已有天涯账号？
这里是所提的问题，您需要登录才能参与回答。
"天涯问答"是天涯社区旗下的问题分享平台。在这里您可以提问，回答感兴趣的问题，分享知识和经历，无论您在何时何地上线都可以访问，此平台完全免费，而且注册非常简单。
为什么三羧酸循环是三大营养物质共同最终的代谢通路
为什么三羧酸循环是三大营养物质共同最终的代谢通路
08-11-29 &匿名提问 发布
有氧呼吸中的一个生物化学过程。即通过一个循环进行丙酮酸的氧化,在循环过程中产生一些三羧基酸和二羧基酸,故名。在细胞线粒体中进行,简称“TCA循环”。丙酮酸氧化的最终产物是CO、水,并释放能量,是呼吸作用能量的主要来原 是糖，脂肪和蛋白质三种主要有机物在体内彻底氧化的共同代谢途径，三羧酸循环的起始物乙酰-CoA，不但是糖氧化分解产物，它也可来自脂肪的甘油、脂肪酸和来自蛋白质的某些氨基酸代谢，因此三羧酸循环实际上是三种主要有机物在体内氧化供能的共同通路，估计人体内2/3的有机物是通过三羧酸循环而被分解的。?
请登录后再发表评论!
三羧酸循環（tricarboxylic acid cycle；TCA cycle）是需氧生物体内普遍存在的代谢途径，因为在这个循環中几个主要的中间代谢物是含有三个羧基的柠檬酸，所以叫做三羧酸循環，又称为柠檬酸循環；或者以发现者漢斯．克雷伯氏（Hans Adolf Krebs）（[英]1953年获得诺贝尔生理学或医学奖）命名为克雷伯氏循環，簡稱克氏循環（Krebs cycle）。三羧酸循環是三大营养素（糖类、脂类、氨基酸）的最终代谢通路，又是糖类、脂类、氨基酸代谢联系的枢纽。 在三羧酸循環中，反应物葡萄糖或者脂肪酸会变成乙酰辅酶A(Acetyl-CoA)。这种&活化醋酸&(一分子辅酶和一个乙酰基相连)，会在循环中分解生成最终产物二氧化碳并脱氢，质子将传递给辅酶--烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+) 和黄素腺嘌呤（FAD），使之成为NADH + H+和FADH2。 NADH + H+ 和 FADH2 会继续在呼吸链中被氧化成NAD+ 和FAD，并生成水。这种受调节的&燃烧&会生成ATP，提供能量。 真核生物的线粒体和原核生物的细胞质是三羧酸循環的场所。它是呼吸作用过程中的一步，但在需氧型生物中，它先于呼吸链发生。厌氧型生物则首先遵循同样的途径分解高能有机化合物，例如糖酵解，但之后并不进行三羧酸循環，而是进行不需要氧气参与的发酵过程。 在糖代谢过程中的位置 三羧酸循環是四步糖代谢(高能量碳键的断裂)中的第三步。 其它三步是糖酵解、丙酮酸氧化脱羧和呼吸链（電子傳遞鏈）： 糖酵解 ↓ 丙酮酸氧化脱羧 ↓ 三羧酸循環 ↓ 呼吸链 三羧酸循環中的化学反应 乙酰辅酶A 在循環中出现:柠檬酸(I)是循环中第一个产物(→图1)，它是通过草酰乙酸(X)和乙酰辅酶A(XI)的乙酰基间的缩合反应生成的。如上所述，乙酰辅酶A是早先进行的糖酵解，蛋白质代谢或脂肪酸代谢的一个产物(→图 2)。 反应列表 分子 酶 反应类型 反应物/ 辅酶 产物/ 辅酶 I. 柠檬酸 1. 乌头酸酶 脱水 H2O II. 顺-乌头酸 2. 乌头酸酶 复水合 H2O III. 异柠檬酸 3. 异柠檬酸脱氢酶 氧化 NAD+ NADH+H+ IV. 草酰琥珀酸 4. 异柠檬酸脱氢酶 脱羧 V. α-酮戊二酸 5. α-酮戊二酸脱氢酶复合体 氧化脱羧 NAD+ CoA-SH NADH+H+ CO2 VI. 琥珀酰辅酶A 6. 琥珀酰辅酶A合成酶 底物水平磷酸化 GDP Pi GTP CoA-SH VII. 琥珀酸 7. 琥珀酸脱氢酶 氧化 FAD+ FADH2 VIII. 延胡索酸 8. 延胡索酸酶 水合 IX. L-苹果酸 9. 苹果酸脱氢酶 氧化 NAD+ NADH+H+ X. 草酰乙酸 10. 柠檬酸合成酶 加成 XI. 乙酰辅酶A 化学式概括 三羧酸循环(檸檬酸循環)全部反映的总和可表示为: Acetyl-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi + 3 H2O → CoA-SH + 3 NADH + 3 H+ + FADH2 + GTP + 2 CO2 两个碳原子以CO2的形式离开循環。循環最后草酰乙酸会再次生成，再次从乙酰辅酶A中得到两个碳原子。就是说，一分子六碳化合物（柠檬酸）经过多部反应分解成一分子四碳化合物（草酰乙酸）。草酰乙酸会在接下来的反应中遵循同样的途径获得两个碳原子，再次成为柠檬酸。 能量会在接下来的其中一步反应里以GTP的形式释放（和ATP一样，是细胞的能量货币）。但是循环中生成的氢载体(NADH + H+ and FADH2)将会在细胞呼吸链里释放更多的能量 ，这也正是细胞呼吸的主要目的。柠檬酸循环的前提是，早先进行的糖酵解等过程能提供足够的活化乙酸，以乙酰辅酶A的形式出现在循環。NADH + H+ 和 FADH2是辅酶，它们能携带质子和电子，并在需要的时候释放它们。 循環中产生的总能量为两分子ATP（准确来说是：GTP),而细胞呼吸的全部四步反应（包括呼吸链中的内呼吸)，一个葡萄糖分子则产生38分子的ATP。 蛋白质最终分解为氨基酸，糖则分解为丙酮酸。在接下来的反应中这两种产物会生成乙酰辅酶A。 脂肪酸会通过Beta-氧化直接生成乙酰辅酶A。乙酰辅酶A因此是三大代谢反应的中心分解产物。其乙酰基会再循環中分解成二氧化碳，从而获得能量（GTP，可转化为ATP）和氢载体(NADH + H+, FADH2)。 至于在循環中生成的氢原子，将会由辅酶携带至呼吸链中，在呼吸链的反应里将会释放大量的能量，并贮存在ATP分子中。
请登录后再发表评论!
不为什么，三大营养素最后都是这样的途径被代谢的，所以是共同的代谢通路。
请登录后再发表评论!
在高等动物体内，糖类、脂质和蛋白质这三大类物质的代谢是同时进行的，它们之间既相互联系又相互制约，是一个协调统一的过程。 1、三大营养物质代谢的相同点 （1）来源相同 三大营养物质的来源都有三条途径：食物中消化吸收、其他物质转化、自身物质的分解。 （2）都可以作为能源物质 三大营养物质在体内都可以进行氧化分解，作为能源物质使用。但它们供能有着先后顺序，它们按照糖类、脂质、蛋白质的顺序供能。 （3）在动物体内可以转化 糖类可以直接转化成蛋白质和脂肪，蛋白质也可以直接转化成糖类和脂肪，但脂肪不能直接转化成蛋白质。 （4）代谢终产物 和是三大营养物质相同的代谢终产物。 2、三大营养物质代谢的不同点 （1）能否在体内储存 糖类和脂肪都可以在体内储存，但蛋白质不能在体内储存。 （2）代谢终产物不完全相同 糖类和脂肪的代谢终产物都是和，但是蛋白质的代谢终产物除了它们外还有尿素。 （3）在体内的主要用途不同 糖类主要是氧化分解提供生命活动所需的能量，脂肪主要是在体内再次合成为脂肪储存起来，蛋白质被消化分解成氨基酸之后，主要用来合成生物体内各种组织蛋白以及酶和某些激素等。 3、三大营养物质代谢的关系 （1）糖类代谢和蛋白质代谢的关系 糖类和蛋白质在体内是可以相互转化的。几乎所有组成蛋白质的天然氨基酸都可以通过脱氨基作用，形成的不含氮部分进而转变成糖类；糖类代谢的中间产物可以通过氨基酸转换作用形成非必需氨基酸。注意：必需氨基酸在体内不能通过氨基转换作用形成。 （2）糖类代谢与脂质代谢的关系 糖类代谢的中间产物可以转化成脂肪，脂肪分解产生的甘油、脂肪酸也可以转化成糖类。糖类可以大量转化成脂肪，而脂肪却不能大量转化成糖类。 （3）蛋白质代谢和脂质代谢的关系 一般情况下，动物体内的脂肪不能转化为氨基酸，但在一些植物和微生物体内可以转化；一些氨基酸可以通过不同的途径转变成甘油和脂肪酸进而合成脂肪。 （4）糖类、蛋白质和脂质的代谢之间相互制约 糖类可以大量转化成脂肪，而脂肪却不可以大量转化成糖类。只有当糖类代谢发生障碍时才由脂肪和蛋白质来供能，当糖类和脂肪摄入量都不足时，蛋白质的分解才会增加。例如糖尿病患者糖代谢发生障碍时，就由脂肪和蛋白质来分解供能，因此患者表现出消瘦。 4、正确区分脱氨基作用和氨基转换作用 脱氨基作用是将氨基酸的氨基脱去形成含氮和不含氮两部分，它是破坏氨基酸的过程，因此使得氨基酸的数目减少了。氨基转换作用是指将一种氨基酸转变成另外一种氨基酸，因此氨基酸的数目并没有减少。但是在生物体内并不是所有的氨基酸都能通过氨基转换作用生成，例如人体就有8种氨基酸在体内不能形成，称之为必需氨基酸。
请登录后再发表评论!
三羧酸循環（tricarboxylic acid cycle；TCA cycle）是需氧生物体内普遍存在的代谢途径，因为在这个循環中几个主要的中间代谢物是含有三个羧基的柠檬酸，所以叫做三羧酸循環，又称为柠檬酸循環；或者以发现者漢斯．克雷伯氏（Hans Adolf Krebs）（[英]1953年获得诺贝尔生理学或医学奖）命名为克雷伯氏循環，簡稱克氏循環（Krebs cycle）。三羧酸循環是三大营养素（糖类、脂类、氨基酸）的最终代谢通路，又是糖类、脂类、氨基酸代谢联系的枢纽。在三羧酸循環中，反应物葡萄糖或者脂肪酸会变成乙酰辅酶A(Acetyl-CoA)。这种&活化醋酸&(一分子辅酶和一个乙酰基相连)，会在循环中分解生成最终产物二氧化碳并脱氢，质子将传递给辅酶--烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+) 和黄素腺嘌呤（FAD），使之成为NADH + H+和FADH2。 NADH + H+ 和 FADH2 会继续在呼吸链中被氧化成NAD+ 和FAD，并生成水。这种受调节的&燃烧&会生成ATP，提供能量。真核生物的线粒体和原核生物的细胞质是三羧酸循環的场所。它是呼吸作用过程中的一步，但在需氧型生物中，它先于呼吸链发生。厌氧型生物则首先遵循同样的途径分解高能有机化合物，例如糖酵解，但之后并不进行三羧酸循環，而是进行不需要氧气参与的发酵过程。在糖代谢过程中的位置三羧酸循環是四步糖代谢(高能量碳键的断裂)中的第三步。 其它三步是糖酵解、丙酮酸氧化脱羧和呼吸链（電子傳遞鏈）：糖酵解   ↓丙酮酸氧化脱羧   ↓三羧酸循環   ↓呼吸链 三羧酸循環中的化学反应乙酰辅酶A 在循環中出现:柠檬酸(I)是循环中第一个产物(→图1)，它是通过草酰乙酸(X)和乙酰辅酶A(XI)的乙酰基间的缩合反应生成的。如上所述，乙酰辅酶A是早先进行的糖酵解，蛋白质代谢或脂肪酸代谢的一个产物(→图 2)。反应列表分子 酶 反应类型 反应物/辅酶 产物/辅酶 I. 柠檬酸 1. 乌头酸酶 脱水  H2O II. 顺-乌头酸 2. 乌头酸酶 复水合 H2O  III. 异柠檬酸 3. 异柠檬酸脱氢酶 氧化 NAD+ NADH+H+ IV. 草酰琥珀酸 4. 异柠檬酸脱氢酶 脱羧   V. α-酮戊二酸 5. α-酮戊二酸脱氢酶复合体 氧化脱羧 NAD+CoA-SH NADH+H+CO2 VI. 琥珀酰辅酶A 6. 琥珀酰辅酶A合成酶 底物水平磷酸化 GDPPi GTPCoA-SH VII. 琥珀酸 7. 琥珀酸脱氢酶 氧化 FAD+ FADH2 VIII. 延胡索酸 8. 延胡索酸酶 水合   IX. L-苹果酸 9. 苹果酸脱氢酶 氧化 NAD+ NADH+H+ X. 草酰乙酸 10. 柠檬酸合成酶 加成   XI. 乙酰辅酶A     化学式概括三羧酸循环(檸檬酸循環)全部反映的总和可表示为:Acetyl-CoA + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi + 3 H2O →CoA-SH + 3 NADH + 3 H+ + FADH2 + GTP + 2 CO2 两个碳原子以CO2的形式离开循環。循環最后草酰乙酸会再次生成，再次从乙酰辅酶A中得到两个碳原子。就是说，一分子六碳化合物（柠檬酸）经过多部反应分解成一分子四碳化合物（草酰乙酸）。草酰乙酸会在接下来的反应中遵循同样的途径获得两个碳原子，再次成为柠檬酸。 能量会在接下来的其中一步反应里以GTP的形式释放（和ATP一样，是细胞的能量货币）。但是循环中生成的氢载体(NADH + H+ and FADH2)将会在细胞呼吸链里释放更多的能量 ，这也正是细胞呼吸的主要目的。柠檬酸循环的前提是，早先进行的糖酵解等过程能提供足够的活化乙酸，以乙酰辅酶A的形式出现在循環。NADH + H+ 和 FADH2是辅酶，它们能携带质子和电子，并在需要的时候释放它们。 循環中产生的总能量为两分子ATP（准确来说是：GTP),而细胞呼吸的全部四步反应（包括呼吸链中的内呼吸)，一个葡萄糖分子则产生38分子的ATP。蛋白质最终分解为氨基酸，糖则分解为丙酮酸。在接下来的反应中这两种产物会生成乙酰辅酶A。 脂肪酸会通过Beta-氧化直接生成乙酰辅酶A。乙酰辅酶A因此是三大代谢反应的中心分解产物。其乙酰基会再循環中分解成二氧化碳，从而获得能量（GTP，可转化为ATP）和氢载体(NADH + H+, FADH2)。 至于在循環中生成的氢原子，将会由辅酶携带至呼吸链中，在呼吸链的反应里将会释放大量的能量，并贮存在ATP分子中。&div&&a href=&dl.zhishi.sina/upload/05/59/42/..png& target=&_blank&&&img src=&dl.zhishi.sina/upload/05/59/42/..png& border=&0& onload=&javascript:if(this.width&screen.width*0.35) this.width=screen.width*0.40&&&/a&
请登录后再发表评论!怎么做基于KEGG的生物通路富集分析？ - 分子生物 - 小木虫 - 学术 科研 第一站
&& 查看话题
怎么做基于KEGG的生物通路富集分析？
我现在在做miRNA靶基因预测，看了几篇文章，都是先在几个预测网站上预测，然后找共同的做一个基于KEGG的生物通路富集，但是他们给出的网址都是genomenet的，我也没有找到那个网站的说明或手册之类的，不知道怎么分析。请问有哪位大虫知道吗？感激不尽！最近老板就要结果了
哥高风亮节一把，给你点我看到的网上的资料，声明：网上的，不是本人整理的。
KEGG数据库一个主要用途就是查询分析pathway，然而直接通过网页打开的是一个图片形式的数据。如下介绍如何利用下载的数据，以及使用软件VisANT（首先需要安装java虚拟机，太大了请自己去网上下载）来分析KEGG数据。以人类MAPK通路（编号hsa04010）为例：一、如何确定一组基因（蛋白）是否在MAPK通路中？通过ftp下载人类hsa04010相关的所有数据。找到hsa04010.gene这个文件，其中包含的就是geneid，gene name，gene的描述，通过这个表就能确定哪个基因是在这个通路中了。二、如何确定一组基因（蛋白）互作是否在MAPK通路中？１、首先通过http://www.genome.jp/kegg/xml/ KEGG regulatory pathways linked to KO ，http://www.genome.jp/kegg/KGML/KGML_v0.6.1/ko/ko04010.xml下载MAPK通路的xml格式的数据，并保存为xml文件，hsa04010.xml２、使用VisANT软件（http://visant.bu.edu/）进行分析，步骤如下：（1）打开后，点击左边按钮Clear，清除以前的文件（2）点File—open：打开hsa04010.xml文件，这时出现MAPK调控网络。（3）点File—Export as Tab-Delimited File—All:之后将在网页上出现如下格式的数据：K04463&&K04464&&1&&MK02308&&K04426&&1&&MK04371&&K04376&&1&&MK04375&&K04379&&1&&M将此数据copy下来，命名为KO2KOppi这里的K0……编号意思是：KO(KEGG Orthology) ID（4）打开表：hsa04010.orth,将其中的分号；全部替换为Tab符号，将全部的逗号替换为Tab符号，之后用xls打开。除去所有没有KO编号对应的行，我们得到了KO编号对gene name的表，命名为KO2GENE。（5）通过表KO2KOppi与表KO2GENE对应后，可以得到gene2gene的互作数据。（6）使用这个gene2gene互作的这个表可以确定要研究的互作数据是不是在MAPK通路中。
　　/blogger/post_show.asp?BlogID=797738&PostID=
KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系统分析基因功能、基因组信息数据库，它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。基因组信息存储在GENES数据库里，包括完整和部分测序的基因组序列；更高级的功能信息存储在PATHWAY数据库里，包括图解的细胞生化过程如代谢、膜转运、信号传递、细胞周期，还包括同系保守的子通路等信息；KEGG的另一个数据库是LIGAND，包含关于化学物质、酶分子、酶反应等信息。可以免费获取。KEGG提供的整合代谢途径(pathway)查询十分出色，包括碳水化合物、核苷、氨基酸等的代谢及有机物的生物降解，不仅提供了所有可能的代谢途径，而且对催化各步反应的酶进行了全面的注解，包含有氨基酸序列、PDB库的链接等等。KEGG是进行生物体内代谢分析、代谢网络研究的强有力工具。　　　　　　KEGG简介　　KEGG简介一、KECC概况（全基因组及代谢途径数据库）　　　　虽然决定生物体基因分类的基因组测序工程有了飞速的发展，但对单个基因功能的研究仍然相差甚远。同时活细胞的生物学功能是许多分子相互作用的结果，不能仅仅归功于单个基因或单个分子。日本教育、科学、体育、文化部人类基因组计划于1995年5月建立了KEGG工程。KEGG将基因组信息和高一级的功能信息有机地结合起来，通过对细胞内已知生物学过程的计算机化处理和将现有的基因功能解释标准化，对基因的功能进行系统化的分析。KEGG的另一个任务是一个将基因组中的一系列基因用一个细胞内的分子相互作用的网络连接起来的过程，如一个通路或是一个复合物，通过它们来展现更高一级的生物学功能。　　　　其目的是由细胞或生物体的基因组信息去了解其较高层次的功能与作用之生物信息资源，也就是整理出现存的调控网络，并建立其中每个组件与基因间的关系，一但研究者找到基因即可透过KEGG，让研究者由基因组至细胞层次做一整合性连结，并对生命现象做in silico 分析。虽然 KEGG 的工作受到肯定，但距离理想目标还有一大段距离，因为反应路径图上的每一个关系都应有文献资料做后盾，我们不能只相信一张可能带有个人偏见的路径图。目前数据库中虽已建立各基因与其它数据库的关系，但它缺少的是讨论到路径正确性或调控机制的数据。 　　　　KEGG是基因组破译方面的数据库。在后基因时代一个重大挑战是如何使细胞和有机体在计算机上完整的表达和演绎，让计算机利用基因信息对更高层次和更复杂细胞活动和生物体行为做出计算推测。为达到此目的，人们建立了一个在相关知识基础上的网络推测计算工具。在给出染色体中一套完整的基因的情况下，它可以对蛋白质交互（互动）网络在各种细胞活动起的作用做出预测。　　　　二、KEGG的组成　　　　KEGG现在由6个各自独立的数据库组成，分别是基因数据库(GENES database)、通路数据库(PATHWAY database)、配体化学反应数据库(NGAND database)、序列相似性数据库(SSDB)、基因表达数据库(EXPRESSION)、蛋白分子相互关系数据库(BRITE)等。　　1.基因数据库(GENES database) 含有所有已知的完整的基因组和不完整的基因组。有细菌、蓝藻、真核生物等生物体的基因序列，如人、小鼠、果蝇、Arabidopsis等等。总共240943个条目，其总的条目数远远大于SWISS—PROT数据库。基因数据库(GENES database)含有关于每个基因的最低限度的信息，并且在不断地更新和改进，同时还可作为通往其他相关信息的路径。　　　　2.通路数据库(PATHWAY database) 储存了基因功能的相关信息，通过图形来表示细胞内的生物学过程，例如代谢，膜运输，信号传导和细胞的生长周期。在通路数据库(PATHWAY database)中，有一部分由ortholog group图表组成的保守的亚通路(通路基序)信息。亚通路是由染色体位置偶联的基因编码的，它对预测基因的功能有很大的作用。　　　　(1)代谢通路：目前在通路数据库(PATHWAY database)中代谢通路是建立得最好的，有大约90个参考代谢途径的图形。每个参考代谢途径是一个由酶或EC号组成的网络。利用如下方法可通过计算机构建出生物体特有的代谢通路：先根据基因的序列相似性和位置相关性确定基因组中酶的基因，然后合理地安排EC号，最后将基因组中的基因和参照通路中用EC号编号的基因产物结合起来。图4—5—19为通路数据库的页面尔例。　　　　(2)Ortholog group图表：在KEGG中目前有83个ortholog图表。Ortholog对单个基因的序列的相似性进行识别，检查功能组(如保守的亚通路或分子复合物)中所有组分。KEGG ortholog grope图表表达了三个特征：①一个生物体是否具备组成一个功能组的完整基因；②这些基因是否偶联在染色体上；③在不同生物体中的orthologous基因是什么。例如在基因组中的一个基因簇编码代谢通路中的功能相关的酶簇。在KEGG中，这样的相关簇首先被一个启发式的图表比较算法检测，然后手工编辑为ortholog group图表。现有两种类型的图表比较法，基因组—通路和基因组—基因组比较法。一个ortholog grope图表是这样一组比较的组成部分，它代表了一个通路的保守的部分，也就是通常说的通路基序。　　　　(3)蛋白—蛋白反应：KKGG通路表达的重点在于由基因产物的构成的网络上，其中包含大多数蛋白和功能性RNAs。代谢通路是蛋白—蛋白的间接相互作用(实际上是酶—酶相互作用)形成的网络。而调节通路是蛋白—蛋白的直接相互作用(如结合，磷酸化)和另一种蛋白—蛋白的间接相互作用(通过基因表达与转录因子及基因的翻译产物相关联)构成的网络。一般的蛋白—蛋白的相互作用包括了上面所述的这三种形式的相互作用，它是一个抽象的网络，但是它在与基因组信息的连接中起到关键作用，这样网络中的节点(基因产物)与基因织中的节点(基因)就可以直接相连。有了这样一个蛋白—蛋白相互作用的网络，就可以增加手工绘制的参考通路图了。　　　　3.配体数据库(LIGAND database) 包括了细胞内的化学复合物，酶分子和酶反应的信息。　　　　三、KEGG的使用　　　　KEGG提供了java的图形工具用于浏览基因组图谱，比较两个基因组图谱，操作表达图谱，还可作为比较序列、图表、通路的计算工具。　　　　KEGG需要各种各样的计算工具用来维护基因数据库(GENES database)，尤其是从GenBank中提取信息和对基因功能的系统化解释。网络注释工具和其他计算机工具一起用来分配EC号，ortholog识别符，合并文献中的新的实验证据，并且对以通路结构为基础的推断做出解释。Ortholog识别号可以作为查找工具，自动比较通路基因组和基因产物的基因。　　　　GENES的主要检索系统是DBGET／LinkDB系统，另外也有其他进入数据库的办法。包括Java虚拟的基因组图谱浏览器和文件分层浏览器(用于将基因目录进行功能性分层)。表达浏览器是Java图形浏览器中的一种，它可以分析从cDNA微序列或寡核苦酸序列实验中得到的基因表达文件。从这样的功能性基因组实验中得到的大量数据将对基因组序列进行补充，这样有助于理解更高一级的细胞的生物学功能。利用与KEGG的通路数据和基因组图谱数据相连接的一个表达图谱浏览器的预备版本，用户可以检查一组共同调节的基因是否在通路上也有相互联系或是否由染色体上的一群基因编码。　　　　四、KEGG的Object Identifier　　本部分内容设定了隐藏,需要回复后才能看到　　五、例子　　　　KEGG中每一个Object（除基因外）都含有一个唯一的KEGG标识符，它包括一个5位数的号码并有一个大写字母作为前缀，如K05032和D00336 ，或由一个有2-4的字母代码开头的标识符，如map00010和br08301 。　　　　每个KEGG的数据库资料都配有一个独特的标识符，如下图所示：　　　　 　　Release Database Object Identifier　　1995 KEGG PATHWAY map number　　 KEGG GENES locus_tag / GeneID　　 KEGG ENZYME EC number　　 KEGG COMPOUND C number　　2000 KEGG GENOME organism code / T number　　2001 KEGG REACTION R number　　2002 KEGG ORTHOLOGY K number　　2003 KEGG GLYCAN G number　　2004 KEGG RPAIR A number　　2005 KEGG BRITE br number　　 KEGG DRUG D number　　2007 KEGG MODULE M number　　 KEGG DISEASE H number　　　　　　下面我以一个例子来介绍怎样使用pathway在KEGG上找有关氨基酸代谢的代谢图。首先打开KEGG PATHWAY,找到 Amino Acid Metabolism，然后找相应的氨基酸代谢途径就可以了。如点击Glutamate metabolism就进入了其代谢图，我们可以点击Pathway entry获得更多的信息。　　　　六、展望　　　　现在，KEGG的通路数据库(PATHWAY database)中关于调节通路的部分和代谢通路相比还相差较多。这是因为代谢通路，特别是中间代谢，在大部分生物(从哺乳动物到细菌)中都是保守的。这样就可以徒手画出一条参考通路，然后用计算机构建出许多生物体特异的通路来。但是调节通路非常多样化，而且很难归为一个统一的参考通路图。因此需要给每一个生物分别画一个通路图。同时还需要鉴别有共同通路或集群的生物群体以及通路图可以合并起来的生物群体。例如人和小鼠共同的凋亡的通路图表，细菌、archaea和真核生物的三种核糖体的集群图表。　　　　另一个在调节通路中存在的问题是缺乏合适的调节通路中的功能识别符。在代谢通路中，EC号是节点(酶)的识别符，同时它也是与基因组信息连接的关键。KEGG目前致力于使ortholog识别符具有EC号的功能。这样ortholog识别符将可以识别调节通路中的节点(蛋白)同时与基因组信息相连接。随着不断的改进，ortholog识别符将取代代谢通路中的EC号，这样就可以区分对应一个EC号的多个基因。例如：一个酶复合物的不同亚单位或是在不同条件下基因的不同表达。 : Originally posted by songzuowei at
哥高风亮节一把，给你点我看到的网上的资料，声明：网上的，不是本人整理的。
KEGG数据库一个主要用途就是查询分析pathway，然而直接通过网页打开的是一个图片形式的数据。如下介绍如何利用下载的数据，以及使用软 ... 谢谢，不过貌似也没有说怎么由基因找通路啊 : Originally posted by 炭笔橡皮 at
谢谢，不过貌似也没有说怎么由基因找通路啊... 这个只是皮毛介绍一下KEGG，具体操作还要自己摸索的，用文字不好描述，我还是会一点的，就是先将基因的序列下载下来，上传到KEGG，KEGG会将基因的信号通路网址信息发到你邮箱里，你就可以看到你的目的基因在那些信号通路里有，我有篇这方面的文章发在蚕业科学上，不过刚接受 : Originally posted by songzuowei at
这个只是皮毛介绍一下KEGG，具体操作还要自己摸索的，用文字不好描述，我还是会一点的，就是先将基因的序列下载下来，上传到KEGG，KEGG会将基因的信号通路网址信息发到你邮箱里，你就可以看到你的目的基因在那些信 ... 我现在试了一下，貌似可以了，是直接把基因列表上传到 search pathway 里面，然后就有相关通路了，没有说要邮箱，不知道对不对。还有就是对于这个富集结果怎么样计算P值来看它的显著性呢？ : Originally posted by 炭笔橡皮 at
我现在试了一下，貌似可以了，是直接把基因列表上传到 search pathway 里面，然后就有相关通路了，没有说要邮箱，不知道对不对。还有就是对于这个富集结果怎么样计算P值来看它的显著性呢？... 对于计算显著性的问题有好几种 你说的是t检验 这个网上资料好多的 也有相关软件比如SPSS 楼主自己学习一下吧:D : Originally posted by songzuowei at
对于计算显著性的问题有好几种 你说的是t检验 这个网上资料好多的 也有相关软件比如SPSS 楼主自己学习一下吧:D... 好的，多谢帮助，有问题了还要向你请教:hand: : Originally posted by songzuowei at
对于计算显著性的问题有好几种 你说的是t检验 这个网上资料好多的 也有相关软件比如SPSS 楼主自己学习一下吧:D... 请问里面那些通路有没有办法导出来啊？ : Originally posted by songzuowei at
哥高风亮节一把，给你点我看到的网上的资料，声明：网上的，不是本人整理的。
KEGG数据库一个主要用途就是查询分析pathway，然而直接通过网页打开的是一个图片形式的数据。如下介绍如何利用下载的数据，以及使用软 ... 这个，“通过ftp下载人类hsa04010相关的所有数据”，具体怎么做啊，下载所需的ftp 的网址在哪找得到？
var cpro_id = 'u1216994';
欢迎监督和反馈：本帖内容由
提供，小木虫为个人免费站点，仅提供交流平台，不对该内容负责。欢迎协助我们监督管理，共同维护互联网健康，如果您对该内容有异议，请立即发邮件到
联系通知管理员，也可以通过QQ周知，我们的QQ号为：8835100
我们保证在1个工作日内给予处理和答复，谢谢您的监督。
小木虫，学术科研第一站，为中国学术科研研究提供免费动力
欢迎监督，发现不妥请立即
E-mail： & QQ：8835100}