&&&& Illumina在不久前收购了长读取测序公司Moleculo，测序读长有望达到10 kb。在这次会议上，Illumina介绍，Moleculo长读取技术将首先作为服务来提供，预计在今年第二季度推出，之后再作为产品推出。
&&&&&&& 关于Moleculo技术，我们还知之甚少。对此，Illumina的网站有一些介绍。Moleculo技术将新的样品制备方法与信息学相结合，利用Illumina的HiSeq仪器产生长的读取。第一步是将基因组DNA打断成大小为10 kb的大片段。之后对这些片段进行扩增、剪切并添加条形码。随后在Illumina的测序平台上测序，再通过计算的方法将短的测序读取组装成基因组片段。最终获得的结果就是所有片段的完整序列。
&&&&&&& Illumina表示，Moleculo技术的样品制备大约需要2天，不包括测序。利用这种技术，它能在4天内对HiSeq 2500平台上测序的人类基因组进行phase。Illumina认为，Moleculo技术有望改善多个现有DNA测序应用的效率和准确性，同时提高临床上重要基因的覆盖度。
&&&&&&& 此外，Illumina还为AGBT设计了一个网页，并分享了一些有趣的信息。这个网页以&发现NGS的真相（Seek the truth in NGS）&为主题，介绍了Illumina的测序技术和应用。Illumina称，在提交给NCBI的台式测序数据中，85%都是在MiSeq上获得的。具体的数字是，在提交给NCBI的3243项研究中，有2778项研究是利用MiSeq开展的（85%），而465项是利用其他台式测序仪获得的（并未指明具体仪器）。
&&&&&&& 一些用户也分享了他们的看法。David Buck博士认为：&如果你处于诊断模式，需要很快地了解数据或答案，以追踪疾病爆发，那么我认为MiSeq是一个极好的仪器。MiSeq让我们能够更快地了解细菌的基因组序列。&()
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All Rights Reserved.&&Power by && &&&&&&&&　　新年伊始，Illumina公司在第32届摩根大通保健大会上重磅推出两款测序仪：HiSeq X Ten和NextSeq 500。HiSeq X Ten定位为工厂规模的测序仪，通量超高，价格不菲；而NextSeq 500则旨在以MiSeq的大小提供HiSeq的性能。
NextSeq 500系统集高通量测序的性能和台式测序仪的简约为一体，是目前唯一一款可实现外显子组、转录组和全基因组测序的台式测序仪。它可在两种模式下开展测序实验：高产量（High Output）和中等产量（Medium Output），在单次运行中可获得20-120 Gb的数据，为您带来广泛的应用灵活性。
与MiSeq一样，NextSeq 500的整个流程也非常简单。制备好的文库可直接上样到系统。整合的簇生成实现了单分子的自动化克隆扩增。产生的DNA簇在NextSeq 500系统上测序，利用Illumina边合成边测序（SBS）技术及专利的可逆终止子原理。凭借成熟的SBS技术，NextSeq 500系统带来了行业领先的测序准确性，其中75%以上的测序碱基都高于Q30。
Illumina的测序仪家族不断扩大，让大家在选择时不禁犯难。为此，Illumina将NextSeq 500与MiSeq和HiSeq 2500测序平台进行了比较，让您清晰了解它们的性能。
Illumina对MiSeq的定位是聚焦通量（Focused power）：快速简约，适合靶向和小型基因组测序；NextSeq 500是灵活通量（Flexible power）：快速简约，适合每日基因组学；而HiSeq 2500是生产通量（Production power）：强大高效，适合大规模基因组学。
全基因组测序
单次运行可开展多少大型基因组测序实验（人类基因组，30倍覆盖度）•&MiSeq：不适用•&NextSeq 500：1•&HiSeq
单次运行可开展多少小型基因组测序实验（5 Mb微生物基因组，如大肠杆菌，30倍或以上覆盖度）•&MiSeq：1-96•&NextSeq 500：120-792•&HiSeq 0
外显子组测序
单次运行可开展多少外显子组测序实验（读长2 x 150 bp）
•&MiSeq：1•&NextSeq 500：3-9•&HiSeq 2500：96
参考《NextSeq 500 System Exome Solution Application Note》
单次运行可开展多少基因表达谱分析实验（每个样品10M reads）
•&MiSeq：1-2•&NextSeq 500：13-40•&HiSeq
单次运行可开展多少转录组测序实验（每个样品50M reads）
•&MiSeq：不适用•&NextSeq 500：2-8•&HiSeq
参考《NextSeq 500 System RNA-Seq Solution Application Note》
更多的性能比较详见Illumina官网，地址为：，或向Illumina索取应用指南。（ 余亮）(/)版权所有，未经书面许可，不得转载
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深圳市瀚海基因生物科技有限公司
公司办公室总部：深圳市南山区留学生创业大厦1308；中心实验室：深圳市学苑大道1068号西侧国家超级计算深圳中心903
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技术服务详细描述
深圳市瀚海基因生物科技有限公司
瀚海基因（PacGeno Bio-Tech）是一家位于深圳市南山高新技术园区的生物科技公司，由美国斯坦福大学和密歇根大学的博士留学生团队于2012年创立。目前瀚海基因建立了高通量测序中心，拥有最新的illumina MiSeq高通量测序仪。
瀚海基因拥有1台illuminaMiSeq测序仪。MiSeq是目前唯一一台在单个仪器上整合了扩增、测序和数据分析的新一代测序仪，每次运行最多能产生15 Gb的数据，MiSeq有着便捷的流程以及其准确性，是快速且经济高效的遗传分析平台，适合例如疾病的快速诊断等广泛的应用。
illuminaMiSeq适用于小型基因组测序，每次运行能产生新的600个循环的试剂盒支持2×300 bp的读长，实现了更准确的小基因组装配项目。快速的周转时间，让研究人员能在2.5小时内开展微生物鉴定测序。
MiSeq适用于中小规模测序项目。目前主要应用于：小基因组测序(如：微生物和病毒的从头测序和重测序，线粒体测序等)，扩增子测序，宏基因组测序，小RNA测序等。
服务项目：
服务项目一：免疫基因组学
免疫组库测序（Immune Repertoire sequencing(immuno-SEQ)）是以 T/B 淋巴细胞为研究目标，以多重PCR技术目的扩增决定B细胞受体（BCR）或T细胞受体（TCR）多样性的互补决定区（CDR区），再结合高通量测序技术，全面评估免疫系统的多样性，深入挖掘免疫组库与疾病的关系。免疫组学研究适合于以下疾病：
1.自身免疫性疾病：1型糖尿病，系统性红斑狼疮，IgA肾病，过敏，哮喘等
2.感染与疫苗：乙肝慢性感染免疫反应，艾滋病感染免疫反应等
3.其它各种炎症和免疫相关疾病
服务项目二：转录组学
瀚海基因提供全面高质量的转录组学测序服务，基于测序数据的标准和定制化的生物信息学分析服务。目前，可以提供如下多种转录组学研究服务：
1.长链非编码RNA测序；
2.小RNA测序
3.mRNA测序
服务项目三：基因组学
1.外显子组测序
2.目标区域捕获测序
3.全基因组重测序
服务项目四：单细胞测序服务
单细胞全基因组测序技术是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。瀚海基因使用Sigma公司的Genomeplex WGA4方法扩增单个细胞的全基因组，使得检测单细胞中较小的DNA序列变异变得更容易，因此能够发现个别细胞之间的遗传差异。这样的差异可以帮助解释癌症恶化的机制，生殖细胞形成机制，甚至是个别神经元的差异机制。
服务项目五：生物信息学服务
瀚海基因拥有海量数据分析能力的高性能的服务器，同时使用国家云计算中心（深圳云计算中心）的超级计算机，搭建Linux+Apache+MySQL+PHP平台，使用R语言、Perl、Python等开源工具进行数据挖掘，可为客户定制数据分析服务，并且将结果以符合出版物标准的规格提供给客户。瀚海基因致力于为广大的生物和医疗工作者提供最好的数据分析和咨询服务，为您的科学研究提供便利。
项目流程：
科研服务部&&& 徐国伟&&& +86
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基因组学与健康全球联盟（其中桑格研究所是一个合作伙伴）已经设立，使研究人员和临床医生能够共同使用标准化和高效的DNA序列数据格式，来寻找疾病相关的遗传变异。除了以现有SAM和BAM文件格式存在的基因组序列信息之外，Samtools 1.0还可让研究人员以新的CRAM格式读取数据――最近被全球联盟采纳的数据格式。
利用CRAM的好处立竿见影：它提供10%到30%的减缩尺寸。此外，以类似于图像JPEG格式的方式，CRAM支持更大的压缩――多达100倍，“有损”模式保留了几乎所有的重要信息。
桑格研究所计算基因组学带头人Richard Durbin博士指出：“Samtools的这一重大改造，反映了我们支持序列数据全球使用的承诺。全世界的基因组科学，依赖快速有效的数据分析和存储，Samtools 1.0通过支持新的测序和分析工具，能满足这一需要。”
Samtools软件嵌入到许多生物信息学平台中，是成千上万基因组研究论文的基础。自2009年该程序产生以来，已被下载超过225,000次。这个新版本被充分地改写，以支持高效的基因组数据格式CRAM，添加了新的功能，并与其他工具整合的更干净。
桑格研究所的John Marshall博士指出：“Samtools 1.0将CRAM嵌入到基因组数据分析平台，并免去了额外处理的必要。这一发展，为这种高效的文件格式在基因组研究中的广泛使用，开辟了新的途径，并将带来更低的存储成本。”
之所以能够实现存储的明显减少，是因为桑格研究所和欧洲生物信息学研究所（EMBL）共同开发的合并数据压缩技术。
桑格研究所的James Bonfield称：“将CRAM融入到Samtools中，真的很令人兴奋。CRAM极大的灵活性，将允许一些新的压缩技术被合并，当其与Samtools 1.0结合时，将有助于永不过时的基因组数据存储和分析。”
Samtools 1.0可供使用的网址：
（生物通：王英）
延伸阅读：
生物通推荐原文：Wellcome Trust Sanger Institute. "Key upgrade to genomics software will underpin global data sharing." ScienceDaily. ScienceDaily, 15 August 2014.
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　　基于新一代高通量测序技术，对小基因（包含细菌、真菌、线粒体、叶绿体、病毒、质粒等）进行全基因组测序，可以得到物种的全基因组序列，并预测重要的基因和蛋白，进而研究病原菌的致病性以及与宿主的相互作用，开发疫苗，研制新型抗生素等。
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